TkA03G128700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G128700

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 33027900-33030229 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1710 bp · TkA03G128700|TK1151|cDNA

GGAAGGGTGAATGTGAGTACAGACTCAGGTGCTAGAGAGATAGCAGCAGCTTTGCTTTTAACCGGTCAAGTTGTTGCTGTTTTGGAATTATTGAAGAGTTTTAATTATTGTGATATGAAGATATGTGAGGAGATTTTGCAGAAAGGAAATCATGATGTTTGTTTGTTAGGGCTTTATAAATACAACTCAATGCATCGTGAAGCTCTTAAACTTCTTCATGAGTTAGTGGAGGATTCTAAATTGGAACACCCTAAAATCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1521 bp · TkA03G128700|TK1151|CDS

GGAAGGGTGAATGTGAGTACAGACTCAGGTGCTAGAGAGATAGCAGCAGCTTTGCTTTTAACCGGTCAAGTTGTTGCTGTTTTGGAATTATTGAAGAGTTTTAATTATTGTGATATGAAGATATGTGAGGAGATTTTGCAGAAAGGAAATCATGATGTTTGTTTGTTAGGGCTTTATAAATACAACTCAATGCATCGTGAAGCTCTTAAACTTCTTCATGAGTTAGTGGAGGATTCTAAATTGGAACACCCTAAAATCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

506 aa · TkA03G128700|TK1151|PROTEIN

GRVNVSTDSGAREIAAALLLTGQVVAVLELLKSFNYCDMKICEEILQKGNHDVCLLGLYKYNSMHREALKLLHELVEDSKLEHPKITTRNKFKPEMIIEYLKPLCGIDHMLVLEFSTRVLESCPTKTIELFLSGNIPADLVNSYLKQHAPGLRATYLEQMLSMHEDGISQNLQNEMVQIYLSEVLDWYGELSAQKKWDEKLFIPTRRKLVTAFQGMSEYNPESFLKRIPTDALYEERAILLGKMNQHELALSIYVHKLHV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G128700`
TK1151 ID	TkA03G128700
OH-1004 ID	LXL04_007160
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.407 / OH-1004 51.668 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G128700

位置 Chr03:33027900-33030229 (+)

描述 Similar to VPS39: Vacuolar sorting protein 39

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g36630`	胚胎发生期间必需的蛋白质。	Distinct sets of tethering complexes, SNARE complexes, and Rab GTPases mediate membrane fusion at the vacuole in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1073/pnas.1717839115

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007160 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0034058 endosomal vesicle fusion 生物过程

GO:0035542 regulation of SNARE complex assembly 生物过程

GO:0061909 autophagosome-lysosome fusion 生物过程

GO:0097352 autophagosome maturation 生物过程

GO:0097576 vacuole fusion 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G36630

hsa:23339

mmu:269338

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.530

排名 1 · TkA03G128700 · TK1151

细胞核0.263

排名 2 · TkA03G128700 · TK1151

高尔基体0.176

排名 3 · TkA03G128700 · TK1151

溶酶体／液泡0.164

排名 4 · TkA03G128700 · TK1151

细胞膜0.117

排名 5 · TkA03G128700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24109DUF738413-93 aa

PF00637Clathrin15-75 aa

PF10366Vps39_123-120 aa

PF00637Clathrin140-258 aa

PF24109DUF7384216-236 aa

PF10366Vps39_1239-256 aa

PF10366Vps39_1288-299 aa

PF24925DUF7746288-328 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G128700	`PF24109`	DUF7384	13	93	0.075	13.8
TkA03G128700	`PF00637`	Clathrin	15	75	0.003	18.0
TkA03G128700	`PF10366`	Vps39_1	23	120	5.1e-20	72.5
TkA03G128700	`PF00637`	Clathrin	140	258	0.003	18.0
TkA03G128700	`PF24109`	DUF7384	216	236	0.075	13.8
TkA03G128700	`PF10366`	Vps39_1	239	256	5.1e-20	72.5
TkA03G128700	`PF10366`	Vps39_1	288	299	5.1e-20	72.5
TkA03G128700	`PF24925`	DUF7746	288	328	0.063	14.1
TkA03G128700	`PF24109`	DUF7384	382	396	0.075	13.8
TkA03G128700	`PF00637`	Clathrin	390	421	0.003	18.0
TkA03G128700	`PF10366`	Vps39_1	413	450	5.1e-20	72.5
TkA03G128700	`PF13771`	zf-HC5HC2H	430	493	0.049	14.5
TkA03G128700	`PF10367`	zf-Vps39_C	453	490	7.8e-17	61.3
TkA03G128700	`PF09943`	DUF2175	461	499	0.077	13.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L5Y0`	拟南芥	sp\|Q8L5Y0\|VPS39_ARATH Vacuolar sorting protein 39	58.200%	Swiss-Prot	高置信

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