TkA03G550660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G550660

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 139361214-139364052 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1241 bp · TkA03G550660|TK1151|cDNA

TTTAATAGGAGATCATATGCAAAAGATATAAAAACGTGGCACAGCTTATAAGTAGTTTCAAAAAACAAATTATGAAAATCGGAATGTGGTTGTTAAAGCAAAAAAGCTGCTAACTTGGGAAGCCCTTTAACCTTTAATAATAGTTAAGAACTAACAAAATGGGAGAAAAGGGCAGTTTGGTCCTTTGGTGTTGGCGGGCATTTCGCCTGATTTAGGGATATTAAGATACCACTACTCCTAACACAACAAACACTTCCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

696 bp · TkA03G550660|TK1151|CDS

ATGAACGGCGGTGGCGTGGTGTCGGGGAGGGACGTCAATGGTGATGAGGTGATTGATTATGTGTATAAAGTGGTGGTGATTGGCGATTCCGCGGTGGGGAAGACGCAGATGCTGTCAAGGTTTACGAGGAATGAGTTCCATTTTGATTCGAAATCGACGATCGGAGTTGAGTTTCAGACGAGGACGCTGAATATTCAGTCGAAGGTTATCAAGGCTCAGATCTGGGACACTGCTGGTCAAGAAAGATACCGAGCTGTAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

231 aa · TkA03G550660|TK1151|PROTEIN

MNGGGVVSGRDVNGDEVIDYVYKVVVIGDSAVGKTQMLSRFTRNEFHFDSKSTIGVEFQTRTLNIQSKVIKAQIWDTAGQERYRAVTSAYYRGALGAMLVYDITKRETFDHVARWVEELRVHADKTIVIALIGNKADLEEKRAVPSEDAMEFAENQGLYFFETSALTGDNVEAAFFKLLEEIYSVISKKTLENDAGKSNVDSLTLKGLKIDVNGGPDLDISEMKKVSSCSC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G550660`
TK1151 ID	TkA03G550660
OH-1004 ID	LXL04_014103
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	67.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.342 / OH-1004 93.722 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G550660

位置 Chr03:139361214-139364052 (+)

描述 Similar to RAB11D: Ras-related protein Rab11D

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g01200`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At5g47960`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014103 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G65270

nta:107766135

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.461

排名 1 · TkA03G550660 · TK1151

细胞质0.417

排名 2 · TkA03G550660 · TK1151

细胞膜0.189

排名 3 · TkA03G550660 · TK1151

溶酶体／液泡0.163

排名 4 · TkA03G550660 · TK1151

内质网0.157

排名 5 · TkA03G550660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12775AAA_717-63 aa

PF00025Arf22-181 aa

PF00071Ras23-183 aa

PF08477Roc23-137 aa

PF01926MMR_HSR123-130 aa

PF04670Gtr1_RagA23-140 aa

PF05621TniB23-45 aa

PF10662PduV-EutP23-66 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G550660	`PF12775`	AAA_7	17	63	0.21	11.8
TkA03G550660	`PF00025`	Arf	22	181	1.2e-13	51.7
TkA03G550660	`PF00071`	Ras	23	183	1.9e-61	207.1
TkA03G550660	`PF08477`	Roc	23	137	2.1e-33	115.8
TkA03G550660	`PF01926`	MMR_HSR1	23	130	5e-05	24.1
TkA03G550660	`PF04670`	Gtr1_RagA	23	140	0.04	14.1
TkA03G550660	`PF05621`	TniB	23	45	0.088	13.0
TkA03G550660	`PF10662`	PduV-EutP	23	66	0.1	13.1
TkA03G550660	`PF02421`	FeoB_N	23	79	0.16	12.2
TkA03G550660	`PF03193`	RsgA_GTPase	24	43	0.026	15.1
TkA03G550660	`PF13191`	AAA_16	24	85	0.24	12.6
TkA03G550660	`PF00009`	GTP_EFTU	55	185	0.00025	21.4
TkA03G550660	`PF29871`	REC_BcsE	91	132	0.16	12.1
TkA03G550660	`PF03193`	RsgA_GTPase	122	181	0.026	15.1
TkA03G550660	`PF02421`	FeoB_N	127	172	0.16	12.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LNK1`	拟南芥	sp\|Q9LNK1\|RABA3_ARATH Ras-related protein RABA3	69.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FE79`	拟南芥	sp\|Q9FE79\|RAA4C_ARATH Ras-related protein RABA4c	69.000%	Swiss-Prot	高置信

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