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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G520890
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 134331371-134339817 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2360 bp · TkA02G520890|TK1151|cDNA

TAGATGCCTCTTTGTCTGTATCGAGCTAGAATGGTGTTGTTGTCACCTATGGATTTTATTTAATCCAATCCCACCTATTTTTCTGAAGGCCATTGCATCCGTTTTAAACACACTCTCGACTCTTCCACCAGTCCAAATCAACTGTTTCGCCTTCAATTTCGGTGCTGGTACTCGAGCAGAAGGAAGTCGTAAACTTCTGTTTGCAATAATGGCTACTGGATTCACTCCAGTTTCCTTCAGAACCCTAAAAAGCAGGGACA...

CDS

下载 CDS FASTA

3429 bp · TkA02G520890|TK1151|CDS

ATGAAGATAGAAGAAGTGCAATCTACTACTAAGAAGCAGAGGATCGCTACGCACACTCATATCAAAGGCCTTGGTCTTGAGCCTACTGGAAAAGCAATCCCATTGGCGGCTGGATTTGTAGGTCAATCAGCAGCAAGAGAGGCCGGCGGCCTTGTAGTTGACATGATCCGCCAAAAAAAGATGGCTGGACGTGCACTTCTGTTTGCCGGACCTCCTGGAACTGGCAAAACCGCCCTTGCCCTTGGCATCTCCCAAGAACT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1142 aa · TkA02G520890|TK1151|PROTEIN

MKIEEVQSTTKKQRIATHTHIKGLGLEPTGKAIPLAAGFVGQSAAREAGGLVVDMIRQKKMAGRALLFAGPPGTGKTALALGISQELGTKVPFCPMVGSEVYSSEVKKTEVLMENFRRAIGLRIKENKEVYEGEVTELSPEETESVTGGYGKAISHVIIGLKTVKGTKQLKLDPTIYDALIKEKVAVGDVIYIEANSGAVKRVGRSDAFATEYDLEAEEYVPLPKGEVHKKKEIVQDVTLHDLDAANARPQGGQDILSLM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G520890
TK1151 IDTkA02G520890
OH-1004 IDLXL04_013034
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)94.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G520890
位置Chr02:134331371-134339817 (-)
描述Similar to ISPG: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase (ferredoxin), chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g60600 质体非甲羟戊酸途径中的异戊二烯类生物合成酶，将2-C-甲基-D-赤藓醇2,4-环二磷酸（ME-2,4cPP）转化为1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基4-二磷酸。
CHLOROPLAST BIOGENESIS genes act cell and noncell autonomously in early chloroplast development.2004 · DOI: 10.1104/pp.103.036996
The Arabidopsis csb3 mutant reveals a regulatory link between salicylic acid-mediated disease resistance and the methyl-erythritol 4-phosphate pathway.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02517.x
Isoprenoid biosynthesis in plant chloroplasts via the MEP pathway: direct thylakoid/ferredoxin-dependent photoreduction of GcpE/IspG.2006 · DOI: 10.1016/j.febslet.2006.01.082
At5g22330 拟作为染色质重塑 INO80 复合体的核心组分，该复合体参与转录调控、DNA 复制并可能参与 DNA 修复。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0603800 质体非甲羟戊酸途径中的异戊二烯类生物合成酶，将2-C-甲基-D-赤藓醇2,4-环二磷酸（ME-2,4cPP）转化为1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基4-二磷酸。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013034 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000492 box C/D snoRNP assembly 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006310 DNA recombination 生物过程
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0009862 systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0016114 terpenoid biosynthetic process 生物过程
GO:0019288 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G22330
ath:AT5G60600
dosa:Os02g0603800
pcu:PC_RS03560
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.632
排名 1 · TkA02G520890 · TK1151
细胞核0.253
排名 2 · TkA02G520890 · TK1151
线粒体0.146
排名 3 · TkA02G520890 · TK1151
细胞膜0.079
排名 4 · TkA02G520890 · TK1151
内质网0.078
排名 5 · TkA02G520890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06068TIP4914-365 aa
PF05496RuvB_N38-91 aa
PF20030bpMoxR52-90 aa
PF02367TsaE57-90 aa
PF13245AAA_1960-86 aa
PF13481AAA_2562-95 aa
PF12775AAA_762-89 aa
PF13191AAA_1663-90 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G520890PF06068TIP49143653e-164547.0
TkA02G520890PF05496RuvB_N38917.3e-0936.3
TkA02G520890PF20030bpMoxR52900.0513.4
TkA02G520890PF02367TsaE57900.2711.9
TkA02G520890PF13245AAA_1960860.0215.8
TkA02G520890PF13481AAA_2562950.0513.9
TkA02G520890PF12775AAA_762890.211.9
TkA02G520890PF13191AAA_1663900.0415.2
TkA02G520890PF13401AAA_22641264.7e-0627.6
TkA02G520890PF01078Mg_chelatase64840.02614.6
TkA02G520890PF00004AAA661154.2e-1040.9
TkA02G520890PF07728AAA_566900.004217.8
TkA02G520890PF13238AAA_18671270.01216.9
TkA02G520890PF13521AAA_28671200.08313.8
TkA02G520890PF13191AAA_162443090.0415.2
TkA02G520890PF13238AAA_182683490.01216.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4K0E8拟南芥sp|F4K0E8|ISPG_ARATH 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase (ferredoxin), chloroplastic75.900%Swiss-Prot中等置信
Q9FMR9拟南芥sp|Q9FMR9|RIN1_ARATH RuvB-like protein 189.200%Swiss-Prot高置信
Q6K8J4水稻sp|Q6K8J4|ISPG_ORYSJ 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase (ferredoxin), chloroplastic74.900%Swiss-Prot中等置信

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