TkA03G554300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G554300

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 140336360-140342680 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3688 bp · TkA03G554300|TK1151|cDNA

AACAAACATAAGGCGAAAATTAGTTTTGGGTTAAAGACCTTTACTTATTGTATCGTTTCCAAATCCTGCCCTCCCCTAAAAAGCTCTCATGAATGCCCAGCACGAAGAACTGAAGTAACAGAAGGAGAGAGAAAGCGACCACGTTTCACCGGAACGAGATTTGATTCTCTCTCGTCACCGGATTCCCCTTTCGATCATAACCCTAACCCTACAAACTCCTCCCCATTCAGATCTCCCAATTCTAAATTATTCGATTGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

3300 bp · TkA03G554300|TK1151|CDS

ATGGATACATCCGCCTGTATAAAAGAAGTGAATCGATCGGCATCGGTGGCCTTTGCGCCCGAAGCGCCGCTCATTGCCGCAGGCACTATGGCGGGAGCTGTCGACATGTCGTTCAGCTCCTCCGCAAATCTGGAAATCTTTCAACTTGACTTCCAATCCGACGATCGCAAGCTTCCCTTAGTTGGCGCGATACCTATTACCGAACCATTTAATCGCCTATCATGGGGAAAATCCCCGACAGCGGGTTCGGAGGAATTCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1099 aa · TkA03G554300|TK1151|PROTEIN

MDTSACIKEVNRSASVAFAPEAPLIAAGTMAGAVDMSFSSSANLEIFQLDFQSDDRKLPLVGAIPITEPFNRLSWGKSPTAGSEEFSLGLVAGGLVDGNIGIWNPRILISSEEKEGALVQQLTRHKGPVRGLEFSGLSPNHLASGAEEGEICIWDISKPTEPTHFPPLKGNASAKQGEISYLSWNRKVQPILASTSFNGTTVVWDLRKQKPIISFSDSVRRRCSVLQWHPDFATQLIVASDDDSSPSLRIWDMRNTMSPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G554300`
TK1151 ID	TkA03G554300
OH-1004 ID	LXL04_010886
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G554300

位置 Chr03:140336360-140342680 (-)

描述 Similar to SEC31B: Protein transport protein SEC31 homolog B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g63460`	必需用于蛋白质从内质网运输到高尔基体。	暂无已核实直接文献
`At1g18830`	必需用于蛋白质从内质网运输到高尔基体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010886 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0051592 response to calcium ion 生物过程

GO:0090110 COPII-coated vesicle cargo loading 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0030120 vesicle coat 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18830

ath:AT3G63460

gga:422597

mmu:69162

pon:100173999

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.659

排名 1 · TkA03G554300 · TK1151

高尔基体0.237

排名 2 · TkA03G554300 · TK1151

细胞核0.201

排名 3 · TkA03G554300 · TK1151

溶酶体／液泡0.115

排名 4 · TkA03G554300 · TK1151

细胞膜0.093

排名 5 · TkA03G554300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25172Beta-prop_WDR3_2nd5-40 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz11-36 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st11-36 aa

PF25174Beta-prop_THOC312-27 aa

PF24796WDR5512-37 aa

PF23414Beta-prop_EML_213-34 aa

PF23098Beta-prop_NOL10_N14-53 aa

PF00400WD4015-29 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G554300	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	5	40	0.00032	20.8
TkA03G554300	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	11	36	4.8e-21	76.0
TkA03G554300	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	11	36	1e-17	65.1
TkA03G554300	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	12	27	2.7e-21	76.5
TkA03G554300	`PF24796`	WDR55	12	37	2.7e-09	37.2
TkA03G554300	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	13	34	2.4e-11	44.2
TkA03G554300	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	14	53	4.7e-06	26.7
TkA03G554300	`PF00400`	WD40	15	29	1.7e-10	41.7
TkA03G554300	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	88	160	4.7e-06	26.7
TkA03G554300	`PF24814`	WD40_Prp19	90	159	1.3e-15	57.9
TkA03G554300	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	90	226	1.7e-15	57.6
TkA03G554300	`PF00400`	WD40	90	104	1.7e-10	41.7
TkA03G554300	`PF24796`	WDR55	90	216	2.7e-09	37.2
TkA03G554300	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	91	158	4.8e-21	76.0
TkA03G554300	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	91	158	5.7e-18	66.0
TkA03G554300	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	91	254	2.2e-13	50.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L611`	拟南芥	sp\|Q8L611\|SC31B_ARATH Protein transport protein SEC31 homolog B	59.300%	Swiss-Prot	高置信
`F4ICD9`	拟南芥	sp\|F4ICD9\|SC31A_ARATH Protein transport protein SEC31 homolog A	50.100%	Swiss-Prot	高置信

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