TkA04G023400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G023400

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 6013624-6016675 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1911 bp · TkA04G023400|TK1151|cDNA

ATCCAACGGTTCTAATACAACAAAACCCTCCCAAATTCCCAAACCGAAGTTTTCAAAATCCCCTCTCTTCCTCCATAGATCTCATCTTCTCTCTGAAACCCCTACACTCGATACTCACGACGACAGCATCGCAATCTCTCTGCAAATTCCCCCTTTTTATACCTCATCGCACAAGGAAAACGCGCAATTACCCTCTTCAGTACTAATCTACCCATTCAAATTAAGTGTAATTTGTGATCCTAGATGCTCGATTTCACTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1362 bp · TkA04G023400|TK1151|CDS

ATGGCGAGCTCTTACTCATCCTCTGTTACCGCTTCTCAGGTTGGTTCGTACTTTGTTCAGCAGTACTATCAGGTGCTTCAACAACAACCAGAATTCGTTCATCAGTTTTACACCGATTCCAGTACCATGATTCGGGTTGATGGCGAATCCACTGAAACCGCATCAGCTATATTCCAAATTCACACACTTATTCAGTCCTCACTTTTTAGTGGGATTGAAATCAAGACCATAAACTCTGTTGAATCATGGAGTGAAGGGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

453 aa · TkA04G023400|TK1151|PROTEIN

MASSYSSSVTASQVGSYFVQQYYQVLQQQPEFVHQFYTDSSTMIRVDGESTETASAIFQIHTLIQSSLFSGIEIKTINSVESWSEGIVVVVSGSVKSKYFNGWRKFVQTFFLAPQEKGYFVMNDIFHFVSEESTNHLPPPMAATHTDDFQPISSTTPDQLVAEDVLEVETRDNFNSLHLQNEDQGNYYTSQEQQHQHQHQQQEQEDDESEEEEEYEDEPQVEDHVHNHNHNHVEYVQEPFHHETVEYIQEPLPPVQEPTR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G023400`
TK1151 ID	TkA04G023400
OH-1004 ID	LXL04_036822
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G023400

位置 Chr04:6013624-6016675 (+)

描述 Similar to NTF2: Nuclear transport factor 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60980`	参与 RNA 指导的 DNA 甲基化。	AtMBD6, a methyl CpG binding domain protein, maintains gene silencing in Arabidopsis by interacting with RNA binding proteins.2017 · DOI: 10.1007/s12038-016-9658-1

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036822 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007265 Ras protein signal transduction 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0032481 positive regulation of type I interferon production 生物过程

GO:0034063 stress granule assembly 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005925 focal adhesion 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G60980

bta:534214

hsa:10146

pon:100172476

spo:2541364

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.733

排名 1 · TkA04G023400 · TK1151

细胞核0.336

排名 2 · TkA04G023400 · TK1151

高尔基体0.058

排名 3 · TkA04G023400 · TK1151

内质网0.055

排名 4 · TkA04G023400 · TK1151

溶酶体／液泡0.051

排名 5 · TkA04G023400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02136NTF214-128 aa

PF22602NXF_NTF216-43 aa

PF22602NXF_NTF276-127 aa

PF06524NOA36133-227 aa

PF01080Presenilin180-230 aa

PF02535Zip190-242 aa

PF14851FAM176191-229 aa

PF22602NXF_NTF2202-226 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G023400	`PF02136`	NTF2	14	128	3.7e-24	86.1
TkA04G023400	`PF22602`	NXF_NTF2	16	43	0.026	15.3
TkA04G023400	`PF22602`	NXF_NTF2	76	127	0.026	15.3
TkA04G023400	`PF06524`	NOA36	133	227	5.6	7.0
TkA04G023400	`PF01080`	Presenilin	180	230	5.7	6.3
TkA04G023400	`PF02535`	Zip	190	242	2.9	7.7
TkA04G023400	`PF14851`	FAM176	191	229	5.1	7.6
TkA04G023400	`PF22602`	NXF_NTF2	202	226	0.026	15.3
TkA04G023400	`PF00076`	RRM_1	335	400	5.2e-10	39.8
TkA04G023400	`PF30866`	NUP53_M	366	411	0.073	13.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FME2`	拟南芥	sp\|Q9FME2\|NTF2_ARATH Nuclear transport factor 2	32.400%	Swiss-Prot	中等置信

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