TkA03G085180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G085180

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 21685948-21690184 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2775 bp · TkA03G085180|TK1151|cDNA

GTCGTTTAGTCCTAAGCATTTCCCAAGGGTATTCGCGTAATTTGCAATGTCGCATTTTCTTGTTTCATTTTTCTATTTTATTTTTCCCGTTCGTTCTTCGAGGCCATTGGGTGTTTTATCAGTGTGTGTAAAAAGGTGTGAGTGTGTGTTCTTGAGTTGCGCTTCTTTTCTAAGCGTATATTTGATGGGAAAAAGAGCTTGAAAAACCCTCACAAACCCTAGAAAAACTTCATCAGATGTTTCTATCTGCGTACTGAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2424 bp · TkA03G085180|TK1151|CDS

ATGTTCCACCATCGGGGCATTTCCCAAGATACTGAAGCTTTACATTTCAAGATTGTTACATTATGTGCCCTTTTTACCCTTTCAACTTTCGGTCCATGCACCATAACCGGGACCCACAATCCAATTCACAATGACTTGAATTCTATTGAAAACAAAAACCAAATCCCAAAACTAAATCTTGAAAACATCTGTAAACGTTCAGACTCATTCTGTCTCCCCTCAACATTATCCAATTTCATCAAACCAGAAAAAACACCACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

807 aa · TkA03G085180|TK1151|PROTEIN

MFHHRGISQDTEALHFKIVTLCALFTLSTFGPCTITGTHNPIHNDLNSIENKNQIPKLNLENICKRSDSFCLPSTLSNFIKPEKTPLKKSTPPMNNHTWSTNHKKTVSCSLKHQETTKTDENDTKDESLRIKSTTMNDFSSPNVQISHHILDWGHTHLHHPSSSFLTIQNTQNHTSITIYKPYTTNLQFYPCNHTEITLIAPGETASICFIFFPKSLGLSSGHLILQTSAGGFLIRARGFAIESPHTIQLSQGQSRLLAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G085180`
TK1151 ID	TkA03G085180
OH-1004 ID	LXL04_006874
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.424 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G085180`
位置	Chr03:21685948-21690184 (+)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_006874` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.417

排名 1 · TkA03G085180 · TK1151

细胞核0.297

排名 2 · TkA03G085180 · TK1151

细胞质0.153

排名 3 · TkA03G085180 · TK1151

细胞膜0.114

排名 4 · TkA03G085180 · TK1151

高尔基体0.092

排名 5 · TkA03G085180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15780ASH14-41 aa

PF12371TMEM131_like_N49-83 aa

PF24474DUF7579108-147 aa

PF22065Cep192_D7141-174 aa

PF22073Cep192_D4142-229 aa

PF22544HYDIN_VesB_CFA65-like_Ig143-229 aa

PF12371TMEM131_like_N145-228 aa

PF15780ASH150-218 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G085180	`PF15780`	ASH	14	41	0.00012	22.9
TkA03G085180	`PF12371`	TMEM131_like_N	49	83	1.3e-17	64.4
TkA03G085180	`PF24474`	DUF7579	108	147	2.9e-28	98.8
TkA03G085180	`PF22065`	Cep192_D7	141	174	0.23	12.1
TkA03G085180	`PF22073`	Cep192_D4	142	229	3.2e-09	37.7
TkA03G085180	`PF22544`	HYDIN_VesB_CFA65-like_Ig	143	229	0.41	11.6
TkA03G085180	`PF12371`	TMEM131_like_N	145	228	1.3e-17	64.4
TkA03G085180	`PF15780`	ASH	150	218	0.00012	22.9
TkA03G085180	`PF24474`	DUF7579	167	201	2.9e-28	98.8
TkA03G085180	`PF24499`	Ig_TMEM131L_4	197	225	2.1e-08	35.3
TkA03G085180	`PF24474`	DUF7579	257	363	2.9e-28	98.8
TkA03G085180	`PF22544`	HYDIN_VesB_CFA65-like_Ig	271	343	0.41	11.6
TkA03G085180	`PF30635`	KimA_C	374	424	0.062	14.1
TkA03G085180	`PF22073`	Cep192_D4	406	493	3.2e-09	37.7
TkA03G085180	`PF22065`	Cep192_D7	407	461	0.23	12.1
TkA03G085180	`PF15780`	ASH	410	441	0.00012	22.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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