TkA03G033950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G033950

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 8980432-8983481 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1241 bp · TkA03G033950|TK1151|cDNA

ATGCATACAACGATTGTTAATTTCTCTAATGCTGCGCTGCTTGGGTCCGATACATCACTGCCTGGCTTGGTTGCTGCAAAAGTAGGTGCATATGTCGTTCTTACCGATGACTCCAACAGACTAGAGGTTCTAGAAAACATGAGAAAAGTGTGTGAGCTAAATTATATCAAGTTTGAGGTTTCACCACATTTTTGCGGTGATGGAAGTGTGAGCTATGGAATGGACGATGCTGATGATGTTTACATGCAGTCATGGACTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1026 bp · TkA03G033950|TK1151|CDS

ATGCATACAACGATTGTTAATTTCTCTAATGCTGCGCTGCTTGGGTCCGATACATCACTGCCTGGCTTGGTTGCTGCAAAAGTAGGTGCATATGTCGTTCTTACCGATGACTCCAACAGACTAGAGGTTCTAGAAAACATGAGAAAAGTGTGTGAGCTAAATTATATCAAGTTTGAGGTTTCACCACATTTTTGCGGTGATGGAAGTGTGAGCTATGGAATGGACGATGCTGATGATGTTTACATGCAGTCATGGACTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

341 aa · TkA03G033950|TK1151|PROTEIN

MHTTIVNFSNAALLGSDTSLPGLVAAKVGAYVVLTDDSNRLEVLENMRKVCELNYIKFEVSPHFCGDGSVSYGMDDADDVYMQSWTGTIIGPSNTVHEGRIYQLKLFCCLEYPEKPPTVKFQPRINMSWVNQETGVVEPSLFPMLSQLKKEMTSPHNRRFTQPPEVFPKWVNTQERNERPSENCCSHMDLRMDFLLVLWTKALPYTVFQPQALELCARKVAASSGDMRKALGICRGAIERLETELRDDTCTSNLTSMVRV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G033950`
TK1151 ID	TkA03G033950
OH-1004 ID	LXL04_033518
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	35.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.707 / OH-1004 89.237 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G033950

位置 Chr03:8980432-8983481 (-)

描述 Similar to ELM1: Mitochondrial fission protein ELM1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g23260`	本身没有泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At3g52560`	本身没有泛素连接酶活性。	Arabidopsis UEV1D promotes Lysine-63-linked polyubiquitination and is involved in DNA damage response.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.051862
`At2g36060`	本身没有泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At1g70660`	本身没有泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At1g07270`	可能参与DNA复制的起始。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033518 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000266 mitochondrial fission 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0033314 mitotic DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0140530 MCM complex loading 生物过程

GO:1902975 mitotic DNA replication initiation 生物过程

GO:1902985 mitotic pre-replicative complex assembly 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005656 nuclear pre-replicative complex 细胞组分

GO:0005741 mitochondrial outer membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07270

ath:AT2G29680

ath:AT5G22350

dosa:Os01g0856000

osa:4324832

spo:2540013

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.409

排名 1 · TkA03G033950 · TK1151

细胞质0.385

排名 2 · TkA03G033950 · TK1151

线粒体0.128

排名 3 · TkA03G033950 · TK1151

细胞膜0.106

排名 4 · TkA03G033950 · TK1151

内质网0.091

排名 5 · TkA03G033950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00179UQ_con79-137 aa

PF22606Cdc6-ORC-like_ATPase_lid206-244 aa

PF22703Cdc6_lid206-238 aa

PF17872AAA_lid_10209-242 aa

PF06258Mito_fiss_Elm1287-340 aa

PF22606Cdc6-ORC-like_ATPase_lid325-339 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G033950	`PF00179`	UQ_con	79	137	7e-10	39.4
TkA03G033950	`PF22606`	Cdc6-ORC-like_ATPase_lid	206	244	8.8e-07	29.5
TkA03G033950	`PF22703`	Cdc6_lid	206	238	0.037	14.6
TkA03G033950	`PF17872`	AAA_lid_10	209	242	5.3e-05	24.0
TkA03G033950	`PF06258`	Mito_fiss_Elm1	287	340	1.4e-19	71.1
TkA03G033950	`PF22606`	Cdc6-ORC-like_ATPase_lid	325	339	8.8e-07	29.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YP0`	拟南芥	sp\|Q93YP0\|UEV1A_ARATH Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1A	67.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SVD7`	拟南芥	sp\|Q9SVD7\|UEV1D_ARATH Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1D	64.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SJ44`	拟南芥	sp\|Q9SJ44\|UEV1C_ARATH Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1C	63.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9CAB6`	拟南芥	sp\|Q9CAB6\|UEV1B_ARATH Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1B	64.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q8W032`	拟南芥	sp\|Q8W032\|CDC6B_ARATH DNA replication factor CDC6B	52.900%	Swiss-Prot	低置信

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