TkA03G003190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G003190

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 777345-778151 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

729 bp · TkA03G003190|TK1151|cDNA

ATGAACAACAACAAGGCTTCTGAAATCAAAGATTTACAGATTGCGATTCCCGAAAAAGAAAGCACGAAGAAGCAACAACAGTTAGCACCCAAGCGCGCCTCCAACAAGGACAGACACACAAAGGTCGAAGGGCGAGGTCGGAGGATTAGGATGCCCGCTCTGTGTGCTGCGAGAATCTTTCAGCTGACTAGGGAATTAGGTCATAAATCCGATGGGGAAACAATTCAATGGCTCCTACAGCACGCGGAGCCTTCCATTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

729 bp · TkA03G003190|TK1151|CDS

ATGAACAACAACAAGGCTTCTGAAATCAAAGATTTACAGATTGCGATTCCCGAAAAAGAAAGCACGAAGAAGCAACAACAGTTAGCACCCAAGCGCGCCTCCAACAAGGACAGACACACAAAGGTCGAAGGGCGAGGTCGGAGGATTAGGATGCCCGCTCTGTGTGCTGCGAGAATCTTTCAGCTGACTAGGGAATTAGGTCATAAATCCGATGGGGAAACAATTCAATGGCTCCTACAGCACGCGGAGCCTTCCATTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

242 aa · TkA03G003190|TK1151|PROTEIN

MNNNKASEIKDLQIAIPEKESTKKQQQLAPKRASNKDRHTKVEGRGRRIRMPALCAARIFQLTRELGHKSDGETIQWLLQHAEPSIIAATGTGTIPASALATAGAAATHGVSTSVGLQNKLDELAGVNGRTSWQSLGMSSPSSSSGNNLGIESSNYLQKVAFSGFDLPGSSMGQMNFSSILGNHNHNHQQQLPGLELGLSQDGHMGVLNQQALNQIYQMGQARMHHHQHQTSKDDSQGSGDH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G003190`
TK1151 ID	TkA03G003190
OH-1004 ID	LXL04_006036
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 88.449 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G003190

位置 Chr03:777345-778151 (-)

描述 Similar to TCP20: Transcription factor TCP20

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g27010`	结合PCNA-2启动子位点Ⅱ基序（3′-TGGGCC/T-5′），以及细胞周期蛋白CYCB1-1和核糖体蛋白基因启动子中3′-GCCCG/A-5′元件的转录因子。	Internal telomeric repeats and 'TCP domain' protein-binding sites co-operate to regulate gene expression in Arabidopsis thaliana cycling cells.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01682.x Arabidopsis TCP20 links regulation of growth and cell division control pathways.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0504039102
`At3g47620`	转录因子，参与植物发育的调控。	Transcription factor AtTCP14 regulates embryonic growth potential during seed germination in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03308.x TCP14 and TCP15 affect internode length and leaf shape in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04674.x Arabidopsis thaliana DOF6 negatively affects germination in non-after-ripened seeds and interacts with TCP14.2012 · DOI: 10.1093/jxb/err388 The Arabidopsis O-linked N-acetylglucosamine transferase SPINDLY interacts with class I TCPs to facilitate cytokinin responses in leaves and flowers.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.093518 The Arabidopsis immune adaptor SRFR1 interacts with TCP transcription factors that redundantly contribute to effector-triggered immunity.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12527 The ubiquitin receptors DA1, DAR1, and DAR2 redundantly regulate endoreduplication by modulating the stability of TCP14/15 in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.132274 Pseudomonas syringae Type III Effector HopBB1 Promotes Host Transcriptional Repressor Degradation to Regulate Phytohormone Responses and Virulence.2017 · DOI: 10.1016/j.chom.2017.01.003 ORANGE Represses Chloroplast Biogenesis in Etiolated Arabidopsis Cotyledons via Interaction with TCP14.2019 · DOI: 10.1105/tpc.18.00290
`At2g45680`	转录因子 TCP9。	暂无已核实直接文献
`At1g69690`	转录因子，参与植物发育的调控。	TCP14 and TCP15 affect internode length and leaf shape in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04674.x The Arabidopsis O-linked N-acetylglucosamine transferase SPINDLY interacts with class I TCPs to facilitate cytokinin responses in leaves and flowers.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.093518 The Arabidopsis immune adaptor SRFR1 interacts with TCP transcription factors that redundantly contribute to effector-triggered immunity.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12527 The ubiquitin receptors DA1, DAR1, and DAR2 redundantly regulate endoreduplication by modulating the stability of TCP14/15 in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.132274 TCP15 modulates cytokinin and auxin responses during gynoecium development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12992 Redox-Dependent Modulation of Anthocyanin Biosynthesis by the TCP Transcription Factor TCP15 during Exposure to High Light Intensity Conditions in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01016
`At5g51910`	转录因子 TCP19。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006036 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009653 anatomical structure morphogenesis 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010229 inflorescence development 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69690

ath:AT2G45680

ath:AT3G27010

ath:AT3G47620

ath:AT5G51910

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.969

排名 1 · TkA03G003190 · TK1151

细胞质0.107

排名 2 · TkA03G003190 · TK1151

细胞膜0.017

排名 3 · TkA03G003190 · TK1151

线粒体0.011

排名 4 · TkA03G003190 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA03G003190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03634TCP18-26 aa

PF03634TCP34-156 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G003190	`PF03634`	TCP	18	26	6.3e-27	95.7
TkA03G003190	`PF03634`	TCP	34	156	6.3e-27	95.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSD5`	拟南芥	sp\|Q9LSD5\|TCP20_ARATH Transcription factor TCP20	52.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q93Z00`	拟南芥	sp\|Q93Z00\|TCP14_ARATH Transcription factor TCP14	91.000%	Swiss-Prot	低置信
`O64647`	拟南芥	sp\|O64647\|TCP9_ARATH Transcription factor TCP9	83.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C9L2`	拟南芥	sp\|Q9C9L2\|TCP15_ARATH Transcription factor TCP15	88.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LT89`	拟南芥	sp\|Q9LT89\|TCP19_ARATH Transcription factor TCP19	78.900%	Swiss-Prot	低置信

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