TkA03G348440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G348440

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 85756842-85758861 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1843 bp · TkA03G348440|TK1151|cDNA

TTTTAGTCCTACCCATATTTTATTTATTTTTCTTTATACTGATACAGTACAAGCTTGTATACATACCAACATACCAAACAATATCGGTATCAACTTTAGGTCTATTTAAATAATCTGAAACACATGTATAATGTGTTTGGTTTAAAAGATTAACTGAATTTAGTCAAATTTCCATAATCAATTAAATTCACTGTGATCAAGTTAAAGGATATGGCAAAATTCCCCCCATCTACCCTTCCCCACCCCAAACCAGCATTTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1020 bp · TkA03G348440|TK1151|CDS

ATGGAGAAGCTCTCGGAGGCTGGTCAAGACGATGATCAAATGGATATGCCTCCAGGATTCCGATTTCATCCGACAGATGAAGAATTGATCACTCATTATCTGTCAAACAAAGTTGTCGATAGCAACTTCTTTGCAAAAGCAATCGGAGAGGTCGACATGAACAGAATCGAGCCATGGGAATTACCTAGGAAGGCAAAAATGGGAGAAAAAGAATGGTACTTTTTCTGTTTTAGGGATAAGAAGTACCCCACCGGATTACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

339 aa · TkA03G348440|TK1151|PROTEIN

MEKLSEAGQDDDQMDMPPGFRFHPTDEELITHYLSNKVVDSNFFAKAIGEVDMNRIEPWELPRKAKMGEKEWYFFCFRDKKYPTGLRTNRATAAGYWKATGKDKEIYRGRLVVGMKKTLVFYMGRAPKGEKTNWVIHEYRLDGKFSLQSLPKSAKNEWVICRVFHKNSGGKKVPVSGLMRIDSSGVDRSLPPLIDSPAAIGGRIINPIISNSLHVPCFSNLSDVQTTQKNMINNFLNSSIFPFDPSSIPVLEGQSDPLTH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G348440`
TK1151 ID	TkA03G348440
OH-1004 ID	LXL04_008657
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G348440

位置 Chr03:85756842-85758861 (-)

描述 Similar to NAC079: NAC domain-containing protein 79

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g07680`	含NAC结构域的蛋白79。	暂无已核实直接文献
`At5g61430`	结合于参与叶绿素分解过程基因的启动子区域，如NYC1、SGR1、SGR2和PAO。	暂无已核实直接文献
`At5g39610`	转录激活因子，可结合靶基因启动子上的特定双部分基序 5'-[ACG][CA]GT[AG](5-6n)[CT]AC[AG]-3'。	The delayed leaf senescence mutants of Arabidopsis, ore1, ore3, and ore9 are tolerant to oxidative stress.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch110 Trifurcate feed-forward regulation of age-dependent cell death involving miR164 in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1126/science.1166386 Forward and reverse genetics to identify genes involved in the age-related resistance response in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1364-3703.2009.00557.x A gene regulatory network controlled by the NAC transcription factor ANAC092/AtNAC2/ORE1 during salt-promoted senescence.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04151.x ORS1, an H₂O₂-responsive NAC transcription factor, controls senescence in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1093/mp/ssq080 NAC transcription factor ORE1 and senescence-induced BIFUNCTIONAL NUCLEASE1 (BFN1) constitute a regulatory cascade in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1093/mp/sst012 ORE1 balances leaf senescence against maintenance by antagonizing G2-like-mediated transcription.2013 · DOI: 10.1038/embor.2013.24
`At3g29035`	转录激活剂，可与特定二分基序 5'-[AG]CGT[AG][AG][CT]ACGCAA-3' 上靶基因启动子中的 DNA 结合。	ORS1, an H₂O₂-responsive NAC transcription factor, controls senescence in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1093/mp/ssq080
`At3g04060`	转录激活因子，作为叶片衰老的正向调控因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008657 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G04060

ath:AT3G29035

ath:AT5G07680

ath:AT5G39610

ath:AT5G61430

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.968

排名 1 · TkA03G348440 · TK1151

细胞质0.084

排名 2 · TkA03G348440 · TK1151

细胞膜0.034

排名 3 · TkA03G348440 · TK1151

内质网0.023

排名 4 · TkA03G348440 · TK1151

质体0.015

排名 5 · TkA03G348440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02365NAM17-141 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G348440	`PF02365`	NAM	17	141	3.8e-48	163.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLR3`	拟南芥	sp\|Q9FLR3\|NAC79_ARATH NAC domain-containing protein 79	59.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FLJ2`	拟南芥	sp\|Q9FLJ2\|NC100_ARATH NAC domain-containing protein 100	55.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FKA0`	拟南芥	sp\|Q9FKA0\|NAC92_ARATH NAC domain-containing protein 92	58.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LJW3`	拟南芥	sp\|Q9LJW3\|NAC59_ARATH NAC domain-containing protein 59	45.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SQQ6`	拟南芥	sp\|Q9SQQ6\|NAC46_ARATH NAC domain-containing protein 46	65.300%	Swiss-Prot	中等置信

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