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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G379080
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 96355389-96357200 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1812 bp · TkA02G379080|TK1151|cDNA

ATGCATATTTCTTTCAGAAGATTCAGTTCCATTCCAACTCCACAACCAGATACGATACTTATCAGAAAGGTCAAAGATTTGATCTTGCAAGGACTACATGTTGAAGCTCTTCATCTCTACAAAAACCAACTGCATCTCCATGCGAACACTTGTACCTCTATTATTCCTTCGATCATAAAAGCTTGTACGCTCTCTCAAACCCACCATGGCTTCGGTCTTCAGCTTCATTCTCACTCCCTCAAACTGGGGGTTGATTCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1812 bp · TkA02G379080|TK1151|CDS

ATGCATATTTCTTTCAGAAGATTCAGTTCCATTCCAACTCCACAACCAGATACGATACTTATCAGAAAGGTCAAAGATTTGATCTTGCAAGGACTACATGTTGAAGCTCTTCATCTCTACAAAAACCAACTGCATCTCCATGCGAACACTTGTACCTCTATTATTCCTTCGATCATAAAAGCTTGTACGCTCTCTCAAACCCACCATGGCTTCGGTCTTCAGCTTCATTCTCACTCCCTCAAACTGGGGGTTGATTCAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

603 aa · TkA02G379080|TK1151|PROTEIN

MHISFRRFSSIPTPQPDTILIRKVKDLILQGLHVEALHLYKNQLHLHANTCTSIIPSIIKACTLSQTHHGFGLQLHSHSLKLGVDSESVISNSFISFYAKFHDITSARQVFDKMPHRDCISWNSIINCFAQKGSYLESLEKFKEMYECGYVAKPELIASILSVCVRHGCTKAGKTIHALSIIDNRFEKSVFLSTALVDLYCRSGDSIMASHVFDSMDYKNEVSWTSMIQGYVGINDSNMALNCLQKMQIEGIKPNIVTLI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G379080
TK1151 IDTkA02G379080
OH-1004 IDLXL04_014990
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G379080
位置Chr02:96355389-96357200 (-)
描述Similar to PCMP-E7: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g31070, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g31070 含五重复肽的蛋白At4g31070，线粒体。 暂无已核实直接文献
At5g27110 含五重复肽的蛋白质 At5g27110。 暂无已核实直接文献
At4g33990 含五肽重复的蛋白At4g33990。 暂无已核实直接文献
At5g39350 含五肽重复的蛋白 At5g39350。 暂无已核实直接文献
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014990 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:0099402 plant organ development 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G18750
ath:AT4G31070
ath:AT5G27110
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.659
排名 1 · TkA02G379080 · TK1151
质体0.155
排名 2 · TkA02G379080 · TK1151
细胞核0.045
排名 3 · TkA02G379080 · TK1151
细胞质0.032
排名 4 · TkA02G379080 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA02G379080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177PPR_long35-168 aa
PF02847MA345-105 aa
PF13041PPR_289-119 aa
PF29070MSC6_N89-144 aa
PF01535PPR91-119 aa
PF13812PPR_392-129 aa
PF12854PPR_192-114 aa
PF05871ESCRT-II113-131 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G379080PF17177PPR_long351681.3e-0938.5
TkA02G379080PF02847MA3451050.003717.9
TkA02G379080PF13041PPR_2891194.5e-46155.4
TkA02G379080PF29070MSC6_N891447.2e-1039.2
TkA02G379080PF01535PPR911192.5e-44147.2
TkA02G379080PF13812PPR_3921291.3e-2280.4
TkA02G379080PF12854PPR_1921142e-2072.9
TkA02G379080PF05871ESCRT-II1131311.110.2
TkA02G379080PF12854PPR_11171452e-2072.9
TkA02G379080PF18768RNPP_C1171450.04913.8
TkA02G379080PF13041PPR_21181494.5e-46155.4
TkA02G379080PF13812PPR_31181491.3e-2280.4
TkA02G379080PF01535PPR1201492.5e-44147.2
TkA02G379080PF23276TPR_241211673.8e-1969.6
TkA02G379080PF02847MA31241710.003717.9
TkA02G379080PF23276TPR_241572193.8e-1969.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O65543拟南芥sp|O65543|PP343_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g31070, mitochondrial45.700%Swiss-Prot中等置信
O04659拟南芥sp|O04659|PP398_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g2711035.800%Swiss-Prot中等置信
O81767拟南芥sp|O81767|PP348_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3399033.100%Swiss-Prot中等置信
Q9FLZ9拟南芥sp|Q9FLZ9|PP405_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g3935033.000%Swiss-Prot中等置信
Q7Y211拟南芥sp|Q7Y211|PP285_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic30.100%Swiss-Prot中等置信

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