RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G295420
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 75364350-75367025 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2235 bp · TkA02G295420|TK1151|cDNA

TAAGAAAATGTCACAACAGAAACCCCCGGCGCGCCGGTCATGAGTTCCAGTAAAATATGGTCTCCGCCACCGTCAATACCCTCGCCTCGCTGCTACAATCAGCCGTCTCATCCCGTTCCTCCGTCGTTGGTCGGGCAACGCACGCCAGGATCATCAAAATCATTGACTTTCCCTTTCCTACCTTCATCTGCAACCATCTCGTAAACATGTATTCCAAGCTCGACCATCTCCATTCAGCCGAACTCCTGCTCTCTCTCATG...

CDS

下载 CDS FASTA

2061 bp · TkA02G295420|TK1151|CDS

ATGGTCTCCGCCACCGTCAATACCCTCGCCTCGCTGCTACAATCAGCCGTCTCATCCCGTTCCTCCGTCGTTGGTCGGGCAACGCACGCCAGGATCATCAAAATCATTGACTTTCCCTTTCCTACCTTCATCTGCAACCATCTCGTAAACATGTATTCCAAGCTCGACCATCTCCATTCAGCCGAACTCCTGCTCTCTCTCATGCCTGCACAAGATCGTTCCGTCGTCACCTGGACCGCCCTCATTTCCGGCTCTGTCCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

686 aa · TkA02G295420|TK1151|PROTEIN

MVSATVNTLASLLQSAVSSRSSVVGRATHARIIKIIDFPFPTFICNHLVNMYSKLDHLHSAELLLSLMPAQDRSVVTWTALISGSVQNGHFSSAILHFRNMHHDSIPPNDFTFPCAFKACNSLRSPVTGRQLHGLSIKAGQIHDVFVGCSAFDMYSKLGLKDDANKMFDEMPEKNLATWNAYISNAVLDGKPRKAIDAFIQSRRLGGEPTSITFCVVLNACSDSLILKIGKQIHGFVIRYGYEHHVSVANGLIDFYGKCK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G295420
TK1151 IDTkA02G295420
OH-1004 IDLXL04_015711
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G295420
位置Chr02:75364350-75367025 (-)
描述Similar to LOI1: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g14850
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g14850 作为类异戊二烯生物合成的调节因子。
Lovastatin insensitive 1, a Novel pentatricopeptide repeat protein, is a potential regulatory factor of isoprenoid biosynthesis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm005
At5g09950 推测为含有五聚重复肽的蛋白质At5g09950。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At4g33170 含五肽重复序列的蛋白 At4g33170。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015711 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016125 sterol metabolic process 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0019287 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway 生物过程
GO:0019288 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0000166 nucleotide binding 分子功能
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT4G14850
ath:AT5G09950
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.594
排名 1 · TkA02G295420 · TK1151
质体0.241
排名 2 · TkA02G295420 · TK1151
细胞核0.060
排名 3 · TkA02G295420 · TK1151
细胞质0.035
排名 4 · TkA02G295420 · TK1151
过氧化物酶体0.006
排名 5 · TkA02G295420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_243-68 aa
PF01535PPR44-69 aa
PF13812PPR_345-62 aa
PF12854PPR_146-68 aa
PF14559TPR_1948-73 aa
PF13041PPR_274-120 aa
PF13812PPR_374-120 aa
PF12854PPR_174-101 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G295420PF13041PPR_243681.2e-46157.3
TkA02G295420PF01535PPR44697.2e-45148.9
TkA02G295420PF13812PPR_345621.7e-2176.8
TkA02G295420PF12854PPR_146681.2e-2073.6
TkA02G295420PF14559TPR_1948730.2812.2
TkA02G295420PF13041PPR_2741201.2e-46157.3
TkA02G295420PF13812PPR_3741201.7e-2176.8
TkA02G295420PF12854PPR_1741011.2e-2073.6
TkA02G295420PF01535PPR761037.2e-45148.9
TkA02G295420PF13428TPR_14771010.0003521.7
TkA02G295420PF23276TPR_24781091.8e-0525.4
TkA02G295420PF13041PPR_21531761.2e-46157.3
TkA02G295420PF01535PPR1531757.2e-45148.9
TkA02G295420PF29070MSC6_N1531887.6e-0522.7
TkA02G295420PF14559TPR_191551750.2812.2
TkA02G295420PF12854PPR_11571711.2e-2073.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WSH6拟南芥sp|Q0WSH6|PP312_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1485063.400%Swiss-Prot高置信
Q9FIB2拟南芥sp|Q9FIB2|PP373_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0995040.000%Swiss-Prot中等置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic38.800%Swiss-Prot中等置信
Q7Y211拟南芥sp|Q7Y211|PP285_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic39.500%Swiss-Prot中等置信
Q9SMZ2拟南芥sp|Q9SMZ2|PP347_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3317037.300%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看