TkA03G028980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G028980

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 7780316-7780768 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

453 bp · TkA03G028980|TK1151|cDNA

ATGTCTCCCAAATCCCCAAAACCAAACACGATCAACAGACAATTACAAGATTTCAGATGGGTTTTCGCTCGTTTTGACACCGACAACGACGGAAAGATTTCAGCTTTGGAGCTCCGATCATACTTCGGGTCCATTGGAGAGTACATGTCGCACCAGGAAGCTCAGTGTGTGATCGACGATTTGGATGTCGATGGTGACGGGTTTATTGATTTTGAGGATTTTATGCGGCTGATGAAGGTGAAGGATGAGGGGGATGATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

453 bp · TkA03G028980|TK1151|CDS

ATGTCTCCCAAATCCCCAAAACCAAACACGATCAACAGACAATTACAAGATTTCAGATGGGTTTTCGCTCGTTTTGACACCGACAACGACGGAAAGATTTCAGCTTTGGAGCTCCGATCATACTTCGGGTCCATTGGAGAGTACATGTCGCACCAGGAAGCTCAGTGTGTGATCGACGATTTGGATGTCGATGGTGACGGGTTTATTGATTTTGAGGATTTTATGCGGCTGATGAAGGTGAAGGATGAGGGGGATGATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

150 aa · TkA03G028980|TK1151|PROTEIN

MSPKSPKPNTINRQLQDFRWVFARFDTDNDGKISALELRSYFGSIGEYMSHQEAQCVIDDLDVDGDGFIDFEDFMRLMKVKDEGDDVKAAFEMFEHEKGCGQISPKSLQKTLSRLGESKSYDECLKMIKVFDVHGKGGVDFNEFQQMMMT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G028980`
TK1151 ID	TkA03G028980
OH-1004 ID	LXL04_006389
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 78.125 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G028980

位置 Chr03:7780316-7780768 (+)

描述 Similar to CML41: Probable calcium-binding protein CML41

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g50770`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At5g42380`	潜在的钙感受器，能够体外结合钙。	Developmental and stimulus-induced expression patterns of Arabidopsis calmodulin-like genes CML37, CML38 and CML39.2007 · DOI: 10.1007/s11103-007-9189-0

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0134400`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`Os12g0132300`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`Os07g0618800`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006389 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0042128 nitrate assimilation 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0071731 response to nitric oxide 生物过程

GO:0080164 regulation of nitric oxide metabolic process 生物过程

GO:1900459 positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18210

ath:AT1G66400

ath:AT1G76650

ath:AT3G50770

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.600

排名 1 · TkA03G028980 · TK1151

细胞核0.320

排名 2 · TkA03G028980 · TK1151

线粒体0.077

排名 3 · TkA03G028980 · TK1151

细胞膜0.070

排名 4 · TkA03G028980 · TK1151

内质网0.067

排名 5 · TkA03G028980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21008AIF-17-82 aa

PF10591SPARC_Ca_bdg12-75 aa

PF13833EF-hand_816-37 aa

PF30551CFAP251_C16-61 aa

PF13499EF-hand_717-79 aa

PF00036EF-hand_117-42 aa

PF23564EF-hand_FSTL120-78 aa

PF30624EF_SSP12020-75 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G028980	`PF21008`	AIF-1	7	82	7.5e-10	39.9
TkA03G028980	`PF10591`	SPARC_Ca_bdg	12	75	0.12	13.4
TkA03G028980	`PF13833`	EF-hand_8	16	37	4.1e-14	52.8
TkA03G028980	`PF30551`	CFAP251_C	16	61	0.00089	19.7
TkA03G028980	`PF13499`	EF-hand_7	17	79	5.2e-22	78.7
TkA03G028980	`PF00036`	EF-hand_1	17	42	6.3e-20	69.9
TkA03G028980	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	20	78	0.003	18.7
TkA03G028980	`PF30624`	EF_SSP120	20	75	0.084	14.3
TkA03G028980	`PF13405`	EF-hand_6	21	46	5.1e-19	66.9
TkA03G028980	`PF13202`	EF-hand_5	21	40	6.7e-14	51.3
TkA03G028980	`PF14658`	EF-hand_9	22	79	0.00047	21.3
TkA03G028980	`PF00404`	Dockerin_1	24	38	0.00011	23.0
TkA03G028980	`PF29176`	Allatotropin-like_C	26	38	0.0065	16.8
TkA03G028980	`PF13833`	EF-hand_8	46	79	4.1e-14	52.8
TkA03G028980	`PF00036`	EF-hand_1	55	79	6.3e-20	69.9
TkA03G028980	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	55	84	0.003	18.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L3R2`	拟南芥	sp\|Q8L3R2\|CML41_ARATH Probable calcium-binding protein CML41	49.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FIH9`	拟南芥	sp\|Q9FIH9\|CML37_ARATH Calcium-binding protein CML37	42.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0IUU4`	水稻	sp\|Q0IUU4\|CML2_ORYSJ Putative calmodulin-like protein 2	36.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0IQB6`	水稻	sp\|Q0IQB6\|CML3_ORYSJ Calmodulin-like protein 3	35.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7F0J0`	水稻	sp\|Q7F0J0\|CML13_ORYSJ Probable calcium-binding protein CML13	34.400%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情