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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G405200
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 100764020-100769934 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1412 bp · TkA03G405200|TK1151|cDNA

TTTTAAGATGATTCTATGGTAAAACCAAAGGCGGATTCATTGGGAGGAGGCGGGACGCTTTCCCTCCAATCCATCACCCCCATTTTTGCTCTCATCAAGCTCAAGGAGTAGTCGTGATGTTTGATGATCGGTAACGGTTTAGGAAGAGATGTGAAAGCAGTTGTTACAGTATCTCCCGAACGATACTCGATTTCTCTGTGTTTAATCGCGAAATTGTGTAGAATTAAGTGACGAAGAGTCATAACTGAAGTGTGGAATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1875 bp · TkA03G405200|TK1151|CDS

ATGGAACAGATCTCTCCAAAAAGCAACCATGAAAACAATTCACAACCAGAATCAGAATCCGAAAATGGAAAAAAGGAATTCGTTTCCCCTTCGGTAGGAATGGAATTCGAATCATACGATGACGCGTACAATTACTACAATTGTTACGCCCGCGAATCCGGATTTCGCGTACGTGTCAAAAACTCATGGTTCAAAAGAAACAGCCGAGAAAAATACGGCGCGGTTTTATGTTGCAGCAGTCAAGGCTTCAAAAGAATAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

624 aa · TkA03G405200|TK1151|PROTEIN

MEQISPKSNHENNSQPESESENGKKEFVSPSVGMEFESYDDAYNYYNCYARESGFRVRVKNSWFKRNSREKYGAVLCCSSQGFKRIKDVNRLRKETRTGCPAMVRMRLVDSRRWRILEVTLDHNHLLTTKSLKSLKKLGICGTKKSIQSDSETQTVKLYRALVIDSGGNHVNSRNTRELGSSSDYLPDRLNLKKGDSQAIYNYICRMQLTNPNFFYLMDVTDEGNLKNMIWLDARCRAAIGYFSDVVYFDTSYLSSKYEV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G405200
TK1151 IDTkA03G405200
OH-1004 IDLXL04_009174
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)94.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G405200
位置Chr03:100764020-100769934 (-)
描述Similar to FRS6: Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g52520 假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。
Arabidopsis FHY3/FAR1 gene family and distinct roles of its members in light control of Arabidopsis development.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.052191
At1g80010 假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。
Arabidopsis FHY3/FAR1 gene family and distinct roles of its members in light control of Arabidopsis development.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.052191
At3g22170 转录激活剂，可识别并结合 DNA 共有序列 5'-CACGCGC-3'。
Arabidopsis FHY3 defines a key phytochrome A signaling component directly interacting with its homologous partner FAR1.2002 · DOI: 10.1093/emboj/21.6.1339
The FHY3 and FAR1 genes encode transposase-related proteins involved in regulation of gene expression by the phytochrome A-signaling pathway.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01741.x
Arabidopsis FHY3 specifically gates phytochrome signaling to the circadian clock.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.037358
Transposase-derived transcription factors regulate light signaling in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1126/science.1146281
Discrete and essential roles of the multiple domains of Arabidopsis FHY3 in mediating phytochrome A signal transduction.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.120436
Transposase-derived proteins FHY3/FAR1 interact with PHYTOCHROME-INTERACTING FACTOR1 to regulate chlorophyll biosynthesis by modulating HEMB1 during deetiolation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097022
At1g76320 假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。 暂无已核实直接文献
At4g15090 转录激活剂，可识别并结合 DNA 共有序列 5'-CACGCGC-3'。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009174 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0007623 circadian rhythm 生物过程
GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程
GO:0009639 response to red or far red light 生物过程
GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程
GO:0010018 far-red light signaling pathway 生物过程
GO:0010218 response to far red light 生物过程
GO:0042753 positive regulation of circadian rhythm 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:1900056 negative regulation of leaf senescence 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G52520
ath:AT1G76320
ath:AT1G80010
ath:AT3G22170
ath:AT4G15090
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.936
排名 1 · TkA03G405200 · TK1151
细胞质0.090
排名 2 · TkA03G405200 · TK1151
细胞膜0.023
排名 3 · TkA03G405200 · TK1151
质体0.015
排名 4 · TkA03G405200 · TK1151
内质网0.013
排名 5 · TkA03G405200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03101FAR144-128 aa
PF24548EF_EFCAB10_C134-153 aa
PF24548EF_EFCAB10_C215-224 aa
PF21056ZSWIM1-3_RNaseH-like221-330 aa
PF10551MULE246-342 aa
PF03101FAR1452-479 aa
PF04434SWIM505-530 aa
PF24548EF_EFCAB10_C591-613 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G405200PF03101FAR1441282.1e-2177.1
TkA03G405200PF24548EF_EFCAB10_C1341530.005916.9
TkA03G405200PF24548EF_EFCAB10_C2152240.005916.9
TkA03G405200PF21056ZSWIM1-3_RNaseH-like2213300.02315.3
TkA03G405200PF10551MULE2463427.5e-2587.9
TkA03G405200PF03101FAR14524792.1e-2177.1
TkA03G405200PF04434SWIM5055300.0001921.6
TkA03G405200PF24548EF_EFCAB10_C5916130.005916.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SSQ4拟南芥sp|Q9SSQ4|FRS6_ARATH Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 660.400%Swiss-Prot高置信
Q9S793拟南芥sp|Q9S793|FRS8_ARATH Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 843.200%Swiss-Prot中等置信
Q9LIE5拟南芥sp|Q9LIE5|FHY3_ARATH Protein FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL 333.500%Swiss-Prot中等置信
Q6NQJ7拟南芥sp|Q6NQJ7|FRS4_ARATH Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 432.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SWG3拟南芥sp|Q9SWG3|FAR1_ARATH Protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 131.600%Swiss-Prot中等置信

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