TkA04G011250 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G011250

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 2724433-2729174 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1743 bp · TkA04G011250|TK1151|cDNA

ATTAATCCCATGGGGGACTATGATTTTAGTCCACACGTGGATATTATAGACAGCACAAATCCACTGCGACATTTTCCCCAAGAAAACAAGAGTCATATAGATGGATTTGCTTCCTTCCCTCCCTCCCTCACGTCCAAGCATCGAATCCCTCTTTAACCCTTAATTAGCCACAAAGCTCTTACCTTTTTCAGTCAATCGTTGTAACAAACTAGAAAAAACCCTAACCAAATCACCAATTAGCTGTATTTCGGTCCCAAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

720 bp · TkA04G011250|TK1151|CDS

ATGCTATCAATGTGTAAAGAGGTTCCTTGGTTCTTGGACGACGAAAGTGCTCGTGTGTATGTTGTTGGAGCTCGTGGTGCTGCTGGTTTGGTGTTAACTATTGGAAGTGAAGTCTTTGAGGAATCAGGAAGATCACTTGTTCGTGGAACTTTAGATTATCTGCAAGGTCTCAAGATGCTTGGAGTCAAGAGAATTGAACGCGTTCTTCCAACGGGCACTCCCTTAACGGTTGTTGGTGAGGCTATTAAAGATGACATTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

239 aa · TkA04G011250|TK1151|PROTEIN

MLSMCKEVPWFLDDESARVYVVGARGAAGLVLTIGSEVFEESGRSLVRGTLDYLQGLKMLGVKRIERVLPTGTPLTVVGEAIKDDIGTVRIQRPLKGPFYVSHKTIDQLIANLGKWARWYKYASMSFAAFGFYLIAKHAFQYIMERKRHWELKKRVRDAAAKRAVSDNEGSNDKAENGFGGTRKDGQMPDICVICLEQEYNSVFVPCGHMCCCVTCSSHLTSCPLCRSRIGQVVKTFRH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G011250`
TK1151 ID	TkA04G011250
OH-1004 ID	LXL04_037003
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 69.679 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G011250

位置 Chr04:2724433-2729174 (-)

描述 Similar to SP1: E3 ubiquitin-protein ligase SP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q8L7N4`	参与叶绿体蛋白质导入调控的E3泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献
`At1g59560`	具有 E3 泛素-蛋白连接酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037003 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0000266 mitochondrial fission 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009893 positive regulation of metabolic process 生物过程

GO:0010637 negative regulation of mitochondrial fusion 生物过程

GO:0010821 regulation of mitochondrion organization 生物过程

GO:0016558 protein import into peroxisome matrix 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0022603 regulation of anatomical structure morphogenesis 生物过程

GO:0030162 regulation of proteolysis 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G59560

ath:AT1G63900

hsa:79594

xla:414680

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.252

排名 1 · TkA04G011250 · TK1151

线粒体0.203

排名 2 · TkA04G011250 · TK1151

细胞质0.183

排名 3 · TkA04G011250 · TK1151

细胞核0.181

排名 4 · TkA04G011250 · TK1151

过氧化物酶体0.114

排名 5 · TkA04G011250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12483GIDE3-131 aa

PF13920zf-C3HC4_3190-232 aa

PF13639zf-RING_2191-227 aa

PF24921RING_XB3-XBAT31191-230 aa

PF14447Prok-RING_4192-231 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G011250	`PF12483`	GIDE	3	131	5.7e-35	120.9
TkA04G011250	`PF13920`	zf-C3HC4_3	190	232	1.2e-13	51.3
TkA04G011250	`PF13639`	zf-RING_2	191	227	0.055	14.5
TkA04G011250	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	191	230	0.46	11.3
TkA04G011250	`PF14447`	Prok-RING_4	192	231	2.6e-06	27.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7N4`	拟南芥	sp\|Q8L7N4\|SP1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase SP1	71.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q94HV7`	拟南芥	sp\|Q94HV7\|SPL1P_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase SPL1	53.000%	Swiss-Prot	高置信

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