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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G412920
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 102706273-102708974 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1508 bp · TkA03G412920|TK1151|cDNA

TTTTGCCTTTTCCCGTTTGCATTCCTGCAAAACAAAGCAGTCGCTTTTCCCTTCGTTCTGGAAAATCTCGATCCGTTTCTGTATCGTTAGGGTTTCGGCTTACTAAAACTCCACATATTCCCTACTATCCCCGATTCTTTGTGGGATCCGAGGTCCGCTCATCTTCAACATGAAGCTCACCGTAAAGACTCTTAAAGGGAGCCACTTTGAAATTAGGGTTCAACCTTCCGATACTATTATGGCAGTCAAGAAAAACATCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1068 bp · TkA03G412920|TK1151|CDS

ATGAAGCTCACCGTAAAGACTCTTAAAGGGAGCCACTTTGAAATTAGGGTTCAACCTTCCGATACTATTATGGCAGTCAAGAAAAACATCGAAGATGTACAAGGAAAAGATAATTACCCATGTGGACAGCAATTACTGATTCACAATGGTAAGGTTCTGAAAGACGAAACTACATTATTAGATAACAAAGTCTCGGAGGAAGGTTTTCTTGTTGTCATGCTAAGCAAGCAGACTAAAAGTTCTACATCAAGTGGAACTAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

355 aa · TkA03G412920|TK1151|PROTEIN

MKLTVKTLKGSHFEIRVQPSDTIMAVKKNIEDVQGKDNYPCGQQLLIHNGKVLKDETTLLDNKVSEEGFLVVMLSKQTKSSTSSGTTSTQPLSTTTPASNPTSTSSSIPATATVTAPVPAVSETYGEAGSNVVVTNNNVDQTVQHIMDIGGGSWDKETVTRALQAAFNNPERAIDYLYSGIPDTVEVAPPVTQLPTTQVPPLSGGPNSSPLNLFPQEMPSGGTGGNLGSLDFLRNNEQFQALRTMVQSNPQILQPMLQEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G412920
TK1151 IDTkA03G412920
OH-1004 IDLXL04_009252
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G412920
位置Chr03:102706273-102708974 (-)
描述Similar to RAD23B: Ubiquitin receptor RAD23b
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g79650 可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。
The RAD23 family provides an essential connection between the 26S proteasome and ubiquitylated proteins in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.072660
RAD4 and RAD23/HMR Contribute to Arabidopsis UV Tolerance.2017 · DOI: 10.3390/genes9010008
At1g16190 可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。 暂无已核实直接文献
At5g38470 可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。 暂无已核实直接文献
At3g02540 可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os09g0407200 可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009252 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009411 response to UV 生物过程
GO:0009650 UV protection 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0003684 damaged DNA binding 分子功能
GO:0031593 polyubiquitin modification-dependent protein binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G16190
ath:AT1G79650
ath:AT3G02540
ath:AT5G38470
dosa:Os09g0407200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.683
排名 1 · TkA03G412920 · TK1151
细胞核0.636
排名 2 · TkA03G412920 · TK1151
内质网0.051
排名 3 · TkA03G412920 · TK1151
细胞膜0.040
排名 4 · TkA03G412920 · TK1151
线粒体0.035
排名 5 · TkA03G412920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11976Rad60-SLD1-73 aa
PF00240ubiquitin3-76 aa
PF14560Ubiquitin_24-36 aa
PF21696TECR_N16-65 aa
PF21827New_glue71-115 aa
PF28024SPW_092482-98 aa
PF00627UBA135-145 aa
PF02845CUE135-147 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G412920PF11976Rad60-SLD1734.3e-0523.9
TkA03G412920PF00240ubiquitin3767.7e-1555.1
TkA03G412920PF14560Ubiquitin_24360.08314.1
TkA03G412920PF21696TECR_N16650.0215.6
TkA03G412920PF21827New_glue711151.29.6
TkA03G412920PF28024SPW_092482980.07713.7
TkA03G412920PF00627UBA1351453.3e-2175.4
TkA03G412920PF02845CUE1351470.0004920.4
TkA03G412920PF00627UBA1411773.3e-2175.4
TkA03G412920PF02845CUE1531770.0004920.4
TkA03G412920PF22562UBA_71551791.6e-0525.4
TkA03G412920PF24559UBA_RAD5A1591780.0813.2
TkA03G412920PF27606UBA_Ucp121611770.01415.9
TkA03G412920PF09280XPC-binding2302851.2e-2383.2
TkA03G412920PF29027DUF84932362540.3611.4
TkA03G412920PF29027DUF84932582700.3611.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q84L33拟南芥sp|Q84L33|RD23B_ARATH Ubiquitin receptor RAD23b68.100%Swiss-Prot高置信
Q84L32拟南芥sp|Q84L32|RD23A_ARATH Probable ubiquitin receptor RAD23a66.000%Swiss-Prot高置信
Q84L30拟南芥sp|Q84L30|RD23D_ARATH Ubiquitin receptor RAD23d56.000%Swiss-Prot高置信
Q84L31拟南芥sp|Q84L31|RD23C_ARATH Ubiquitin receptor RAD23c49.200%Swiss-Prot中等置信
Q40742水稻sp|Q40742|RAD23_ORYSJ Probable ubiquitin receptor RAD2349.400%Swiss-Prot中等置信

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