TkA02G383610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G383610

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 97493240-97494729 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1246 bp · TkA02G383610|TK1151|cDNA

TTCTAACACTTGATGTTGCAGAAGCTTTGTCAAAGCTTGAGCATCTTGCTGTTGATGAATGCGATAATATGGAAGAAATCATACATATTGAGAGTGGTAGAGAAGAGACAATTTCATTTCCTAAGTTGAATTCTCTATATTTGTACGACCTACCAAACCTATCGGGGTTGTGCGATAACGTCAACATGATTAAGCTACCACAACTAGTTGAGTTGTATCTTTATGGAATTCCAAATATCACAAGCATTTTTAGCATGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

873 bp · TkA02G383610|TK1151|CDS

ATGGAAGAAATCATACATATTGAGAGTGGTAGAGAAGAGACAATTTCATTTCCTAAGTTGAATTCTCTATATTTGTACGACCTACCAAACCTATCGGGGTTGTGCGATAACGTCAACATGATTAAGCTACCACAACTAGTTGAGTTGTATCTTTATGGAATTCCAAATATCACAAGCATTTTTAGCATGAATAAGTTGGAAACATCTTGTGTCTTTAAAGGAGAGGTTGTGATTTCTAAGCTGGAGAAATTGTCTATTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

290 aa · TkA02G383610|TK1151|PROTEIN

MEEIIHIESGREETISFPKLNSLYLYDLPNLSGLCDNVNMIKLPQLVELYLYGIPNITSIFSMNKLETSCVFKGEVVISKLEKLSILNMENLNEIWSSEFPTRQEVQFREISVINCDKLVNLFPSNPMPLLHHLEELQVEECGAIEVLFNIDLDCVGEIGLEEGSTSSLKKIELKKLAKLREVWRIKSVNNSFLPFRGFQAVEHITIEICERFRNVFTPITTNFDLGALIEMKITIFGEAWSSNESVESSQKEAKRYGLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G383610`
TK1151 ID	TkA02G383610
OH-1004 ID	LXL04_014925
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.241 / OH-1004 20.159 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G383610`
位置	Chr02:97493240-97494729 (-)
描述	Similar to RPS2: Disease resistance protein RPS2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_014925` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002220 innate immune response activating cell surface receptor signaling pathway 生物过程 GO:0006952 defense response 生物过程 GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程 GO:0016045 detection of bacterium 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0098542 defense response to other organism 生物过程 GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0005524 ATP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G12280 ath:AT1G61180 ath:AT4G26090 ath:AT4G27190 ath:AT4G27220 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.530

排名 1 · TkA02G383610 · TK1151

细胞质0.321

排名 2 · TkA02G383610 · TK1151

细胞膜0.173

排名 3 · TkA02G383610 · TK1151

内质网0.083

排名 4 · TkA02G383610 · TK1151

溶酶体／液泡0.032

排名 5 · TkA02G383610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23247LRR_RPS24-63 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL2115-52 aa

PF12799LRR_416-30 aa

PF12799LRR_418-60 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL2175-95 aa

PF12799LRR_478-95 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL2180-142 aa

PF23247LRR_RPS281-235 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G383610	`PF23247`	LRR_RPS2	4	63	2.4e-30	106.3
TkA02G383610	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	15	52	0.066	13.8
TkA02G383610	`PF12799`	LRR_4	16	30	0.54	11.3
TkA02G383610	`PF12799`	LRR_4	18	60	0.54	11.3
TkA02G383610	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	75	95	0.066	13.8
TkA02G383610	`PF12799`	LRR_4	78	95	0.54	11.3
TkA02G383610	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	80	142	0.066	13.8
TkA02G383610	`PF23247`	LRR_RPS2	81	235	2.4e-30	106.3
TkA02G383610	`PF12799`	LRR_4	131	139	0.54	11.3
TkA02G383610	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	167	183	0.066	13.8
TkA02G383610	`PF12799`	LRR_4	170	184	0.54	11.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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