TkA03G454300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G454300

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 113370457-113375458 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3232 bp · TkA03G454300|TK1151|cDNA

AAGTGCAAGACTTTTATTTATAAACGGATAATATATATTTTTTTCCCTTCTACGCAGGAGAGATCTCTCTCGTTAAGCTTCTAGGGTTTTAAGAAGGCATTTTCTAATGGTTACAGTGTCGATGGATCTTTGAAGAGTCCTTTTGGGTTTTCAAAATTTAGATTTTGCTATTGTAAATTACAAGTACGTAATCTCACCACATACAAACTTTCATCAATGTCGATTCCAAGCGACTTGTATCCAAGCCAAGACGATCTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2760 bp · TkA03G454300|TK1151|CDS

ATGTCGATTCCAAGCGACTTGTATCCAAGCCAAGACGATCTTCTGTACGAGGAAGAACTCCTCAGAAACCCCTTTAGTCTGAAGCTATGGTGGCGTTACTTAATTGCACGAACCGAATCTCCCTTCAAGAAAAGAGCCGTAATCTACGAACGAGCGCTCAAAGCTCTTCCCGGAAGCTACAAACTATGGCATGCTTACCTCCGCGAACGCCTCGAATTGGTACGTAATTTACCCATTTCTCACTCACAATACCAAACCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

919 aa · TkA03G454300|TK1151|PROTEIN

MSIPSDLYPSQDDLLYEEELLRNPFSLKLWWRYLIARTESPFKKRAVIYERALKALPGSYKLWHAYLRERLELVRNLPISHSQYQTLNNTFERALVTMHKMPRIWFMYLTSLTEQKLVTRTRRTFDRALCALPVTQHERIWDPYLVFVSQRGVPIETSLRVYRRYLKYDPGHIENLIEFLLNSGLWQEAAERLAGVLNDDRFYSIKGKTKHRLWLELCDLLTQHATEISGLNVDAIIRGGIRKFTDEVGRLWTSLADYYI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G454300`
TK1151 ID	TkA03G454300
OH-1004 ID	LXL04_034458
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G454300`
位置	Chr03:113370457-113375458 (+)
描述	Similar to Xab2: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_034458` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000349 generation of catalytic spliceosome for first transesterification step 生物过程 GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0277977 dme:Dmel_CG6197 hsa:56949 mmu:67439 rno:245976 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.931

排名 1 · TkA03G454300 · TK1151

细胞质0.130

排名 2 · TkA03G454300 · TK1151

细胞膜0.019

排名 3 · TkA03G454300 · TK1151

线粒体0.016

排名 4 · TkA03G454300 · TK1151

内质网0.011

排名 5 · TkA03G454300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23233HAT_Syf1_CNRKL1_N12-170 aa

PF23240HAT_PRP39_N16-144 aa

PF05843Suf16-121 aa

PF23241HAT_PRP39_C27-68 aa

PF13429TPR_1535-67 aa

PF25063ARM_TT21_C35-68 aa

PF29376PRP6_TPR42-131 aa

PF13428TPR_1446-67 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G454300	`PF23233`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	12	170	2.6e-72	242.6
TkA03G454300	`PF23240`	HAT_PRP39_N	16	144	3.9e-29	102.6
TkA03G454300	`PF05843`	Suf	16	121	6.6e-13	48.8
TkA03G454300	`PF23241`	HAT_PRP39_C	27	68	1e-27	97.6
TkA03G454300	`PF13429`	TPR_15	35	67	7.9e-07	29.5
TkA03G454300	`PF25063`	ARM_TT21_C	35	68	0.013	16.1
TkA03G454300	`PF29376`	PRP6_TPR	42	131	4.1e-17	62.7
TkA03G454300	`PF13428`	TPR_14	46	67	4.4e-21	73.9
TkA03G454300	`PF14559`	TPR_19	48	64	4.7e-07	30.8
TkA03G454300	`PF07719`	TPR_2	49	57	2.6e-07	31.0
TkA03G454300	`PF23240`	HAT_PRP39_N	80	169	3.9e-29	102.6
TkA03G454300	`PF23241`	HAT_PRP39_C	80	178	1e-27	97.6
TkA03G454300	`PF23231`	HAT_Syf1_CNRKL1_C	90	165	3.6e-190	632.5
TkA03G454300	`PF13429`	TPR_15	100	174	7.9e-07	29.5
TkA03G454300	`PF23055`	DUF7041	100	137	0.18	12.9
TkA03G454300	`PF13428`	TPR_14	102	133	4.4e-21	73.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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