TkA03G130890 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G130890

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 33587028-33591486 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2747 bp · TkA03G130890|TK1151|cDNA

TCTCCATATCCTATAACGAACAGCTTGAGAGAAGTAGACAAAAATGGCGCCAATTTTTGGCGCGAACGATAATGGCTGCGTTCAGTCGCTCAAAGGCACCTTTTTTCACAGCTATGTACAAACAATGCTTCAGATTTTAAAACTACACAGTGTTTACCTATGCGATTCACCTTGTAAACGGCGGTATGATGCTGATCGTATATTCAGTGGTGTAAATTTTAAGCGTGGAAACTTCACATCGTCTTCAACGATGTCTTCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2193 bp · TkA03G130890|TK1151|CDS

ATGGAGAGCCCGGTCCCATATAGCAGAGGGTTGCAGAAACATTCGATCATGAAGCAGGCGCGAAGTGGATATGAACCATCTGATACCGAGACCGAATTACATGAAGCTCCTTGGATTCAATTCAACAAGAAAAATTTACAATTAGGATCTGGAGTACCAAAGATGAGTCCCGATGAAACTAGAAATTTGAACTCTCTGAGACTCAGCAGGAGACACTCTTCAAAGTTCGATCCCGAAGGTCTACCACCACCGAGAAGACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

730 aa · TkA03G130890|TK1151|PROTEIN

MESPVPYSRGLQKHSIMKQARSGYEPSDTETELHEAPWIQFNKKNLQLGSGVPKMSPDETRNLNSLRLSRRHSSKFDPEGLPPPRRHSKSPYKARRDDGNPRSPTLGPLPLPPGRNISPFSKSERRRHVSPFVPSKRDDPLNNDEVNKQKHRLSNNESYQSYARTLSAPRLRSRDNNQQIKHDQRVKRREERSRTPPLRRSITPRKDKDLNSKHTPSVGEINEMVANAKLAKSPVRRGPVFDSTDSLPGGDIFFSRDYVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G130890`
TK1151 ID	TkA03G130890
OH-1004 ID	LXL04_007183
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G130890

位置 Chr03:33587028-33591486 (+)

描述 Similar to RFC3: Replication factor C subunit 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g27740`	可能参与DNA复制，从而调节细胞增殖。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0792600`	可能参与DNA复制，从而调节细胞增殖。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007183 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0000731 DNA synthesis involved in DNA repair 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006271 DNA strand elongation involved in DNA replication 生物过程

GO:0006272 leading strand elongation 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:1900264 positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005663 DNA replication factor C complex 细胞组分

GO:0031389 Rad17 RFC-like complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G27740

ddi:DDB_G0293702

dosa:Os03g0792600

hsa:5983

mmu:69263

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.618

排名 1 · TkA03G130890 · TK1151

细胞核0.316

排名 2 · TkA03G130890 · TK1151

细胞膜0.087

排名 3 · TkA03G130890 · TK1151

线粒体0.043

排名 4 · TkA03G130890 · TK1151

溶酶体／液泡0.039

排名 5 · TkA03G130890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03215Rad17373-454 aa

PF05673DUF815382-458 aa

PF13191AAA_16404-534 aa

PF25361AAA_lid_RFC1573-619 aa

PF21960RCF1-5-like_lid575-614 aa

PF22534RFC_C630-724 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G130890	`PF03215`	Rad17	373	454	0.0053	17.4
TkA03G130890	`PF05673`	DUF815	382	458	0.16	11.8
TkA03G130890	`PF13191`	AAA_16	404	534	0.061	14.5
TkA03G130890	`PF25361`	AAA_lid_RFC1	573	619	0.017	15.2
TkA03G130890	`PF21960`	RCF1-5-like_lid	575	614	2.2e-10	41.0
TkA03G130890	`PF22534`	RFC_C	630	724	2.3e-12	48.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VXX4`	拟南芥	sp\|Q8VXX4\|RFC3_ARATH Replication factor C subunit 3	38.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q852K3`	水稻	sp\|Q852K3\|RFC5_ORYSJ Replication factor C subunit 5	36.300%	Swiss-Prot	低置信

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