RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G545760
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 137696143-137696565 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

369 bp · TkA03G545760|TK1151|cDNA

ATGTTCAAGAAAGTCAGATCAATCACCTTCAATTTCTTTAACTTGTTAATCGGAGCTATCAAAAACACCCCTATCAAAAAAGCTGAAGAATTCAAGCAAGCAATGAAGAACATCGTGCTCAAAACACCCCCATCTGGAATCGGCACCACTCTCCAAGAATGTCTGCAAATCACGAAGACAATCGATGAGTTCCCTTTAATTATCCGTCCCGCTTTCACTTTAGGAGGTTCCGGTGGTGCCAGTATCACATCACAAGTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

369 bp · TkA03G545760|TK1151|CDS

ATGTTCAAGAAAGTCAGATCAATCACCTTCAATTTCTTTAACTTGTTAATCGGAGCTATCAAAAACACCCCTATCAAAAAAGCTGAAGAATTCAAGCAAGCAATGAAGAACATCGTGCTCAAAACACCCCCATCTGGAATCGGCACCACTCTCCAAGAATGTCTGCAAATCACGAAGACAATCGATGAGTTCCCTTTAATTATCCGTCCCGCTTTCACTTTAGGAGGTTCCGGTGGTGCCAGTATCACATCACAAGTTAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

122 aa · TkA03G545760|TK1151|PROTEIN

MFKKVRSITFNFFNLLIGAIKNTPIKKAEEFKQAMKNIVLKTPPSGIGTTLQECLQITKTIDEFPLIIRPAFTLGGSGGASITSQVIVEKSLLGWKQYETKIEMLKTEFEQPTDGDEGRRLN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G545760
TK1151 IDTkA03G545760
OH-1004 IDLXL04_010733
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)87.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G545760
位置Chr03:137696143-137696565 (+)
描述Similar to CARB: Carbamoyl-phosphate synthase large chain, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g29900 精氨酸特异性氨甲酰磷酸合酶（CPSase）大亚基。
Analysis of ven3 and ven6 reticulate mutants reveals the importance of arginine biosynthesis in Arabidopsis leaf development.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04425.x

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0570700 精氨酸特异性氨甲酰磷酸合酶（CPSase）大亚基。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010733 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006221 pyrimidine nucleotide biosynthetic process 生物过程
GO:0006526 L-arginine biosynthetic process 生物过程
GO:0006541 glutamine metabolic process 生物过程
GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程
GO:0044205 'de novo' UMP biosynthetic process 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005951 carbamoyl-phosphate synthase complex 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0004087 carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity 分子功能
GO:0004088 carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ana:alr3809
ath:AT1G29900
dosa:Os01g0570700
mxa:MXAN_3388
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.332
排名 1 · TkA03G545760 · TK1151
线粒体0.240
排名 2 · TkA03G545760 · TK1151
细胞质0.123
排名 3 · TkA03G545760 · TK1151
质体0.092
排名 4 · TkA03G545760 · TK1151
过氧化物酶体0.048
排名 5 · TkA03G545760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02786CPSase_L_D229-79 aa
PF02786CPSase_L_D283-102 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G545760PF02786CPSase_L_D229792.5e-1041.0
TkA03G545760PF02786CPSase_L_D2831022.5e-1041.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q42601拟南芥sp|Q42601|CARB_ARATH Carbamoyl phosphate synthase arginine-specific large chain, chloroplastic61.100%Swiss-Prot高置信
B9EXM2水稻sp|B9EXM2|CARB_ORYSJ Carbamoyl phosphate synthase arginine-specific large chain, chloroplastic55.000%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看