TkA03G119040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G119040

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 30397854-30400458 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2423 bp · TkA03G119040|TK1151|cDNA

TAATATCATATTGGTTATGGTCAGCTAACGGTGTGTTGTTCCTTTGTAGTTTGTACACCTAAATTCAATTCCCCAATATTCCCACTTAAACCCTAACACATATCGCCTTTGATTCCACTTATCATCACCCAATTTTGCATCACAACCGTGATCTACTGTAGATTGGTTAATCATTCAGCTAATGGAACCTGTCGTTGTGAGCTGATTTCTGTTTGCTTCTCCTCAAATTTATCAATTATGGCCGACGAAGAAGACAACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1080 bp · TkA03G119040|TK1151|CDS

ATGTGGAAGAAGAAGATAATCCTCCGCCAACGGTGTTTTGAAAGTACGTCCTCCTCAACAGAGGATGTGTCGATTGAAAGATTCCGGGAGGTGGTTGCGGAGCTTGATCGTGAACGGAAAGCTCGTGAGGTGGCAGAGAGTTCGAAATCCGAATTGAAAACTTCGTTTAACCGACTGAAAGCTCTCGCACACGAGGCAATCAAGAAACGCGACGAGATTTCTCGCCAGAGAGATGAGGTTTCTAGGGCGAATGAGAAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

359 aa · TkA03G119040|TK1151|PROTEIN

MWKKKIILRQRCFESTSSSTEDVSIERFREVVAELDRERKAREVAESSKSELKTSFNRLKALAHEAIKKRDEISRQRDEVSRANEKLSAQFAEAVNEKDDLVKQNVDLAKQLEESVKAKDLSRSEIQTATQMLVTGIDKVSGKVSNYKNFTAGGLPKSQKYSGLPAIAYGVIKRSNEIVEELLRQIESTTKSRNEAREHIEQRNYEIAIEVSQLESTIDGLREQVSERDSVVQDLKNSIAEKDGKISNLETELLRMQGLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G119040`
TK1151 ID	TkA03G119040
OH-1004 ID	LXL04_025800
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.593 / OH-1004 50.149 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G119040`
位置	Chr03:30397854-30400458 (-)
描述	Similar to At3g49055: Uncharacterized protein At3g49055
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025800` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT3G49055 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.565

排名 1 · TkA03G119040 · TK1151

细胞核0.373

排名 2 · TkA03G119040 · TK1151

线粒体0.060

排名 3 · TkA03G119040 · TK1151

细胞膜0.058

排名 4 · TkA03G119040 · TK1151

高尔基体0.051

排名 5 · TkA03G119040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28422CCDC897-198 aa

PF04012PspA_IM3015-61 aa

PF27241CLIP117-101 aa

PF09787Golgin_A518-133 aa

PF10174Cast22-120 aa

PF28968PMD1-like25-112 aa

PF10018Med425-81 aa

PF30679CCDC18_2nd26-128 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G119040	`PF28422`	CCDC89	7	198	0.0018	18.4
TkA03G119040	`PF04012`	PspA_IM30	15	61	0.011	16.1
TkA03G119040	`PF27241`	CLIP1	17	101	0.4	11.4
TkA03G119040	`PF09787`	Golgin_A5	18	133	0.75	10.0
TkA03G119040	`PF10174`	Cast	22	120	0.64	8.9
TkA03G119040	`PF28968`	PMD1-like	25	112	0.00047	20.4
TkA03G119040	`PF10018`	Med4	25	81	0.021	15.2
TkA03G119040	`PF30679`	CCDC18_2nd	26	128	0.004	16.1
TkA03G119040	`PF30842`	LEKR1	26	121	0.41	11.7
TkA03G119040	`PF19353`	DUF5930	26	132	1.9	8.2
TkA03G119040	`PF24161`	CCDC39	27	295	0.0094	14.6
TkA03G119040	`PF01576`	Myosin_tail_1	27	126	0.029	12.9
TkA03G119040	`PF28256`	CCDC171	27	271	0.32	9.1
TkA03G119040	`PF19220`	Rod_CreS	27	46	0.51	10.2
TkA03G119040	`PF17675`	APG6_N	28	132	6.1	8.0
TkA03G119040	`PF24423`	OVT1	29	93	0.0091	17.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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