TkA04G038950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G038950

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 10450268-10455649 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3481 bp · TkA04G038950|TK1151|cDNA

TATACATCGTTGGATCAAATGTAATCAGTCACTAACAGTGAGAACGAATGTAGGAGAGCGGCCCTCCAAAAATTCAAAAACTCAATCGATCCCGCTACTTCAGTACTTCTCATTTCGATTTGGAGAGAGACACAACGTTCGATTTCGATTCAAGCAAACACCGCAGACGCCAAATAATCTCTCCATCTTACACAGTGCTACTGATTGTTTGCAGAAATGTCCGGTCGCCATGAAAAGGGCGTCAATGTTCAGGTCCTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3009 bp · TkA04G038950|TK1151|CDS

ATGTCCGGTCGCCATGAAAAGGGCGTCAATGTTCAGGTCCTTCTTCGGTGCAGGCCTTTTAGTGACGATGAGTTAAGGAACAACGCCCCTCAGGTGGTAACGTGTAATGAGTACCAGAGAGAAGTTGCGGTTTCACAGAGTATTGCTGGGAAGCAAATCGATAGGGTTTTCACGTTTGACAAGGTTTTTGGACCTACCGCCCACCAAAAAGATCTATATGAACAAGCAATCACTCCTATCGTAAATGAAGTTCTAGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1002 aa · TkA04G038950|TK1151|PROTEIN

MSGRHEKGVNVQVLLRCRPFSDDELRNNAPQVVTCNEYQREVAVSQSIAGKQIDRVFTFDKVFGPTAHQKDLYEQAITPIVNEVLEGFNCTIFAYGQTGTGKTYTMEGECKRSKSGPDGELPSHAGLIPRAVKQIFDTLENQKAEYSVKVTFLELYNEEITDLLAVEEITKVIEDKQKKLLPLMEDGKGGVLVRGLEEEIVTSASEIFTLLERGSAKRRTAETLLNKQSSRSHSLFSITIHIKEANPEGDELIKCGKLNL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G038950`
TK1151 ID	TkA04G038950
OH-1004 ID	LXL04_036519
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G038950

位置 Chr04:10450268-10455649 (-)

描述 Similar to KIN5C: Kinesin-like protein KIN-5C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g36200`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献
`At3g45850`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献
`At2g28620`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0558400`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036519 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程

GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0051231 spindle elongation 生物过程

GO:0090307 mitotic spindle assembly 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005819 spindle 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0005876 spindle microtubule 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28620

ath:AT2G36200

nta:107774014

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.763

排名 1 · TkA04G038950 · TK1151

细胞核0.209

排名 2 · TkA04G038950 · TK1151

细胞膜0.071

排名 3 · TkA04G038950 · TK1151

高尔基体0.059

排名 4 · TkA04G038950 · TK1151

线粒体0.057

排名 5 · TkA04G038950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16796Microtub_bd10-164 aa

PF00225Kinesin16-356 aa

PF10669Phage_Gp2332-78 aa

PF00004AAA94-188 aa

PF01576Myosin_tail_1340-526 aa

PF28743IPGAL2_N367-393 aa

PF00004AAA368-394 aa

PF16796Microtub_bd405-424 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G038950	`PF16796`	Microtub_bd	10	164	7.3e-26	91.6
TkA04G038950	`PF00225`	Kinesin	16	356	3.8e-115	385.1
TkA04G038950	`PF10669`	Phage_Gp23	32	78	8.7	7.4
TkA04G038950	`PF00004`	AAA	94	188	3.7	8.7
TkA04G038950	`PF01576`	Myosin_tail_1	340	526	3.0	6.3
TkA04G038950	`PF28743`	IPGAL2_N	367	393	0.075	13.5
TkA04G038950	`PF00004`	AAA	368	394	3.7	8.7
TkA04G038950	`PF16796`	Microtub_bd	405	424	7.3e-26	91.6
TkA04G038950	`PF10669`	Phage_Gp23	409	468	8.7	7.4
TkA04G038950	`PF24627`	PUMA_CC	415	480	0.0042	17.8
TkA04G038950	`PF27044`	HAUS3_CC	426	477	2.3	9.2
TkA04G038950	`PF27044`	HAUS3_CC	494	509	2.3	9.2
TkA04G038950	`PF28743`	IPGAL2_N	496	517	0.075	13.5
TkA04G038950	`PF15910`	V-set_2	532	597	0.13	13.3
TkA04G038950	`PF27044`	HAUS3_CC	541	573	2.3	9.2
TkA04G038950	`PF16796`	Microtub_bd	546	585	7.3e-26	91.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P82266`	拟南芥	sp\|P82266\|KN5C_ARATH Kinesin-like protein KIN-5C	65.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LZU5`	拟南芥	sp\|Q9LZU5\|KN5D_ARATH Kinesin-like protein KIN-5D	48.300%	Swiss-Prot	中等置信
`F4IIS5`	拟南芥	sp\|F4IIS5\|KN5A_ARATH Kinesin-like protein KIN-5A	44.600%	Swiss-Prot	中等置信
`B7EJ91`	水稻	sp\|B7EJ91\|KN5C_ORYSJ Kinesin-like protein KIN-5C	60.500%	Swiss-Prot	高置信

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