TkA03G001870 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G001870

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 462934-469920 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3590 bp · TkA03G001870|TK1151|cDNA

GCCACCATAAGAAGGGGTAAAGGAGATATTAATGAAACAATAGGGACCCTTGGTACAAATTTCGTCATCAACCGAACACAATAAAATGTCGGTTCTAGTTGGAACACTGATCCATACAAACTCCCAAAACTCTGTTTCTAGGGTTTCACATTCCGTTGAGCAAAACTCCCAATATTTTCATCGCAACCAGGGGAATTCAATCGGATTAAGCGTAATTCAGGAAAACTCTTGGTACAAGTATGCCGCGCCGGCGAGACGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3150 bp · TkA03G001870|TK1151|CDS

ATGCCGCGCCGGCGAGACGAGTATGAAGAAGACGTGGACGAGGATCAGGATGACGCGATTGACGACGACGACGATGAGGATTATGGCAGTAGCCGTGGAGGCGGTGGAGGAAGCGACCGTAAGAGGAGGAGATCTGATTTTATTGATGATGTTGCCGAGGAAGATGAAGATGAAGAGGAGGAGTACGACGAATATGATGAAGATTATGGTGGCGGCGGTGGTGCGCGTCGTCGAGGAGGGAAAGCATCAAAAAAAGCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1049 aa · TkA03G001870|TK1151|PROTEIN

MPRRRDEYEEDVDEDQDDAIDDDDDEDYGSSRGGGGGSDRKRRRSDFIDDVAEEDEDEEEEYDEYDEDYGGGGGARRRGGKASKKASGAGFFELEADVDTDAEEDEEEDGEDDFIVNERVDPHEEEDARRMHHRPLLSREDEQEDVEALERIIQERFARNRTEYDDDDATEVEQQALLPSVRDPKLWMVKCAIGHEREVAVCLMQKCIDRSSELQIRSAIALDHLKNYIYIEADKEAHVKEACKGMRNIYTGSKILLVPI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G001870`
TK1151 ID	TkA03G001870
OH-1004 ID	LXL04_006023
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G001870

位置 Chr03:462934-469920 (+)

描述 Similar to At4g08350: Putative transcription elongation factor SPT5 homolog 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g08350`	可能通过RNA聚合酶II调控转录延伸。	暂无已核实直接文献
`At2g34210`	可能通过RNA聚合酶II调控转录延伸。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006023 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0016239 positive regulation of macroautophagy 生物过程

GO:0032784 regulation of DNA-templated transcription elongation 生物过程

GO:0032785 negative regulation of DNA-templated transcription, elongation 生物过程

GO:0032786 positive regulation of DNA-templated transcription, elongation 生物过程

GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0034243 regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0160239 transcription pausing by RNA polymerase II 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G34210

ath:AT4G08350

gga:426493

hsa:6829

mmu:20924

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.964

排名 1 · TkA03G001870 · TK1151

细胞质0.124

排名 2 · TkA03G001870 · TK1151

细胞膜0.014

排名 3 · TkA03G001870 · TK1151

线粒体0.011

排名 4 · TkA03G001870 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA03G001870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11942Spt5_N9-29 aa

PF11942Spt5_N47-72 aa

PF11942Spt5_N91-179 aa

PF03439Spt5-NGN185-267 aa

PF23287KOW7_SPT5189-200 aa

PF23042KOW1_SPT5276-402 aa

PF00467KOW281-309 aa

PF23290KOW5_SPT5282-301 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G001870	`PF11942`	Spt5_N	9	29	6.5e-12	47.0
TkA03G001870	`PF11942`	Spt5_N	47	72	6.5e-12	47.0
TkA03G001870	`PF11942`	Spt5_N	91	179	6.5e-12	47.0
TkA03G001870	`PF03439`	Spt5-NGN	185	267	4.9e-27	94.4
TkA03G001870	`PF23287`	KOW7_SPT5	189	200	7.3e-24	84.1
TkA03G001870	`PF23042`	KOW1_SPT5	276	402	2.3e-33	116.2
TkA03G001870	`PF00467`	KOW	281	309	8.1e-21	73.6
TkA03G001870	`PF23290`	KOW5_SPT5	282	301	2e-16	59.9
TkA03G001870	`PF25088`	GPKOW_C	282	313	0.0087	16.9
TkA03G001870	`PF25092`	SH3_KIN17_C	287	310	6.8	7.9
TkA03G001870	`PF23291`	KOW4_SPT5	429	458	3.5e-27	94.8
TkA03G001870	`PF23284`	KOW2_Spt5	430	479	6.7e-25	87.4
TkA03G001870	`PF23287`	KOW7_SPT5	430	447	7.3e-24	84.1
TkA03G001870	`PF00467`	KOW	430	459	8.1e-21	73.6
TkA03G001870	`PF23290`	KOW5_SPT5	431	458	2e-16	59.9
TkA03G001870	`PF14505`	DUF4438	431	456	0.0013	19.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STN3`	拟南芥	sp\|Q9STN3\|SPT51_ARATH Putative transcription elongation factor SPT5 homolog 1	68.500%	Swiss-Prot	高置信
`O80770`	拟南芥	sp\|O80770\|SPT52_ARATH Putative transcription elongation factor SPT5 homolog 2	59.600%	Swiss-Prot	高置信

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