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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G017880
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 4713580-4714632 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

939 bp · TkA03G017880|TK1151|cDNA

GGAATTTCAGTTCATCATCATCATCTCCGAAATCACTTTCTACACTTCGACGAAATTATCTCACATTCACCATTAAAATTCAAACCCCATGACAGTCAAAGGCGGTTCTCGCCCAGCTTGCGCCGCCTGCCGCTTCCAGCGCCGCCGCTGTTCATCCGACTGCCCACTTGCACCGTTTTTTCCGGCAAACCAACCCAAGATGTTCCAAAACGTCCACCGCCTCTACGGCGTCGGAAACGTCATGAAGATCTTAACCAGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

681 bp · TkA03G017880|TK1151|CDS

ATGACAGTCAAAGGCGGTTCTCGCCCAGCTTGCGCCGCCTGCCGCTTCCAGCGCCGCCGCTGTTCATCCGACTGCCCACTTGCACCGTTTTTTCCGGCAAACCAACCCAAGATGTTCCAAAACGTCCACCGCCTCTACGGCGTCGGAAACGTCATGAAGATCTTAACCAGTATAGAGAACGATGAGCAGAAAGAAGAAGCCATGAAATCAATCAAATACGAAGCTTACATCCGTGAGCTTTACCCAGTTGATGGATGTTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

226 aa · TkA03G017880|TK1151|PROTEIN

MTVKGGSRPACAACRFQRRRCSSDCPLAPFFPANQPKMFQNVHRLYGVGNVMKILTSIENDEQKEEAMKSIKYEAYIRELYPVDGCYGRIASLKQDLVESMRELQYVRVLIHTCKQNKDPMNINEGKNDVNDHGLYYFGSSSHIDDHSKPYAWDDDRVKTSIDLDQDLMQFQRQFDNFQLSGGVDHVHGHGRLDFADNTCDQFVDDEQWLKGLKEEANDHDLSSFK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G017880
TK1151 IDTkA03G017880
OH-1004 IDLXL04_006224
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G017880
位置Chr03:4713580-4714632 (+)
描述Similar to LBD27: LOB domain-containing protein 27
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g47870 含 LOB 结构域蛋白 27。 暂无已核实直接文献
At3g27650 含LOB结构域蛋白 25。 暂无已核实直接文献
At3g13850 LOB结构域含蛋白22。 暂无已核实直接文献
At1g31320 含LOB结构域蛋白4。 暂无已核实直接文献
At3g26620 含LOB结构域蛋白23。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006224 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009556 microsporogenesis 生物过程
GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009786 regulation of asymmetric cell division 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0080117 secondary growth 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0001216 DNA-binding transcription activator activity 分子功能
GO:0001217 DNA-binding transcription repressor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G31320
ath:AT3G13850
ath:AT3G26620
ath:AT3G27650
ath:AT3G47870
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.972
排名 1 · TkA03G017880 · TK1151
细胞质0.086
排名 2 · TkA03G017880 · TK1151
细胞膜0.022
排名 3 · TkA03G017880 · TK1151
内质网0.014
排名 4 · TkA03G017880 · TK1151
质体0.009
排名 5 · TkA03G017880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03195LOB10-107 aa
PF16515HIP1_clath_bdg89-121 aa
PF10679DUF2491125-178 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G017880PF03195LOB101072.7e-33115.2
TkA03G017880PF16515HIP1_clath_bdg891210.1513.2
TkA03G017880PF10679DUF24911251780.1511.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9STS6拟南芥sp|Q9STS6|LBD27_ARATH LOB domain-containing protein 2754.200%Swiss-Prot低置信
Q8L8Q3拟南芥sp|Q8L8Q3|LBD25_ARATH LOB domain-containing protein 2547.400%Swiss-Prot低置信
Q9LRW1拟南芥sp|Q9LRW1|LBD22_ARATH LOB domain-containing protein 2244.900%Swiss-Prot低置信
Q9SHE9拟南芥sp|Q9SHE9|LBD4_ARATH LOB domain-containing protein 445.700%Swiss-Prot低置信
P59467拟南芥sp|P59467|LBD23_ARATH LOB domain-containing protein 2345.700%Swiss-Prot低置信

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