RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G460550
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 114933413-114935358 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1179 bp · TkA03G460550|TK1151|cDNA

ATATTCCTATATCTAACCATTGCAGTTTGCCGCCATCTGATTTCTACTTCCAAACCTACGCGGGAACACAATCTAGAGTGAGAGGGAAAGAAAAGAATGAGGACGGAGGAAGACGAGGGCGCCGGCGAAGACATCCAAGTGGAGGAGGAGTTCAGTATATGGAAGAAGAACTCTCCGTTCTTATATGATCTCATCGTCTCCCACTCCCTTGAGTGGCCGTCGCTAACCGTTCATTGGCTCCCGTCACCACCAACTCCGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1206 bp · TkA03G460550|TK1151|CDS

ATGAGGACGGAGGAAGACGAGGGCGCCGGCGAAGACATCCAAGTGGAGGAGGAGTTCAGTATATGGAAGAAGAACTCTCCGTTCTTATATGATCTCATCGTCTCCCACTCCCTTGAGTGGCCGTCGCTAACCGTTCATTGGCTCCCGTCACCACCAACTCCGTACAAAGACGGATCTTTCGCCACTCACAAGTTGATTCTCGGCACTCATACCTCCGATGAAAGCCCTAACTTTCTTCTCGTCGCAGATGTCCTCTTGCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

401 aa · TkA03G460550|TK1151|PROTEIN

MRTEEDEGAGEDIQVEEEFSIWKKNSPFLYDLIVSHSLEWPSLTVHWLPSPPTPYKDGSFATHKLILGTHTSDESPNFLLVADVLLPVNPSSSLDTNHENPHTPKVDIVQKIHVDGEVNRARCMPQNPSIIAAKTSSSEVYVFDSTKQLLNDEGGSCEPDARLRGHEKEGYGLSWSPFKEGYLLSGSNDCKICLWDVSAMPSDKVLDAQHIYQDHGSLVEDVSWHLKNENLFGSVGDDCKLMIWDLRTNKHEQSVVVHEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G460550
TK1151 IDTkA03G460550
OH-1004 IDLXL04_009658
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 95.249
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G460550
位置Chr03:114933413-114935358 (+)
描述Similar to MSI3: WD-40 repeat-containing protein MSI3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g35050 核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。 暂无已核实直接文献
At2g16780 核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。 暂无已核实直接文献
At5g58230 核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。
Arabidopsis MSI1 is required for epigenetic maintenance of reproductive development.2003 · DOI: 10.1242/dev.00470
Arabidopsis MSI1 is a component of the MEA/FIE Polycomb group complex and required for seed development.2003 · DOI: 10.1093/emboj/cdg444
Identification of new members of Fertilisation Independent Seed Polycomb Group pathway involved in the control of seed development in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1242/dev.01168
Loss of function of MULTICOPY SUPPRESSOR OF IRA 1 produces nonviable parthenogenetic embryos in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.02.066
Chromatin assembly factor CAF-1 is required for cellular differentiation during plant development.2006 · DOI: 10.1242/dev.02599
Retinoblastoma and its binding partner MSI1 control imprinting in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1371/journal.pbio.0060194

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0640100 核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009658 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006260 DNA replication 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006310 DNA recombination 生物过程
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009909 regulation of flower development 生物过程
GO:0010026 trichome differentiation 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G16780
ath:AT4G35050
ath:AT5G58230
dosa:Os03g0640100
sly:543534
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.828
排名 1 · TkA03G460550 · TK1151
细胞质0.340
排名 2 · TkA03G460550 · TK1151
细胞膜0.022
排名 3 · TkA03G460550 · TK1151
线粒体0.022
排名 4 · TkA03G460550 · TK1151
溶酶体／液泡0.018
排名 5 · TkA03G460550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12265CAF1C_H4-bd17-87 aa
PF29037DSE1_N94-199 aa
PF23609Beta-prop_EIPR1105-195 aa
PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st107-133 aa
PF23775Beta-prop_RIG_2nd110-205 aa
PF24796WDR55110-338 aa
PF24807WD40_CDC20-Fz114-244 aa
PF23798Beta-prop_SPT8114-142 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G460550PF12265CAF1C_H4-bd17873.7e-2691.9
TkA03G460550PF29037DSE1_N941997.5e-1245.7
TkA03G460550PF23609Beta-prop_EIPR11051953.5e-1763.5
TkA03G460550PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st1071331.2e-1042.0
TkA03G460550PF23775Beta-prop_RIG_2nd1102055.2e-1866.2
TkA03G460550PF24796WDR551103389.3e-1245.3
TkA03G460550PF24807WD40_CDC20-Fz1142442e-28100.2
TkA03G460550PF23798Beta-prop_SPT81141420.03413.7
TkA03G460550PF25173Beta-prop_WDR3_1st1162886.3e-35121.2
TkA03G460550PF24814WD40_Prp191172932.1e-2073.7
TkA03G460550PF23098Beta-prop_NOL10_N1181443.5e-0523.8
TkA03G460550PF23756Beta-prop_HPS51202601.1e-0628.9
TkA03G460550PF24817WD40_WDHD1_1st1301481.6e-1248.0
TkA03G460550PF25174Beta-prop_THOC31352009.5e-34117.4
TkA03G460550PF24805EIF3I1362256.4e-0936.1
TkA03G460550PF25047Beta-prop_TEP1_2nd1372623.3e-1246.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O22469拟南芥sp|O22469|MSI3_ARATH WD-40 repeat-containing protein MSI368.500%Swiss-Prot高置信
O22468拟南芥sp|O22468|MSI2_ARATH WD-40 repeat-containing protein MSI267.200%Swiss-Prot高置信
O22467拟南芥sp|O22467|MSI1_ARATH Histone-binding protein MSI157.200%Swiss-Prot高置信
Q10G81水稻sp|Q10G81|MSI1_ORYSJ Histone-binding protein MSI155.800%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看