TkA03G118960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G118960

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 30379268-30384595 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1047 bp · TkA03G118960|TK1151|cDNA

ATGGAGGCAGCGGAAGTGGGGATGAATCGCAACAACACCGGTGATGAGCGTGAAGGGAAAGAAGCCGCACAAGGCAGTGGACAGCAGCAGCGACGCAAGGCTGGTGATCGGAAGGACCTCGCACAGATGATTGCTTACAGTACCACCTGGTTATACAGAATACTGAAAACTTTTTTTGCTGGAGAGGGATCCTCCTCTGTTCCTAGATCACGTGGAAGAAAAGATGGAGATACTATTTGGCTACCTGATGGATGGACTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1047 bp · TkA03G118960|TK1151|CDS

ATGGAGGCAGCGGAAGTGGGGATGAATCGCAACAACACCGGTGATGAGCGTGAAGGGAAAGAAGCCGCACAAGGCAGTGGACAGCAGCAGCGACGCAAGGCTGGTGATCGGAAGGACCTCGCACAGATGATTGCTTACAGTACCACCTGGTTATACAGAATACTGAAAACTTTTTTTGCTGGAGAGGGATCCTCCTCTGTTCCTAGATCACGTGGAAGAAAAGATGGAGATACTATTTGGCTACCTGATGGATGGACTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

348 aa · TkA03G118960|TK1151|PROTEIN

MEAAEVGMNRNNTGDEREGKEAAQGSGQQQRRKAGDRKDLAQMIAYSTTWLYRILKTFFAGEGSSSVPRSRGRKDGDTIWLPDGWTMEVEAKSSRQKYKLYIGPNEKKSISMPMVLSYLASINSSPAGQKEGPVKSQTSADKYWVEDVCCCLDSKIKMSFSCNLSFGKLVLQVFDVMSQRESKVKKQEISQDYSSQQLRVYNRFLKEGRLTGCLEKLEYLDRKGLLDMSNVMVNSRIEPNVHTYGALIDGCAKAGQIYST...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G118960`
TK1151 ID	TkA03G118960
OH-1004 ID	LXL04_025803
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G118960

位置 Chr03:30379268-30384595 (-)

描述 Similar to PGI1: Glucose-6-phosphate isomerase 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g24620`	促进叶子中淀粉的合成。	Mutation of Arabidopsis plastid phosphoglucose isomerase affects leaf starch synthesis and floral initiation.2000 · DOI: 10.1104/pp.123.1.319

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025803 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005982 starch metabolic process 生物过程

GO:0006094 gluconeogenesis 生物过程

GO:0006096 glycolytic process 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0051156 glucose 6-phosphate metabolic process 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0004347 glucose-6-phosphate isomerase activity 分子功能

GO:0048029 monosaccharide binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G24620

cyc:PCC7424_3777

cyp:PCC8801_0439

mar:MAE_16590

npu:Npun_F3925

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.656

排名 1 · TkA03G118960 · TK1151

细胞质0.178

排名 2 · TkA03G118960 · TK1151

线粒体0.099

排名 3 · TkA03G118960 · TK1151

细胞膜0.056

排名 4 · TkA03G118960 · TK1151

内质网0.043

排名 5 · TkA03G118960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01429MBD73-123 aa

PF18337Tudor_RapA75-108 aa

PF01535PPR168-179 aa

PF13812PPR_3168-179 aa

PF13041PPR_2171-180 aa

PF01535PPR204-224 aa

PF13041PPR_2227-253 aa

PF13812PPR_3232-255 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G118960	`PF01429`	MBD	73	123	0.016	15.5
TkA03G118960	`PF18337`	Tudor_RapA	75	108	0.038	14.9
TkA03G118960	`PF01535`	PPR	168	179	0.1	13.6
TkA03G118960	`PF13812`	PPR_3	168	179	0.15	12.9
TkA03G118960	`PF13041`	PPR_2	171	180	5e-05	24.0
TkA03G118960	`PF01535`	PPR	204	224	0.1	13.6
TkA03G118960	`PF13041`	PPR_2	227	253	5e-05	24.0
TkA03G118960	`PF13812`	PPR_3	232	255	0.15	12.9
TkA03G118960	`PF12854`	PPR_1	237	256	0.00081	19.8
TkA03G118960	`PF01535`	PPR	243	257	0.1	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H103`	拟南芥	sp\|Q8H103\|G6PIP_ARATH Glucose-6-phosphate isomerase 1, chloroplastic	60.000%	Swiss-Prot	低置信

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