TkA04G025130 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G025130

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 6570774-6572513 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1164 bp · TkA04G025130|TK1151|cDNA

AAGAAAGAAACCGCTTAAAGTTTTCTTCCTCATATATCCTCCCCCAAATCCCCCTTCTTCGCAAACCCTAGACATGGAACAAGAACTCTAAATCCGCTTTCTCTCTGTCAATCTCATCATTTTATCACTCCAGACTCTCGATCGGTCCTCAATCGCAAACGGGTTCATGTATCGTTCTTTTTCATGTCTGTGTGCGTATGGTGGTGATGAGATATGACTACTCTTTCGCATGATTATTATGCAGAAAGCACATCATGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

663 bp · TkA04G025130|TK1151|CDS

ATGAACACTCAAGGTCAAGTCGTGAGGTACGCAAGAGGTGGTAAACGAAGGAAAGGAGTACCAGATCTTAATGTTCCTCCTCCAAATGAAAACCACGAACAAACAAGCGGCCAAACTGTGTCAGTATCTCGGACTAATCCTCCATCTATTCCACTACCTGCTACAGGATCAACACAACCTGCACTAATCGACGTTGAAGAACTAGATGATGACGTCGTCATTTCCTCCCCAAGAGCATTCGAAGAAGCTAAAAACAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

220 aa · TkA04G025130|TK1151|PROTEIN

MNTQGQVVRYARGGKRRKGVPDLNVPPPNENHEQTSGQTVSVSRTNPPSIPLPATGSTQPALIDVEELDDDVVISSPRAFEEAKNKSRRIRRRALVVDVDSARVVHNHGNKRKRGNSNPNPIQPINCEIYNLEGSSGSMRGKSRVVVPPPPPPPPPPPPEPTFSCPVCMGPLVEEVTTKCGHIFCKGCIKAAISAQSKCPTCRRKVTNKDIIRVYLPTTK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G025130`
TK1151 ID	TkA04G025130
OH-1004 ID	LXL04_036768
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G025130`
位置	Chr04:6570774-6572513 (+)
描述	Similar to Rnf4: E3 ubiquitin-protein ligase RNF4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_036768` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0007283 spermatogenesis 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0032355 response to estradiol 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0044752 response to human chorionic gonadotropin 生物过程 GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0046685 response to arsenic-containing substance 生物过程
KEGG 基因交叉引用	bta:767973 hsa:6047 mmu:19822 mmu:67504 rno:29274 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.978

排名 1 · TkA04G025130 · TK1151

细胞质0.111

排名 2 · TkA04G025130 · TK1151

细胞膜0.016

排名 3 · TkA04G025130 · TK1151

线粒体0.010

排名 4 · TkA04G025130 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA04G025130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16101PRIMA134-65 aa

PF16101PRIMA1135-163 aa

PF09723Zn_ribbon_8162-173 aa

PF11789zf-Nse163-202 aa

PF13639zf-RING_2164-203 aa

PF13920zf-C3HC4_3164-207 aa

PF16685zf-RING_10164-204 aa

PF14447Prok-RING_4164-169 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G025130	`PF16101`	PRIMA1	34	65	3.7	8.0
TkA04G025130	`PF16101`	PRIMA1	135	163	3.7	8.0
TkA04G025130	`PF09723`	Zn_ribbon_8	162	173	7.2	7.4
TkA04G025130	`PF11789`	zf-Nse	163	202	0.072	13.6
TkA04G025130	`PF13639`	zf-RING_2	164	203	2.9e-09	37.8
TkA04G025130	`PF13920`	zf-C3HC4_3	164	207	6.9e-08	32.9
TkA04G025130	`PF16685`	zf-RING_10	164	204	0.00081	20.2
TkA04G025130	`PF14447`	Prok-RING_4	164	169	0.0023	18.5
TkA04G025130	`PF12861`	zf-ANAPC11	164	209	0.019	15.7
TkA04G025130	`PF04423`	Rad50_zn_hook	164	175	0.026	15.0
TkA04G025130	`PF13923`	zf-C3HC4_2	165	202	2.5e-10	40.7
TkA04G025130	`PF00097`	zf-C3HC4	165	202	7.3e-10	39.3
TkA04G025130	`PF13445`	zf-RING_UBOX	165	200	6.7e-07	29.9
TkA04G025130	`PF14634`	zf-RING_5	165	204	1.3e-06	29.0
TkA04G025130	`PF15227`	zf-C3HC4_4	165	202	3.5e-05	24.5
TkA04G025130	`PF12678`	zf-rbx1	165	203	0.00028	21.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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