RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G388290
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 96164276-96166581 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1596 bp · TkA03G388290|TK1151|cDNA

ATGATACAGCAGAAGGTCATTTTGGAAGATAATTTGAGTTCTGCTTCTAGTGATCTTTATGCAAATACTGTTAATTCTTGTTCAGAGAATAAAGGTCAAGAAAATGGAAGCAATTATCATCCAAATCAACAGCCGTACTTTGCACATCCACCTCCAACTCAAAGTCAACCACCACTCAAGAAAAAAAGAAGTCTTCCAGGCAATCCAGATCCAGAAGCAGAAGTGATATCTTTATCACCGAAGACACTAATGGCGACGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1596 bp · TkA03G388290|TK1151|CDS

ATGATACAGCAGAAGGTCATTTTGGAAGATAATTTGAGTTCTGCTTCTAGTGATCTTTATGCAAATACTGTTAATTCTTGTTCAGAGAATAAAGGTCAAGAAAATGGAAGCAATTATCATCCAAATCAACAGCCGTACTTTGCACATCCACCTCCAACTCAAAGTCAACCACCACTCAAGAAAAAAAGAAGTCTTCCAGGCAATCCAGATCCAGAAGCAGAAGTGATATCTTTATCACCGAAGACACTAATGGCGACGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

531 aa · TkA03G388290|TK1151|PROTEIN

MIQQKVILEDNLSSASSDLYANTVNSCSENKGQENGSNYHPNQQPYFAHPPPTQSQPPLKKKRSLPGNPDPEAEVISLSPKTLMATNRFVCEICNKGFQRDQNLQLHRRGHNLPWKLKQRSKNEVVRKKVYVCPEVNCVHHEPSRALGDLTGIKKHFCRKHGEKKWKCDKCSKRYAVQSDWKAHSKTCGTREYRCDCGTLFSRRDSFITHRAFCDALAEESARAITGLDPTVPGPTPTRFNDLHLLNPIHNTFLKKEEHP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G388290
TK1151 IDTkA03G388290
OH-1004 IDLXL04_008278
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G388290
位置Chr03:96164276-96166581 (-)
描述Similar to IDD11: Protein indeterminate-domain 11
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g55110 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献
At3g13810 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献
At1g03840 转录因子，调节组织边界和非对称细胞分裂。
DELLA protein functions as a transcriptional activator through the DNA binding of the indeterminate domain family proteins.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1321669111
At3g50700 转录因子，作为赤霉素 作用、稳态和信号传导的正调节因子。 暂无已核实直接文献
At4g02670 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008278 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0008356 asymmetric cell division 生物过程
GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009937 regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009939 positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程
GO:0010336 gibberellic acid homeostasis 生物过程
GO:0034504 protein localization to nucleus 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G03840
ath:AT1G55110
ath:AT3G13810
ath:AT3G50700
ath:AT4G02670
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.977
排名 1 · TkA03G388290 · TK1151
细胞质0.101
排名 2 · TkA03G388290 · TK1151
细胞膜0.020
排名 3 · TkA03G388290 · TK1151
内质网0.010
排名 4 · TkA03G388290 · TK1151
线粒体0.009
排名 5 · TkA03G388290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26040Zn_ribbon_CLPX_N81-96 aa
PF04810zf-Sec23_Sec2485-96 aa
PF23250zf_DPOE_285-101 aa
PF22995C2CH-3rd_BIRD-IDD88-98 aa
PF13912zf-C2H2_688-111 aa
PF00096zf-C2H289-111 aa
PF12171zf-C2H2_jaz89-111 aa
PF12874zf-met89-111 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G388290PF26040Zn_ribbon_CLPX_N81960.610.6
TkA03G388290PF04810zf-Sec23_Sec2485960.9410.3
TkA03G388290PF23250zf_DPOE_2851011.49.3
TkA03G388290PF22995C2CH-3rd_BIRD-IDD88986.2e-1555.3
TkA03G388290PF13912zf-C2H2_6881110.0004620.8
TkA03G388290PF00096zf-C2H2891110.0007820.5
TkA03G388290PF12171zf-C2H2_jaz891110.001519.4
TkA03G388290PF12874zf-met891110.001919.2
TkA03G388290PF13894zf-C2H2_4891110.1513.6
TkA03G388290PF23447DUF712889980.7410.5
TkA03G388290PF22996C2H2-2nd_BIRD-IDD1271614.5e-2278.5
TkA03G388290PF26408DUF81061281352.28.8
TkA03G388290PF23250zf_DPOE_21321771.49.3
TkA03G388290PF04810zf-Sec23_Sec241611790.9410.3
TkA03G388290PF23447DUF71281621900.7410.5
TkA03G388290PF22995C2CH-3rd_BIRD-IDD1651896.2e-1555.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8H1F5拟南芥sp|Q8H1F5|IDD7_ARATH Protein indeterminate-domain 771.700%Swiss-Prot低置信
Q9LRW7拟南芥sp|Q9LRW7|IDD11_ARATH Protein indeterminate-domain 1189.000%Swiss-Prot低置信
Q9ZWA6拟南芥sp|Q9ZWA6|IDD3_ARATH Zinc finger protein MAGPIE89.300%Swiss-Prot低置信
Q9SCQ6拟南芥sp|Q9SCQ6|IDD2_ARATH Zinc finger protein GAI-ASSOCIATED FACTOR 188.500%Swiss-Prot低置信
O22759拟南芥sp|O22759|IDD12_ARATH Protein indeterminate-domain 1278.600%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看