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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G044920
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 12120624-12124666 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2277 bp · TkA04G044920|TK1151|cDNA

GTTAAATGTTAGGTTAAGCTCTCACACAAAAAGCCAAAGCCTACCCCCCTCCCCTCTCCTTCTCTGTTCCTGCTCGTGACACCATCATCACACTCTATATTCTCTTTCATGGAGAGACTACCCTGACCCTGACCTCCTTCGGTCTCCGGTATCTGTCACTATCGATTTGGCACAATCTCGTCTATAATCGCTTAATTTCTTGAAAGTGGTTGGGAGGATTTTGTTTTAGATCTTTTGAGAATTTGGGAAGCTGTTGTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1035 bp · TkA04G044920|TK1151|CDS

ATGAAAGACCCTGTTATAGTCTCAACCGGACAGACGTACGAGCGGACATGCATCGAGAAATGGCTAGAACAAGGCCACAAAACATGTCCGAAAACCCAACAAACCCTAACAACCACGGCCGTAATCCCCAACTACGTCCTCCGCAGTCTCATAGCCCAATGGTGCGAAACAAACGGAGTGGACCCACCGAAACGATCCGCCAGGTCATCATCATCATCCTCCGCATGCACCCTCGCGGAACGTTCCATGATCACCACCCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

344 aa · TkA04G044920|TK1151|PROTEIN

MKDPVIVSTGQTYERTCIEKWLEQGHKTCPKTQQTLTTTAVIPNYVLRSLIAQWCETNGVDPPKRSARSSSSSSACTLAERSMITTLLTKLKSVSPDDQRTAAAEIRLLAKRNADNRVAIAEAGAIPLLTHLLTAPDSRTQEHAVTALLNLSICEDNKGNIVASGAVPGIVQVLKKGSMEARENAAATLFSLSVIDENKVTIGSLGAIPPLVVLLSEGTQRGKKDAATALFNLCIYQGNKGRAVRAGVVGTLMALLTEPQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G044920
TK1151 IDTkA04G044920
OH-1004 IDLXL04_017790
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)86.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 45.058 / OH-1004 23.648
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G044920
位置Chr04:12120624-12124666 (-)
描述Similar to PUB13: U-box domain-containing protein 13
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g46510 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g54850 与特定的 E2 泛素结合酶一起发挥 E3 泛素连接酶的作用。
Structure and biochemical function of a prototypical Arabidopsis U-box domain.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m405057200

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2ZLU6 与防御相关的蛋白，可负向调控程序性细胞死亡。 暂无已核实直接文献
Os12g0570000 E3 泛素蛋白连接酶，负向调节程序性细胞死亡和抗病性。
Spotted leaf11, a negative regulator of plant cell death and defense, encodes a U-box/armadillo repeat protein endowed with E3 ubiquitin ligase activity.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025171
SPIN1, a K homology domain protein negatively regulated and ubiquitinated by the E3 ubiquitin ligase SPL11, is involved in flowering time control in rice.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058610
Os06g0102700 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017790 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程
GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28830
ath:AT3G46510
ath:AT3G54850
dosa:Os12g0570000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.535
排名 1 · TkA04G044920 · TK1151
细胞质0.525
排名 2 · TkA04G044920 · TK1151
细胞膜0.076
排名 3 · TkA04G044920 · TK1151
内质网0.039
排名 4 · TkA04G044920 · TK1151
线粒体0.030
排名 5 · TkA04G044920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04564U-box1-58 aa
PF12678zf-rbx112-30 aa
PF00097zf-C3HC415-31 aa
PF03466LysR_substrate43-89 aa
PF23628ARM_LIN_C68-151 aa
PF24768ARM_ARMC572-234 aa
PF20168PDS573-240 aa
PF04564U-box75-98 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G044920PF04564U-box1581.4e-1557.9
TkA04G044920PF12678zf-rbx112300.03215.2
TkA04G044920PF00097zf-C3HC415310.1512.6
TkA04G044920PF03466LysR_substrate43890.07913.0
TkA04G044920PF23628ARM_LIN_C681510.01614.9
TkA04G044920PF24768ARM_ARMC5722342.7e-2383.5
TkA04G044920PF20168PDS5732400.08211.4
TkA04G044920PF04564U-box75981.4e-1557.9
TkA04G044920PF13513HEAT_EZ791040.3812.1
TkA04G044920PF25598ARM_PUB843242.3e-2177.2
TkA04G044920PF13646HEAT_2861502.9e-0731.4
TkA04G044920PF00514Arm1131521.7e-37127.0
TkA04G044920PF04826Arm_21142570.002917.9
TkA04G044920PF05804KAP1152110.02113.8
TkA04G044920PF13513HEAT_EZ1161480.3812.1
TkA04G044920PF05536Neurochondrin1251870.002517.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SNC6拟南芥sp|Q9SNC6|PUB13_ARATH U-box domain-containing protein 1370.100%Swiss-Prot低置信
Q8VZ40拟南芥sp|Q8VZ40|PUB14_ARATH U-box domain-containing protein 1462.700%Swiss-Prot低置信
A2ZLU6水稻sp|A2ZLU6|SL11_ORYSI Protein spotted leaf 1168.400%Swiss-Prot低置信
Q0IMG9水稻sp|Q0IMG9|SL11_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SPL1168.400%Swiss-Prot低置信
Q5VRH9水稻sp|Q5VRH9|PUB12_ORYSJ U-box domain-containing protein 1261.000%Swiss-Prot低置信

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