TkA04G042020 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G042020

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 11263094-11265501 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1357 bp · TkA04G042020|TK1151|cDNA

TTTAAAAGCCACTATTTAAAAAAAATAATGATAAAGAAAAAATAAAAAAGCGATTACACTGTTCTTCCGTGTATAAGAAATCGGCACTTGTAGTGGCCTTAGTAAACGCACAGAAAAATCTGCTCCATCGAAATCAGTGTAATTTTGGGAATTTCATGGTCATCGGAACCGCGTTTGCAGATTGCGATTAGTGTTTTCTTTTTCATTTTTATCGATTTTGACTAAAAAACTTTCGGAGCGTTTGATGAGAGTTTAATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

735 bp · TkA04G042020|TK1151|CDS

ATGGTAATCGGGAAGATTTTCAAGGATTCGCTTAAAGCTCTTGAAGCTGATATTCAACATGCCAATACTCTGGCTTTAAGCTCCCCTCGTGATTACGACGGAGGAACCCTTCAGATGAGACTCTCTTGCAGTCCAGCCATCGATTTGTTCTCCTTTCTTTTCCCATGGACCGATTGTAAAATCGCAGGTGCCCTTGGCTTGCTTCGTATCTTCATTTACATGACATTTGCTGATGGCAAAACTACCATGTGTCTTCAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

244 aa · TkA04G042020|TK1151|PROTEIN

MVIGKIFKDSLKALEADIQHANTLALSSPRDYDGGTLQMRLSCSPAIDLFSFLFPWTDCKIAGALGLLRIFIYMTFADGKTTMCLQERKASIKEFYDVIFPSILQLQSGITDLEERKQKEICSKRYSRKDSLDKGKVSDIDFEREIECGICMETNSRVVLPNCSHSLCLKCYRDWHERSRSCPFCRDSLKEVNVNDLWICIEASEIIDMSIISKENKKRLFMYIEKLPLIIPSAICDLSDSHLR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G042020`
TK1151 ID	TkA04G042020
OH-1004 ID	LXL04_036546
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G042020

位置 Chr04:11263094-11265501 (+)

描述 Similar to AIRP2: E3 ubiquitin-protein ligase AIRP2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01520`	在体外与 E2 酶 UBC8 结合时具有 E3 泛素蛋白连接酶活性。	The Arabidopsis RING E3 ubiquitin ligase AtAIRP2 plays combinatory roles with AtAIRP1 in abscisic acid-mediated drought stress responses.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.185595 AtAIRP2 E3 Ligase Affects ABA and High-Salinity Responses by Stimulating Its ATP1/SDIRIP1 Substrate Turnover.2017 · DOI: 10.1104/pp.17.00467

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036546 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G01520

bta:539455

cfa:476852

mmu:67150

rno:308900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.446

排名 1 · TkA04G042020 · TK1151

细胞核0.439

排名 2 · TkA04G042020 · TK1151

线粒体0.097

排名 3 · TkA04G042020 · TK1151

细胞膜0.096

排名 4 · TkA04G042020 · TK1151

内质网0.062

排名 5 · TkA04G042020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01020Ribosomal_L40e116-128 aa

PF14634zf-RING_5121-127 aa

PF14447Prok-RING_4121-129 aa

PF17978zf-RING_14143-175 aa

PF25447RING_ZNF598145-194 aa

PF13920zf-C3HC4_3146-191 aa

PF05290Baculo_IE-1146-194 aa

PF13639zf-RING_2147-186 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G042020	`PF01020`	Ribosomal_L40e	116	128	1.5	9.5
TkA04G042020	`PF14634`	zf-RING_5	121	127	2.8e-05	24.7
TkA04G042020	`PF14447`	Prok-RING_4	121	129	0.00016	22.2
TkA04G042020	`PF17978`	zf-RING_14	143	175	0.077	14.1
TkA04G042020	`PF25447`	RING_ZNF598	145	194	0.19	12.8
TkA04G042020	`PF13920`	zf-C3HC4_3	146	191	8.6e-10	39.0
TkA04G042020	`PF05290`	Baculo_IE-1	146	194	0.0096	16.6
TkA04G042020	`PF13639`	zf-RING_2	147	186	4.6e-08	33.9
TkA04G042020	`PF13923`	zf-C3HC4_2	147	185	2.5e-05	24.7
TkA04G042020	`PF14634`	zf-RING_5	147	186	2.8e-05	24.7
TkA04G042020	`PF12678`	zf-rbx1	147	186	0.00037	21.4
TkA04G042020	`PF00097`	zf-C3HC4	148	185	1e-05	26.0
TkA04G042020	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	148	189	1.3e-05	25.8
TkA04G042020	`PF14447`	Prok-RING_4	148	189	0.00016	22.2
TkA04G042020	`PF13445`	zf-RING_UBOX	148	183	0.00016	22.3
TkA04G042020	`PF15227`	zf-C3HC4_4	148	185	0.025	15.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M022`	拟南芥	sp\|Q9M022\|AIRP2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase AIRP2	67.700%	Swiss-Prot	高置信

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