TkA03G555780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G555780

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 140698201-140702168 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3340 bp · TkA03G555780|TK1151|cDNA

CGGGAGGGGAGGTGTGGTAATGAAAAATGGAACTCTTTTTGGAAAATACTACACAAATAAGACAATATGTATAAGCCGTTCTAAGCATCCTATAAAATCAAACTGGCGATGATTGCAAGTCCGCAATCATGGTTCGAGTCCACTCCATCGTTGGTTGTTACCAACCACGATTTAAATAATCCCGGCCACCTACGGCATCAGCCGCCGTCCCCTCCAATTCCATACGCCACTTCGAAGTTTTTGTTGTTTCTTGTTTGTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2523 bp · TkA03G555780|TK1151|CDS

ATGGAGGGTTCAAATCATTCTGTTATCGCTTCTGATTCCGACGAAACAACAAACAGTGTATCAAAAGATTCCGAAACTCTCTCAGATTTCACTCACTCCACACGTAAATTAGGTGTAATTCTCACTGAATTTAAAGAAAACAAAATCATGGAGACTTCTCCCATAAGAAAAGCCGTCGATTCTCTCGAAACAGAGTTACAAAGGGCTAAAGCTTTAGTCGCAAGTCCCCTTTATTCCTCTTCACCAAAAAACCGAATCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

840 aa · TkA03G555780|TK1151|PROTEIN

MEGSNHSVIASDSDETTNSVSKDSETLSDFTHSTRKLGVILTEFKENKIMETSPIRKAVDSLETELQRAKALVASPLYSSSPKNRIEDITENLGRSIGLVLFASHDVSLTGKEKLETLRREMMSVAQFSAASSDSKSDFLDDVYTEQNDEDHDLDDDDDDDEEIVVEEIIEEDISKDVVISCSTIEDVVLYLKCGDDEQLKVALFAFETLINDHKATAEWIDSEGIVPILFNRLTSAKPLNRLSIIQNLRSLIAQDDGIK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G555780`
TK1151 ID	TkA03G555780
OH-1004 ID	LXL04_010928
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 88.377 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G555780

位置 Chr03:140698201-140702168 (-)

描述 Similar to PUB44: U-box domain-containing protein 44

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g76390`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010928 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010271 regulation of chlorophyll catabolic process 生物过程

GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程

GO:0090359 negative regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20780

ath:AT1G76390

ath:AT2G23140

dosa:Os03g0657100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.485

排名 1 · TkA03G555780 · TK1151

细胞核0.401

排名 2 · TkA03G555780 · TK1151

细胞膜0.189

排名 3 · TkA03G555780 · TK1151

内质网0.052

排名 4 · TkA03G555780 · TK1151

高尔基体0.037

排名 5 · TkA03G555780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04889Cwf_Cwc_1589-165 aa

PF06524NOA36121-163 aa

PF25571TPR_CCP1_N172-238 aa

PF24768ARM_ARMC5215-366 aa

PF00514Arm221-236 aa

PF23227HEAT_MROH2B_C230-314 aa

PF23654ARM_LIN_2nd261-279 aa

PF13877RPAP3_C265-297 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G555780	`PF04889`	Cwf_Cwc_15	89	165	1.5	9.3
TkA03G555780	`PF06524`	NOA36	121	163	7.2	6.6
TkA03G555780	`PF25571`	TPR_CCP1_N	172	238	0.0012	18.7
TkA03G555780	`PF24768`	ARM_ARMC5	215	366	3.6e-18	66.7
TkA03G555780	`PF00514`	Arm	221	236	1e-14	54.7
TkA03G555780	`PF23227`	HEAT_MROH2B_C	230	314	0.015	15.3
TkA03G555780	`PF23654`	ARM_LIN_2nd	261	279	2.7	8.3
TkA03G555780	`PF13877`	RPAP3_C	265	297	1.7	9.9
TkA03G555780	`PF25598`	ARM_PUB	266	462	1.9e-11	44.7
TkA03G555780	`PF13513`	HEAT_EZ	280	291	0.018	16.3
TkA03G555780	`PF00514`	Arm	283	294	1e-14	54.7
TkA03G555780	`PF25571`	TPR_CCP1_N	330	371	0.0012	18.7
TkA03G555780	`PF00514`	Arm	338	372	1e-14	54.7
TkA03G555780	`PF24768`	ARM_ARMC5	377	503	3.6e-18	66.7
TkA03G555780	`PF25571`	TPR_CCP1_N	383	464	0.0012	18.7
TkA03G555780	`PF00514`	Arm	386	418	1e-14	54.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SFX2`	拟南芥	sp\|Q9SFX2\|PUB43_ARATH U-box domain-containing protein 43	23.400%	Swiss-Prot	低置信

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