TkA03G355240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G355240

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 87621988-87623343 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

758 bp · TkA03G355240|TK1151|cDNA

CTAGGGTTTTGTTTTTCGCAAACAAGAAGAGGAAGCTGCGGCCGCCATGGTTCTCAAGACGGAGCTTTGTAGATTCAGTGGCCAGAAGATATATCCAGGCAGGGGTATCAGATTCATTCGATCTGATTCTCAGGTCTTCCTTTTTGCAAACTCTAAATGCAAGAGGTACTTCCATAACAAACTGAAGCCCTCAAAGCTGACATGGACTGCCATGTACAGAAAGCAGCACAAGAAGGACATTGCTCAAGAGGCTGTGAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

489 bp · TkA03G355240|TK1151|CDS

ATGGTTCTCAAGACGGAGCTTTGTAGATTCAGTGGCCAGAAGATATATCCAGGCAGGGGTATCAGATTCATTCGATCTGATTCTCAGGTCTTCCTTTTTGCAAACTCTAAATGCAAGAGGTACTTCCATAACAAACTGAAGCCCTCAAAGCTGACATGGACTGCCATGTACAGAAAGCAGCACAAGAAGGACATTGCTCAAGAGGCTGTGAAGAAGAGGCGCCGTGCCACCAAGAAGCCCTACTCCAGGGCCATTGTGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

162 aa · TkA03G355240|TK1151|PROTEIN

MVLKTELCRFSGQKIYPGRGIRFIRSDSQVFLFANSKCKRYFHNKLKPSKLTWTAMYRKQHKKDIAQEAVKKRRRATKKPYSRAIVGATLEVIQKKRSEKPEVRDAAREAALREIKERIKKTKDEKKAKKAEVVSKQKSQGKAGGNVPKGKGPKLGGGGGKR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G355240`
TK1151 ID	TkA03G355240
OH-1004 ID	LXL04_035283
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 25.796 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G355240

位置 Chr03:87621988-87623343 (+)

描述 Similar to RPD1: Protein ROOT PRIMORDIUM DEFECTIVE 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g53020`	可能在重新启动参与生长素介导的雌蕊模式形成的 ETTIN 和 MONOPTEROS 基因翻译中具有核糖体外功能。	The Arabidopsis STV1 protein, responsible for translation reinitiation, is required for auxin-mediated gynoecium patterning.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.036533
`At2g36620`	可能在翻译再启动中具有核糖体外功能。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035283 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009955 adaxial/abaxial pattern specification 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010102 lateral root morphogenesis 生物过程

GO:0048467 gynoecium development 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G36620

ath:AT3G53020

ath:AT4G33495

cam:101492846

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.859

排名 1 · TkA03G355240 · TK1151

细胞核0.225

排名 2 · TkA03G355240 · TK1151

内质网0.194

排名 3 · TkA03G355240 · TK1151

线粒体0.030

排名 4 · TkA03G355240 · TK1151

细胞膜0.028

排名 5 · TkA03G355240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01246Ribosomal_L24e3-67 aa

PF02771Acyl-CoA_dh_N41-57 aa

PF01080Presenilin60-156 aa

PF20882Sos776-136 aa

PF27644CDR2_C92-105 aa

PF02771Acyl-CoA_dh_N99-152 aa

PF27644CDR2_C114-133 aa

PF01246Ribosomal_L24e119-132 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G355240	`PF01246`	Ribosomal_L24e	3	67	1.2e-28	99.8
TkA03G355240	`PF02771`	Acyl-CoA_dh_N	41	57	0.056	14.5
TkA03G355240	`PF01080`	Presenilin	60	156	4.3	6.7
TkA03G355240	`PF20882`	Sos7	76	136	0.21	12.5
TkA03G355240	`PF27644`	CDR2_C	92	105	4.0	7.7
TkA03G355240	`PF02771`	Acyl-CoA_dh_N	99	152	0.056	14.5
TkA03G355240	`PF27644`	CDR2_C	114	133	4.0	7.7
TkA03G355240	`PF01246`	Ribosomal_L24e	119	132	1.2e-28	99.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P38666`	拟南芥	sp\|P38666\|RL242_ARATH Large ribosomal subunit protein eL24y	86.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q42347`	拟南芥	sp\|Q42347\|RL241_ARATH Large ribosomal subunit protein eL24z	86.700%	Swiss-Prot	高置信

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