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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G559400
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 141807771-141811255 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2766 bp · TkA03G559400|TK1151|cDNA

ATCCAATCCCTCGGAGGACCCTACCGAAGTTCCGTCGGGGGTGCCCGGTGAATAAAACCAACCATACCTTCTTATATCCCTTTCTGAGTGGAATTCGGCTCCAGTTCGTCATGGCAGAAATAGCAGCGCCATATCCTCAACTGAGCTTCCTTCGTTTTGATAAAAGTGCAATTACGCCTCCTAATTATGCCCAAAGACTACATTTTTCATCTAGGTTTCTGACAAGTGTTCCTGATGTCACCGGAAAACGGAGAAGAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

2676 bp · TkA03G559400|TK1151|CDS

CCAATCCCTCGGAGGACCCTACCGAAGTTCCGTCGGGGGTGCCCGGTGAATAAAACCAACCATACCTTCTTATATCCCTTTCTGAGTGGAATTCGGCTCCAGTTCGTCATGGCAGAAATAGCAGCGCCATATCCTCAACTGAGCTTCCTTCGTTTTGATAAAAGTGCAATTACGCCTCCTAATTATGCCCAAAGACTACATTTTTCATCTAGGTTTCTGACAAGTGTTCCTGATGTCACCGGAAAACGGAGAAGAATCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

891 aa · TkA03G559400|TK1151|PROTEIN

PIPRRTLPKFRRGCPVNKTNHTFLYPFLSGIRLQFVMAEIAAPYPQLSFLRFDKSAITPPNYAQRLHFSSRFLTSVPDVTGKRRRIIKIAVVRAKSGTVIEKEQEFKPSFEEYLKAMETVKSRREKRKVSTETPPSPSPSPSRSPSRKIDEGSFELKDSQDQITPRKVGNLEQGEVKKTWHRKKSDPKEPQLAANVKDINISPTIDEKHSKLQGQSFNTKRGSHINSVSSHDYARDTAVHDQSRVLLNSKQNEAMKKWTR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G559400
TK1151 IDTkA03G559400
OH-1004 IDLXL04_010977
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)98.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.939 / OH-1004 70.220
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G559400
位置Chr03:141807771-141811255 (+)
描述Similar to EMB2279: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g30610, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g30610 可能在胚胎发生中起作用。 暂无已核实直接文献
At5g67570 参与以SIGF依赖的方式调控早期叶绿体发育和叶绿体基因表达。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010977 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005976 polysaccharide metabolic process 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程
GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程
GO:0042793 plastid transcription 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0016788 hydrolase activity, acting on ester bonds 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G28570
ath:AT1G28580
ath:AT1G28590
ath:AT1G30610
ath:AT5G67570
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.768
排名 1 · TkA03G559400 · TK1151
线粒体0.127
排名 2 · TkA03G559400 · TK1151
细胞核0.093
排名 3 · TkA03G559400 · TK1151
细胞质0.031
排名 4 · TkA03G559400 · TK1151
细胞膜0.016
排名 5 · TkA03G559400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812PPR_3195-206 aa
PF16736sCache_like233-306 aa
PF23276TPR_24374-428 aa
PF13812PPR_3389-412 aa
PF13041PPR_2390-414 aa
PF01535PPR391-409 aa
PF13041PPR_2425-463 aa
PF01535PPR426-451 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G559400PF13812PPR_31952061.1e-2177.4
TkA03G559400PF16736sCache_like2333060.05414.6
TkA03G559400PF23276TPR_243744285.9e-0936.6
TkA03G559400PF13812PPR_33894121.1e-2177.4
TkA03G559400PF13041PPR_23904145.2e-39132.8
TkA03G559400PF01535PPR3914091.6e-33113.3
TkA03G559400PF13041PPR_24254635.2e-39132.8
TkA03G559400PF01535PPR4264511.6e-33113.3
TkA03G559400PF14559TPR_194364600.03415.2
TkA03G559400PF13041PPR_24574865.2e-39132.8
TkA03G559400PF13812PPR_34574851.1e-2177.4
TkA03G559400PF23276TPR_244604875.9e-0936.6
TkA03G559400PF01535PPR4694861.6e-33113.3
TkA03G559400PF23276TPR_244975545.9e-0936.6
TkA03G559400PF13812PPR_35055541.1e-2177.4
TkA03G559400PF12854PPR_15055342.5e-1866.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SA76拟南芥sp|Q9SA76|PPR64_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g30610, chloroplastic53.500%Swiss-Prot中等置信
Q9FJW6拟南芥sp|Q9FJW6|PP451_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g67570, chloroplastic31.700%Swiss-Prot中等置信

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