TkA04G020540 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G020540

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 5214170-5218071 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1452 bp · TkA04G020540|TK1151|cDNA

ATGGATTCAGCAAGGAGCTGGCTACATAAATTTCAACCAAGAGACCGATTAAGGTCAAATACCAGAAGGAGAGATTCAATGGGTGGTGGTGAAGATGACATTTCAGGTGAAGAGGCATCAAATATCACAAAGCAAAAGGTCGCTGCAGCCAAAAAGTACATTGAAAACCATTACAAGGAACAAATGAAGAATCTACAGGAAAGGAAAGAACGACACAAAATGGGGGCTGATGATTTTGAGTTACTCACAATGATTGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1452 bp · TkA04G020540|TK1151|CDS

ATGGATTCAGCAAGGAGCTGGCTACATAAATTTCAACCAAGAGACCGATTAAGGTCAAATACCAGAAGGAGAGATTCAATGGGTGGTGGTGAAGATGACATTTCAGGTGAAGAGGCATCAAATATCACAAAGCAAAAGGTCGCTGCAGCCAAAAAGTACATTGAAAACCATTACAAGGAACAAATGAAGAATCTACAGGAAAGGAAAGAACGACACAAAATGGGGGCTGATGATTTTGAGTTACTCACAATGATTGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

483 aa · TkA04G020540|TK1151|PROTEIN

MDSARSWLHKFQPRDRLRSNTRRRDSMGGGEDDISGEEASNITKQKVAAAKKYIENHYKEQMKNLQERKERHKMGADDFELLTMIGKGAFGEVRVCREKTTGSVFAMKKLKKSEMLRRGQVEHVRAERNLLAEVDSNCIVKLYCSFQDDEYLYLIMEYLPGGDMMTLLMRKDTLTEDEARFYVAETVLAIESIHKHNYVHRDIKPDNLLLDRYGHLRLSDLDCDDRSGAPRRTQQEQLQHWQKNRRTLAYSTVGTPDYIA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G020540`
TK1151 ID	TkA04G020540
OH-1004 ID	LXL04_036856
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	84.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.128 / OH-1004 90.459 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G020540`
位置	Chr04:5214170-5218071 (+)
描述	Similar to CBK1: Serine/threonine-protein kinase CBK1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_036856` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000920 septum digestion after cytokinesis 生物过程 GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程 GO:0007118 budding cell apical bud growth 生物过程 GO:0007163 establishment or maintenance of cell polarity 生物过程 GO:0007165 signal transduction 生物过程 GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程 GO:0018105 peptidyl-serine phosphorylation 生物过程 GO:0030866 cortical actin cytoskeleton organization 生物过程 GO:0030950 establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity 生物过程 GO:0031032 actomyosin structure organization 生物过程 GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程 GO:0045921 positive regulation of exocytosis 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0278457 dme:Dmel_CG8637 dpo:4813412 hsa:23012 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.572

排名 1 · TkA04G020540 · TK1151

细胞核0.417

排名 2 · TkA04G020540 · TK1151

细胞膜0.157

排名 3 · TkA04G020540 · TK1151

线粒体0.053

排名 4 · TkA04G020540 · TK1151

高尔基体0.050

排名 5 · TkA04G020540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase41-65 aa

PF03232COQ747-77 aa

PF00069Pkinase80-338 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr80-221 aa

PF01636APH125-243 aa

PF03109ABC1153-222 aa

PF06293Kdo154-244 aa

PF14531Kinase-like176-222 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G020540	`PF00069`	Pkinase	41	65	6e-49	167.5
TkA04G020540	`PF03232`	COQ7	47	77	0.11	12.8
TkA04G020540	`PF00069`	Pkinase	80	338	6e-49	167.5
TkA04G020540	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	80	221	9.4e-19	68.4
TkA04G020540	`PF01636`	APH	125	243	0.0084	16.6
TkA04G020540	`PF03109`	ABC1	153	222	0.0081	16.1
TkA04G020540	`PF06293`	Kdo	154	244	0.0035	17.5
TkA04G020540	`PF14531`	Kinase-like	176	222	0.09	12.7
TkA04G020540	`PF07387`	Seadorna_VP7	191	220	0.12	12.1
TkA04G020540	`PF00433`	Pkinase_C	357	401	5.6e-09	37.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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