TkA02G317000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G317000

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 80566412-80571622 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA 无可用 cDNA 序列

cDNA

该参考版本没有可用的cDNA序列。

CDS

下载 CDS FASTA

3261 bp · TkA02G317000|TK1151|CDS

ATGGAGGCAAATGCCGGATTGGTGGCTGGATCGCATAAGAGGAACGAGTTAGTGAGAATAAGGCATGATTCTGATGGAGGGCCGAAGCCACTGAAGAATTTAAACGGGCAGATATGCCAGATTTGTGGCGACACCGTAGGCCTCAATGAAACCGGTGATATATTTGTTGCGTGCAATGAGTGCGCCTTCCCAGTATGCAGGCCTTGCTATGAGTACGAGAGGAGAGATGGAAATCAAGCTTGCCCTCAATGCAAGACTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1086 aa · TkA02G317000|TK1151|PROTEIN

MEANAGLVAGSHKRNELVRIRHDSDGGPKPLKNLNGQICQICGDTVGLNETGDIFVACNECAFPVCRPCYEYERRDGNQACPQCKTRYRRHKGSPRVDGDDDEDDVDDLENEFNYPQGNKGRRQWQGDDPDLSSSARHESQQPVPLLTNGQQISGEIPSITPDNLSIRSTSGPLGPGDKHVHSLPYIDPRQPVPVRIVDPSKDLNSYGLGNVDWKERVEGWKLKQDKNMMQMANRYGGEGKGGEIERTGSNGEELQMADD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G317000`
TK1151 ID	TkA02G317000
OH-1004 ID	LXL04_032355
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G317000

位置 Chr02:80566412-80571622 (+)

描述 Similar to CESA1: Cellulose synthase A catalytic subunit 1 [UDP-forming]

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32410`	纤维素合酶末端复合物的催化亚基，是 β-1,4-葡聚糖微纤维结晶所需的。	Fractionation of carbohydrates in Arabidopsis root cell walls shows that three radial swelling loci are specifically involved in cellulose production.2000 · DOI: 10.1007/s004250000301 PROCUSTE1 encodes a cellulose synthase required for normal cell elongation specifically in roots and dark-grown hypocotyls of Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.12.2409 Morphology of rsw1, a cellulose-deficient mutant of Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1007/bf01280308 Wall architecture in the cellulose-deficient rsw1 mutant of Arabidopsis thaliana: microfibrils but not microtubules lose their transverse alignment before microfibrils become unrecognizable in the mitotic and elongation zones of roots.2001 · DOI: 10.1007/bf01280312 Alpha-glucosidase I is required for cellulose biosynthesis and morphogenesis in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1083/jcb.200111093 Functional analysis of the cellulose synthase genes CesA1, CesA2, and CesA3 in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.010931 Genetic complexity of cellulose synthase a gene function in Arabidopsis embryogenesis.2002 · DOI: 10.1104/pp.102.010603 Genetic evidence for three unique components in primary cell-wall cellulose synthase complexes in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706592104 Organization of cellulose synthase complexes involved in primary cell wall synthesis in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706569104 Molecular analysis of cellulose biosynthesis in Arabidopsis.1998 · DOI: 10.1126/science.279.5351.717
`At2g25540`	可能的纤维素合酶终端复合体（‘花状体’）的催化亚基，参与 β-1,4-葡聚糖微纤维结晶，这是细胞壁形成的主要机制。	暂无已核实直接文献
`At5g05170`	纤维素合酶末端复合物的催化亚基，是 β-1,4-葡聚糖微纤维结晶所需的。	The Arabidopsis mutant cev1 has constitutively active jasmonate and ethylene signal pathways and enhanced resistance to pathogens.2001 · DOI: 10.1105/tpc.13.5.1025 Functional analysis of the cellulose synthase genes CesA1, CesA2, and CesA3 in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.010931 The Arabidopsis mutant cev1 links cell wall signaling to jasmonate and ethylene responses.2002 · DOI: 10.1105/tpc.002022 Reduced cellulose synthesis invokes lignification and defense responses in Arabidopsis thaliana.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01729.x Genetic evidence for three unique components in primary cell-wall cellulose synthase complexes in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706592104 Organization of cellulose synthase complexes involved in primary cell wall synthesis in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706569104

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2Y0X2`	纤维素合酶末端复合物（“玫瑰花结”）的催化亚基，是 β-1,4-葡聚糖微纤维结晶（细胞壁形成的主要机制）所需的。	暂无已核实直接文献
`Os05g0176100`	可能的纤维素合酶终端复合体（‘花状体’）的催化亚基，参与 β-1,4-葡聚糖微纤维结晶，这是细胞壁形成的主要机制。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032355 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0009833 plant-type primary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G32410

ath:AT5G05170

dosa:Os05g0176100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.522

排名 1 · TkA02G317000 · TK1151

内质网0.211

排名 2 · TkA02G317000 · TK1151

高尔基体0.158

排名 3 · TkA02G317000 · TK1151

细胞质0.140

排名 4 · TkA02G317000 · TK1151

溶酶体／液泡0.108

排名 5 · TkA02G317000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14569zf-UDP29-106 aa

PF02318FYVE_233-87 aa

PF14446Prok-RING_135-73 aa

PF22191IBR_135-71 aa

PF14570zf-RING_439-89 aa

PF22586ANCHR-like_BBOX39-77 aa

PF05290Baculo_IE-139-92 aa

PF22191IBR_179-93 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G317000	`PF14569`	zf-UDP	29	106	2.2e-44	150.1
TkA02G317000	`PF02318`	FYVE_2	33	87	0.041	14.8
TkA02G317000	`PF14446`	Prok-RING_1	35	73	0.18	12.7
TkA02G317000	`PF22191`	IBR_1	35	71	0.28	11.8
TkA02G317000	`PF14570`	zf-RING_4	39	89	5.3e-06	26.8
TkA02G317000	`PF22586`	ANCHR-like_BBOX	39	77	0.092	13.6
TkA02G317000	`PF05290`	Baculo_IE-1	39	92	4.8	7.9
TkA02G317000	`PF22191`	IBR_1	79	93	0.28	11.8
TkA02G317000	`PF14446`	Prok-RING_1	81	90	0.18	12.7
TkA02G317000	`PF03552`	Cellulose_synt	359	1073		1369.2
TkA02G317000	`PF05290`	Baculo_IE-1	548	582	4.8	7.9
TkA02G317000	`PF13632`	Glyco_trans_2_3	774	881	1.1e-06	29.3
TkA02G317000	`PF13632`	Glyco_trans_2_3	1010	1059	1.1e-06	29.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48946`	拟南芥	sp\|O48946\|CESA1_ARATH Cellulose synthase A catalytic subunit 1 [UDP-forming]	84.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SKJ5`	拟南芥	sp\|Q9SKJ5\|CESAA_ARATH Probable cellulose synthase A catalytic subunit 10 [UDP-forming]	78.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q941L0`	拟南芥	sp\|Q941L0\|CESA3_ARATH Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming]	70.700%	Swiss-Prot	高置信
`A2Y0X2`	水稻	sp\|A2Y0X2\|CESA1_ORYSI Probable cellulose synthase A catalytic subunit 1 [UDP-forming]	82.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q6AT26`	水稻	sp\|Q6AT26\|CESA1_ORYSJ Probable cellulose synthase A catalytic subunit 1 [UDP-forming]	82.300%	Swiss-Prot	高置信

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