TkA03G344290 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G344290

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 84678413-84680679 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1949 bp · TkA03G344290|TK1151|cDNA

CACAATCCTGATACCAACGAACCTATATATTAAAGGATCAAAAACCCTAGTAGACGAGAGTACAACCACGAGAAGAGACCCAATGACTTCGCCGGAGAAGCGATGCCTTTACGAAGTCCTTGGTCTCCCTCGCGATTGCACCCCCGACGAGATCCGCTCGGCCTACAGAAAGCTCGCCCTCCAACGCCACCCGGACAAGCTAATCAAGTCCGGCGTCAGCGAAGCAGAAGCCACCGCTTCCTTCCAGGAGCTCGTCAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1680 bp · TkA03G344290|TK1151|CDS

ATGACTTCGCCGGAGAAGCGATGCCTTTACGAAGTCCTTGGTCTCCCTCGCGATTGCACCCCCGACGAGATCCGCTCGGCCTACAGAAAGCTCGCCCTCCAACGCCACCCGGACAAGCTAATCAAGTCCGGCGTCAGCGAAGCAGAAGCCACCGCTTCCTTCCAGGAGCTCGTCAATGCTTACGAGGTTCTCTCCGATGTGCGAGAGCGCACATGGTACGACTCTCACCGCTCCCAAATCCTCTTTTCCAGCTCAAACTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

559 aa · TkA03G344290|TK1151|PROTEIN

MTSPEKRCLYEVLGLPRDCTPDEIRSAYRKLALQRHPDKLIKSGVSEAEATASFQELVNAYEVLSDVRERTWYDSHRSQILFSSSNSNKSSSGSAVVPDLMSFFSNSVYSGFSDKGKGFYKVYADVFDKIYRNELNFAKKLGLGDVVKEAPLMGNLDSPYAQVNAFYGYWLGFVTVMDFVWEDEYDATAGPNRKSRRLMEDENKKIRKKAKREYNETVRGLAEFVKKRDKRVIDMQMKRNEEIEKKKEEERARKKEQEKV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G344290`
TK1151 ID	TkA03G344290
OH-1004 ID	LXL04_015275
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 40.787 / OH-1004 49.672 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G344290

位置 Chr03:84678413-84680679 (+)

描述 Similar to JJJ1: DNAJ protein JJJ1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g74250`	DNAJ蛋白 JJJ1 同源物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015275 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74250

bta:509302

dre:336984

hsa:134218

mmu:78244

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.727

排名 1 · TkA03G344290 · TK1151

细胞质0.298

排名 2 · TkA03G344290 · TK1151

细胞膜0.042

排名 3 · TkA03G344290 · TK1151

内质网0.036

排名 4 · TkA03G344290 · TK1151

线粒体0.030

排名 5 · TkA03G344290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00226DnaJ9-74 aa

PF23447DUF712869-85 aa

PF21884ZUO1-like_ZHD119-232 aa

PF14871GHL6261-300 aa

PF23949TSTD2_N290-332 aa

PF26408DUF8106293-318 aa

PF12756zf-C2H2_2295-330 aa

PF23447DUF7128295-318 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G344290	`PF00226`	DnaJ	9	74	4.1e-20	72.4
TkA03G344290	`PF23447`	DUF7128	69	85	0.41	11.3
TkA03G344290	`PF21884`	ZUO1-like_ZHD	119	232	2e-21	77.3
TkA03G344290	`PF14871`	GHL6	261	300	0.0079	17.1
TkA03G344290	`PF23949`	TSTD2_N	290	332	2.7	8.6
TkA03G344290	`PF26408`	DUF8106	293	318	1.2	9.7
TkA03G344290	`PF12756`	zf-C2H2_2	295	330	2.7e-05	25.1
TkA03G344290	`PF23447`	DUF7128	295	318	0.41	11.3
TkA03G344290	`PF13465`	zf-H2C2_2	295	308	0.55	11.4
TkA03G344290	`PF13248`	Zn_ribbon_3	296	309	0.6	10.4
TkA03G344290	`PF09723`	Zn_ribbon_8	296	307	6.4	7.6
TkA03G344290	`PF12171`	zf-C2H2_jaz	297	322	2e-12	47.6
TkA03G344290	`PF12874`	zf-met	297	321	2.1e-07	31.8
TkA03G344290	`PF13894`	zf-C2H2_4	297	318	7.4e-05	23.8
TkA03G344290	`PF00096`	zf-C2H2	297	318	0.00091	20.3
TkA03G344290	`PF25095`	C2H2-zf_KIN17	297	323	0.043	14.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C911`	拟南芥	sp\|Q9C911\|JJJ1_ARATH DNAJ protein JJJ1 homolog	48.700%	Swiss-Prot	中等置信

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