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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G536150
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 134934453-134939243 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3150 bp · TkA03G536150|TK1151|cDNA

ATGGATCAAATGCAGAATGTTGTGGTTCTTCAAGGATTCAATCTCGAAATCGAAACAGAGCTTCTGAATGTGGCTTTGTACGTTATTGATGTTGATGATTATTCGATTGATAAGAGAGCGTCTAAAATAGTTGCTCTTACTGGATCCAAAGAGTCTTGTAGATTAAATAGAGAAGCCCTAAGTAAAGCCAAGAGGGTTGAAGAATCATTGGTTGATGTGACGGAAGAGGAAGATACTAGTGAAAATGGATCCGAAGGCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3150 bp · TkA03G536150|TK1151|CDS

ATGGATCAAATGCAGAATGTTGTGGTTCTTCAAGGATTCAATCTCGAAATCGAAACAGAGCTTCTGAATGTGGCTTTGTACGTTATTGATGTTGATGATTATTCGATTGATAAGAGAGCGTCTAAAATAGTTGCTCTTACTGGATCCAAAGAGTCTTGTAGATTAAATAGAGAAGCCCTAAGTAAAGCCAAGAGGGTTGAAGAATCATTGGTTGATGTGACGGAAGAGGAAGATACTAGTGAAAATGGATCCGAAGGCTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1049 aa · TkA03G536150|TK1151|PROTEIN

MDQMQNVVVLQGFNLEIETELLNVALYVIDVDDYSIDKRASKIVALTGSKESCRLNREALSKAKRVEESLVDVTEEEDTSENGSEGSSKSSRRKFDEPKRDEESLVDESEEEQSNDNASEDASVLSRRHNDEVERILIEDSEEETQKENGSEGSSIHEESKCIDEDEIYLDDIEETNDINNENESHHSMKESTDGDKENKNIESAMYGSASSFKSGPHTYFLLSSDDSDSNDTVVALHEEETDEDIPIEIMSSEDDEEYE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G536150
TK1151 IDTkA03G536150
OH-1004 IDLXL04_026202
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)41.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 70.734 / OH-1004 62.411
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G536150
位置Chr03:134934453-134939243 (-)
描述Similar to CLSY3: SNF2 domain-containing protein CLASSY 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g05490 可能的染色质重塑因子。 暂无已核实直接文献
At3g24340 可能的染色质重塑因子。 暂无已核实直接文献
At5g20420 可能的染色质重塑因子。 暂无已核实直接文献
At3g42670 可能的染色质重塑因子。
Identification of genes required for de novo DNA methylation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.4161/epi.6.3.14242
At2g16390 染色质重塑复合物的亚基，介导 RNA 聚合酶 IV 和 V招募至染色质。
Atypical RNA polymerase subunits required for RNA-directed DNA methylation.2005 · DOI: 10.1038/ng1580
A SNF2-like protein facilitates dynamic control of DNA methylation.2005 · DOI: 10.1038/sj.embor.7400446
Endogenous targets of RNA-directed DNA methylation and Pol IV in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601150
RNAi, DRD1, and histone methylation actively target developmentally important non-CG DNA methylation in arabidopsis.2006 · DOI: 10.1371/journal.pgen.0020083
A structural-maintenance-of-chromosomes hinge domain-containing protein is required for RNA-directed DNA methylation.2008 · DOI: 10.1038/ng.119
Noncoding transcription by RNA polymerase Pol IVb/Pol V mediates transcriptional silencing of overlapping and adjacent genes.2008 · DOI: 10.1016/j.cell.2008.09.035
NRPD4, a protein related to the RPB4 subunit of RNA polymerase II, is a component of RNA polymerases IV and V and is required for RNA-directed DNA methylation.2009 · DOI: 10.1101/gad.1765209
Defining the functional network of epigenetic regulators in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp017
RNA polymerase V functions in Arabidopsis interphase heterochromatin organization independently of the 24-nt siRNA-directed DNA methylation pathway.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp006
The RNA silencing enzyme RNA polymerase v is required for plant immunity.2011 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002434
RNA polymerase V-dependent small RNAs in Arabidopsis originate from small, intergenic loci including most SINE repeats.2012 · DOI: 10.4161/epi.20290
The Arabidopsis nucleosome remodeler DDM1 allows DNA methyltransferases to access H1-containing heterochromatin.2013 · DOI: 10.1016/j.cell.2013.02.033

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026202 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001059 transcription by RNA polymerase IV 生物过程
GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程
GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程
GO:0035563 positive regulation of chromatin binding 生物过程
GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0070828 heterochromatin organization 生物过程
GO:0071360 cellular response to exogenous dsRNA 生物过程
GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程
GO:0140745 siRNA transcription 生物过程
GO:0000419 RNA polymerase V complex 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05490
ath:AT2G16390
ath:AT3G24340
ath:AT3G42670
ath:AT5G20420
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.942
排名 1 · TkA03G536150 · TK1151
细胞质0.108
排名 2 · TkA03G536150 · TK1151
细胞膜0.023
排名 3 · TkA03G536150 · TK1151
线粒体0.015
排名 4 · TkA03G536150 · TK1151
内质网0.011
排名 5 · TkA03G536150 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851ResIII151-184 aa
PF04851ResIII501-701 aa
PF00176SNF2-rel_dom505-796 aa
PF07088GvpD_P-loop532-558 aa
PF00271Helicase_C670-696 aa
PF00271Helicase_C847-963 aa
PF07088GvpD_P-loop889-933 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G536150PF04851ResIII1511842.9e-0834.5
TkA03G536150PF04851ResIII5017012.9e-0834.5
TkA03G536150PF00176SNF2-rel_dom5057968e-29101.4
TkA03G536150PF07088GvpD_P-loop5325580.0116.5
TkA03G536150PF00271Helicase_C6706965.8e-1865.9
TkA03G536150PF00271Helicase_C8479635.8e-1865.9
TkA03G536150PF07088GvpD_P-loop8899330.0116.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4I8S3拟南芥sp|F4I8S3|CLSY3_ARATH SNF2 domain-containing protein CLASSY 342.800%Swiss-Prot中等置信
Q9LK10拟南芥sp|Q9LK10|CLSY4_ARATH SNF2 domain-containing protein CLASSY 441.800%Swiss-Prot中等置信
F4K493拟南芥sp|F4K493|CLSY2_ARATH SNF2 domain-containing protein CLASSY 233.300%Swiss-Prot中等置信
Q9M297拟南芥sp|Q9M297|CLSY1_ARATH SNF2 domain-containing protein CLASSY 133.400%Swiss-Prot中等置信
Q9SIW2拟南芥sp|Q9SIW2|CHR35_ARATH Protein CHROMATIN REMODELING 3530.900%Swiss-Prot中等置信

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