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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G561890
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 142624481-142628681 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3301 bp · TkA03G561890|TK1151|cDNA

GCAAAAGGCGGTGCGGATTTTAAAGCCAAAACTTTGGGCAACAGTCATTTCAAAAGACCGGGAAAACAAAGGGCTTTCGGAGCGGAAACTTCAAGACACCAAATGGAGCATCAGTTATCATCGTGAAGTAAGCGAGAATAATCAGGTTCGTTTGCCATCTGGCACCTTCTTCGAATTGATATTGGAAAGGGGAAAAAGTTAGTCGATCTTCGTGTCTGCAGACTGCAATGGCATCTGTAAATGAGTCGGCTGCTTCTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2727 bp · TkA03G561890|TK1151|CDS

ATGGCATCTGTAAATGAGTCGGCTGCTTCTTCCTCCAAAACTAGGGTTCTTCCTTCATGGGGTTCTTCATCCGTGTCAAGTACTACAGGTTCCCGTGGATCAACTAAAAAGCCTCCTCCTTCTAAAAAGGAATCTACTTCAAACAGTCAAAAGTTGCCGACCAGTAAAGTTTATAAAAATTCAAGATGGTATACACTCACACATGGAAATCACAAGAAAGCTACTTTAAATCACGAATCTGATAACCAGATACCCCAGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

908 aa · TkA03G561890|TK1151|PROTEIN

MASVNESAASSSKTRVLPSWGSSSVSSTTGSRGSTKKPPPSKKESTSNSQKLPTSKVYKNSRWYTLTHGNHKKATLNHESDNQIPQKDTKRILSSYLQNSSSSNSNPTPQRNESYETNDLPASSSHTNFQPQDSFSFANNDVSMKNNNGRRLLPAFMNPHGSVSATQYAGQSGNSRPVVVQETVGDERLIYQVALRDLYQPTTEATLPEGLLSIPLFRHQKIALAWMLDKENSVACSGGILADDQGLGKTISVIALIQMQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G561890
TK1151 IDTkA03G561890
OH-1004 IDLXL04_011047
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.559 / OH-1004 61.875
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G561890
位置Chr03:142624481-142628681 (+)
描述Similar to CHR28: Helicase-like transcription factor CHR28
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g50410 可能参与转录基因沉默的解旋酶样转录因子。
SUVR2 is involved in transcriptional gene silencing by associating with SNF2-related chromatin-remodeling proteins in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1038/cr.2014.156
SNF2 chromatin remodeler-family proteins FRG1 and -2 are required for RNA-directed DNA methylation.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1420515111
At3g20010 可能参与转录基因沉默的解旋酶样转录因子。
SUVR2 is involved in transcriptional gene silencing by associating with SNF2-related chromatin-remodeling proteins in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1038/cr.2014.156
SNF2 chromatin remodeler-family proteins FRG1 and -2 are required for RNA-directed DNA methylation.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1420515111
At5g43530 具有内在的依赖 ATP 的核小体重塑活性。
A homolog of ScRAD5 is involved in DNA repair and homologous recombination in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.116806
At5g22750 在无差错复制后 DNA 修复或 DNA 损伤耐受 途径中发挥作用。
A homolog of ScRAD5 is involved in DNA repair and homologous recombination in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.116806
RAD5A, RECQ4A, and MUS81 have specific functions in homologous recombination and define different pathways of DNA repair in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.078568
RAD5a and REV3 function in two alternative pathways of DNA-damage tolerance in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1016/j.dnarep.2011.04.009
AtRAD5A is a DNA translocase harboring a HIRAN domain which confers binding to branched DNA structures and is required for DNA repair in vivo.2016 · DOI: 10.1111/tpj.13283

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011047 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0004386 helicase activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0008094 ATP-dependent activity, acting on DNA 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0016787 hydrolase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G50410
ath:AT3G20010
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.939
排名 1 · TkA03G561890 · TK1151
细胞质0.103
排名 2 · TkA03G561890 · TK1151
细胞膜0.022
排名 3 · TkA03G561890 · TK1151
线粒体0.018
排名 4 · TkA03G561890 · TK1151
质体0.014
排名 5 · TkA03G561890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23048SH3-A_UBE2O41-65 aa
PF00176SNF2-rel_dom219-601 aa
PF00270DEAD219-474 aa
PF00271Helicase_C323-362 aa
PF20491Ermin385-444 aa
PF23048SH3-A_UBE2O386-434 aa
PF08158SDA1_HEAT387-434 aa
PF08158SDA1_HEAT496-529 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G561890PF23048SH3-A_UBE2O41650.1113.9
TkA03G561890PF00176SNF2-rel_dom2196013.9e-73246.8
TkA03G561890PF00270DEAD2194740.002818.1
TkA03G561890PF00271Helicase_C3233621.7e-2074.0
TkA03G561890PF20491Ermin3854440.899.6
TkA03G561890PF23048SH3-A_UBE2O3864340.1113.9
TkA03G561890PF08158SDA1_HEAT3874343.97.1
TkA03G561890PF08158SDA1_HEAT4965293.97.1
TkA03G561890PF14835zf-RING_66346700.05214.2
TkA03G561890PF13920zf-C3HC4_36406782.5e-0524.7
TkA03G561890PF24921RING_XB3-XBAT316406730.01316.3
TkA03G561890PF00097zf-C3HC46416781.2e-0629.0
TkA03G561890PF13923zf-C3HC4_26416771.2e-0628.9
TkA03G561890PF14634zf-RING_56416780.0003621.1
TkA03G561890PF12678zf-rbx16416770.0006920.5
TkA03G561890PF14447Prok-RING_46416770.001319.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q94BR5拟南芥sp|Q94BR5|CHR28_ARATH Helicase-like transcription factor CHR2853.800%Swiss-Prot高置信
Q9LHE4拟南芥sp|Q9LHE4|CHR27_ARATH Helicase-like transcription factor CHR2752.100%Swiss-Prot高置信
Q9FIY7拟南芥sp|Q9FIY7|SM3L3_ARATH DNA repair protein RAD5B33.400%Swiss-Prot中等置信
Q9FNI6拟南芥sp|Q9FNI6|SM3L2_ARATH DNA repair protein RAD5A32.600%Swiss-Prot中等置信

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