TkA03G400940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G400940

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 99730648-99733280 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1803 bp · TkA03G400940|TK1151|cDNA

TTTTAGCCCAAATGTAAAAGGAAAATAAGTTGTCATTACCGACGCTTCTTGGCTAATACCAGCGTCCAGTATTTTTGCTTTTTTAATCGGGCACACAAAACCCTTGCCGGTGCTCTGTTTGCCCATCCTCCTCTTCCACTCTCCAAATCCTCAATTCACCGCCATATCTAACATTCTAAAAACCTGCATTCTTTCCCATCAAGGCATGTGTGTTGTCAATCGCCGCCATAAACACCAAGTGATTGAGAGAGATGCCTAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1281 bp · TkA03G400940|TK1151|CDS

ATGCCTAGGCCAGCTGCCGGAAAGCAAAGGAAATCGGCCAAGATCCTCTTCGTGTGCGTTGGCCTTCTGGGAGTAGCCCTTATTGCAGATCTACTATGGGCTTCTTCTACTTCTTCCTCTTCACGATCTTACAAATCCGCTTATGATTGGCCCCGGCCTCAAGCTTCTTCCGACTCCTTTCCCGTTCCTGTTTCCTCCAATCACTCTGCCAAGGTTGTAACTGATAAAGACAAAAAAGATGGTGTTCATGGAAGACTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

426 aa · TkA03G400940|TK1151|PROTEIN

MPRPAAGKQRKSAKILFVCVGLLGVALIADLLWASSTSSSSRSYKSAYDWPRPQASSDSFPVPVSSNHSAKVVTDKDKKDGVHGRLLSKTFADLPAPDLKWEKMAESPVPRLDGAAIQIHDQLFVFAGYGTIDLVHSHVDIYNFTSNKWGGRFDMPKEMAHSHLGMVTDGRYIYIVTGQYGPQCRGPTAHTFILDTKTKTWKNMPPLPLPRYAPATQLWRGRLHVMGGSKEDRYTPAVDHWSLAVKDGKVLDSEWKTELP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G400940`
TK1151 ID	TkA03G400940
OH-1004 ID	LXL04_009139
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G400940

位置 Chr03:99730648-99733280 (-)

描述 Similar to At3g27220: Kelch repeat-containing protein At3g27220

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g27220`	含 Kelch 重复序列的蛋白 At3g27220。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009139 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009061 anaerobic respiration 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0098813 nuclear chromosome segregation 生物过程

GO:0140014 mitotic nuclear division 生物过程

GO:1902410 mitotic cytokinetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G27220

hsa:200942

hsa:55220

mmu:78267

rno:306589

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.496

排名 1 · TkA03G400940 · TK1151

高尔基体0.202

排名 2 · TkA03G400940 · TK1151

细胞质0.177

排名 3 · TkA03G400940 · TK1151

细胞膜0.132

排名 4 · TkA03G400940 · TK1151

细胞核0.109

排名 5 · TkA03G400940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24981Beta-prop_ATRN-LZTR160-79 aa

PF13415Beta-prop_FBX4266-149 aa

PF24996NANM93-149 aa

PF24681Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7100-205 aa

PF13418Beta-prop_TYW4100-151 aa

PF25210Kelch_FKB95101-149 aa

PF13964Beta-prop_Calicin101-283 aa

PF13415Beta-prop_FBX42103-201 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G400940	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	60	79	5.4e-13	49.6
TkA03G400940	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	66	149	7.2e-17	62.4
TkA03G400940	`PF24996`	NANM	93	149	4.4e-11	43.0
TkA03G400940	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	100	205	3.4e-31	109.0
TkA03G400940	`PF13418`	Beta-prop_TYW4	100	151	3e-06	28.1
TkA03G400940	`PF25210`	Kelch_FKB95	101	149	2.1e-14	54.6
TkA03G400940	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	101	283	1.6e-12	47.8
TkA03G400940	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	103	201	7.2e-17	62.4
TkA03G400940	`PF01344`	Kelch_1	110	149	2e-16	59.9
TkA03G400940	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	114	287	5.4e-13	49.6
TkA03G400940	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	116	347	3.4e-31	109.0
TkA03G400940	`PF07646`	Kelch_2	120	149	1.2e-11	44.7
TkA03G400940	`PF24996`	NANM	138	211	4.4e-11	43.0
TkA03G400940	`PF25210`	Kelch_FKB95	161	292	2.1e-14	54.6
TkA03G400940	`PF01344`	Kelch_1	162	208	2e-16	59.9
TkA03G400940	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	166	286	7.2e-17	62.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LK31`	拟南芥	sp\|Q9LK31\|Y3272_ARATH Kelch repeat-containing protein At3g27220	69.700%	Swiss-Prot	高置信

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