TkA03G483350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G483350

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 120896188-120899126 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1381 bp · TkA03G483350|TK1151|cDNA

CTCGTATCAAACAGAAAATGAGGAAGAGAAAAATAGAAAAAAAAACCAACTCCAAGAGATGAAACGATGAAAAAGACAAAAACGTGAAAAGCAAAGCATACCGATAGTAATAGATGACTTGCCTTTGGACTTTCTTTCTTCCTTCAGCCCGGAAGGAGATAGCATAGCCATAGCCATAGCAGGCGCAATCCAATCATCCTCCATCCATTGCCGATTCGATTCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTAGCCTCATCTCCTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

693 bp · TkA03G483350|TK1151|CDS

ATGGATGTGGTGAGTGGAGGTAATGGTCATGACAGCTCAAGTTTAGCTTCTAAACAACGCCTTCGTTGGACTCATGAGCTTCATGAACGATTTGTTGATGCTGTGGCACAATTGGGCGGCCCTGATAGGGCTACCCCAAAAGGTGTGCTGAGAGTGATGGGTGTTCAAGGTCTAACAATTTATCATGTCAAGAGCCACTTGCAGAAATATAGGCTCGCAAAGTATCTTCCAGATTCCTCTTCTGAAGGAAAAGCATTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

230 aa · TkA03G483350|TK1151|PROTEIN

MDVVSGGNGHDSSSLASKQRLRWTHELHERFVDAVAQLGGPDRATPKGVLRVMGVQGLTIYHVKSHLQKYRLAKYLPDSSSEGKAFDQKESGEMLSSLDGSSGMQITEALKLQMEVQKRLHEQLEVQRQLQLRIEAQGKYLKKIIEEQQKLTGVLSEQDNTCPQPKPPPPVIIENPTPVNTIKPREPLTPEDSGLDRIAKKQRVELTHQILESSLRQQHSVYGMSVNNEG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G483350`
TK1151 ID	TkA03G483350
OH-1004 ID	LXL04_009931
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G483350

位置 Chr03:120896188-120899126 (+)

描述 Similar to PHL7: Myb family transcription factor PHL7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g01060`	Myb家族转录因子PHL7。	暂无已核实直接文献
`At4g28610`	参与磷酸盐饥饿信号传导的转录因子。	The Arabidopsis transcription factor PHR1 is essential for adaptation to high light and retaining functional photosynthesis during phosphate starvation.2012 · DOI: 10.1111/j.1399-3054.2011.01520.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XYN9`	转录因子结合靶基因启动子上的特定 DNA 序列，例如 R1BS 基序 5'-NAKATNCN-3' 和 P1BS 基序 5'-GNATATNC-3' 以触发其表达（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`Os04g0665600`	转录因子，可结合目标基因启动子的特定DNA序列，如R1BS基序5'-NAKATNCN-3'和P1BS基序5'-GNATATNC-3'以触发其表达。	An SPX-RLI1 Module Regulates Leaf Inclination in Response to Phosphate Availability in Rice.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00738 Modulation of nitrate-induced phosphate response by the MYB transcription factor RLI1/HINGE1 in the nucleus.2021 · DOI: 10.1016/j.molp.2020.12.005
`UniProt: A2X0Q0`	参与磷缺乏信号传导的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009931 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010167 response to nitrate 生物过程

GO:0010966 regulation of phosphate transport 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0016132 brassinosteroid biosynthetic process 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048768 root hair cell tip growth 生物过程

GO:0051511 negative regulation of unidimensional cell growth 生物过程

GO:2000024 regulation of leaf development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01060

dosa:Os03g0329900

dosa:Os04g0665600

osa:4337318

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.966

排名 1 · TkA03G483350 · TK1151

细胞质0.121

排名 2 · TkA03G483350 · TK1151

细胞膜0.018

排名 3 · TkA03G483350 · TK1151

线粒体0.014

排名 4 · TkA03G483350 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkA03G483350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249Myb_DNA-binding20-71 aa

PF14379Myb_CC_LHEQLE104-150 aa

PF07325Curto_V2110-160 aa

PF28692LD_N119-154 aa

PF28692LD_N199-210 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G483350	`PF00249`	Myb_DNA-binding	20	71	6.3e-10	39.7
TkA03G483350	`PF14379`	Myb_CC_LHEQLE	104	150	1e-23	83.5
TkA03G483350	`PF07325`	Curto_V2	110	160	0.026	15.1
TkA03G483350	`PF28692`	LD_N	119	154	3.1	8.4
TkA03G483350	`PF28692`	LD_N	199	210	3.1	8.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJW0`	拟南芥	sp\|Q9SJW0\|PHL7_ARATH Myb family transcription factor PHL7	91.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q94CL7`	拟南芥	sp\|Q94CL7\|PHR1_ARATH Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1	62.000%	Swiss-Prot	低置信
`A2XYN9`	水稻	sp\|A2XYN9\|RLI1_ORYSI Myb family transcription factor RLI1	61.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q0J995`	水稻	sp\|Q0J995\|RLI1_ORYSJ Myb family transcription factor RLI1	61.000%	Swiss-Prot	低置信
`A2X0Q0`	水稻	sp\|A2X0Q0\|PHR3_ORYSI Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 3	53.400%	Swiss-Prot	低置信

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