TkA02G405420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G405420

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 103013869-103020405 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3168 bp · TkA02G405420|TK1151|cDNA

CAACGATCGGACATGCAATCAACGTAGTCGGAATCGAGACCTCAAGGTATCAGACCCGTTTATGAAGTCTATCAATCTCCACTATGAACAATTTGCATTGAGGAGAATAACTCCAACAAATTTGAGAAAATGGGGGTCATGTCGAGACGTATTCTGCCCCTATGTAGCTTCTGCTGTGTATGCTGCCCTACATTGCGTGCTAGGTCACGACATCCAGTAAAACGTTACAAGACGCTTCTTGCAGAAATATTCCCACGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2790 bp · TkA02G405420|TK1151|CDS

ATGGGGGTCATGTCGAGACGTATTCTGCCCCTATGTAGCTTCTGCTGTGTATGCTGCCCTACATTGCGTGCTAGGTCACGACATCCAGTAAAACGTTACAAGACGCTTCTTGCAGAAATATTCCCACGTTCTCAGGATGGTGAGCCAAATGAGCGCAAAATTGGGAAGCTTTGTGAATATGCTTCTAAAAATCCTTTACGCATACCCAAGATCACTGATTACTTGGAGCAAAAGTTTTACAAGAATCTGCGGAATGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

929 aa · TkA02G405420|TK1151|PROTEIN

MGVMSRRILPLCSFCCVCCPTLRARSRHPVKRYKTLLAEIFPRSQDGEPNERKIGKLCEYASKNPLRIPKITDYLEQKFYKNLRNENITAVKIVLLVYGKLLASCKTQMPLFASSFLGIVGTLLEETRQDEMQILGCHALVNFINNQVDSAYMFNLEGLVPKLCQLAEEVGDDERSLRLRSAGLQVLAFMVRFIGEQPHVSVNFENIISVTLENYTNQENASQQDHNPSFSKPQDVPPVDANKNPSYWAQVCLHNMAQSA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G405420`
TK1151 ID	TkA02G405420
OH-1004 ID	LXL04_023160
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	58.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.569 / OH-1004 94.303 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G405420

位置 Chr02:103013869-103020405 (+)

描述 Similar to SRL2: Protein SEMI-ROLLED LEAF 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0308200`	通过远轴侧叶细胞分化调节叶片卷曲。	Semi-Rolled Leaf2 modulates rice leaf rolling by regulating abaxial side cell differentiation.2016 · DOI: 10.1093/jxb/erw029

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023160 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0072659 protein localization to plasma membrane 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

cbr:CBG_02625

cel:CELE_C32D5.3

dosa:Os03g0308200

osa:4332616

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.551

排名 1 · TkA02G405420 · TK1151

细胞核0.303

排名 2 · TkA02G405420 · TK1151

细胞膜0.223

排名 3 · TkA02G405420 · TK1151

高尔基体0.099

排名 4 · TkA02G405420 · TK1151

溶酶体／液泡0.076

排名 5 · TkA02G405420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06446Hepcidin8-20 aa

PF21052EFR3_ARM55-688 aa

PF21072EFR366-128 aa

PF21072EFR3308-334 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G405420	`PF06446`	Hepcidin	8	20	0.4	11.7
TkA02G405420	`PF21052`	EFR3_ARM	55	688	1.6e-85	288.9
TkA02G405420	`PF21072`	EFR3	66	128	0.00037	20.2
TkA02G405420	`PF21072`	EFR3	308	334	0.00037	20.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q10MI0`	水稻	sp\|Q10MI0\|SRL2_ORYSJ Protein SEMI-ROLLED LEAF 2	33.900%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情