TkA02G262760 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G262760

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 67284523-67288352 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1323 bp · TkA02G262760|TK1151|cDNA

ATGGCGGAAACAGCAGAGCGGGCGACGCTAGGAAGACCGCCGACTGCGGTTCTCTTTTCCGGTGGAGCGGCCGCCGGCGTCACAGGAGAGGGAGACGGCAGTGAAAGGAGGAACGAATTCTTAAATCCGATCAGGAAGTTTTCGCTGTATTCAGGGTTCGAACTAAACGTTTTCATCTTTGCGTATCCAGAAATAACCTTCTCGTTTCATTGGTTCAACATGGCTGATGTATTTGAAGATGAAACTGAACAAACGGTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1323 bp · TkA02G262760|TK1151|CDS

ATGGCGGAAACAGCAGAGCGGGCGACGCTAGGAAGACCGCCGACTGCGGTTCTCTTTTCCGGTGGAGCGGCCGCCGGCGTCACAGGAGAGGGAGACGGCAGTGAAAGGAGGAACGAATTCTTAAATCCGATCAGGAAGTTTTCGCTGTATTCAGGGTTCGAACTAAACGTTTTCATCTTTGCGTATCCAGAAATAACCTTCTCGTTTCATTGGTTCAACATGGCTGATGTATTTGAAGATGAAACTGAACAAACGGTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

440 aa · TkA02G262760|TK1151|PROTEIN

MAETAERATLGRPPTAVLFSGGAAAGVTGEGDGSERRNEFLNPIRKFSLYSGFELNVFIFAYPEITFSFHWFNMADVFEDETEQTVSLNEYLDEVEDQELEADLVLGGDEGKECTYVKGYMKRQAIFSCLTCTPDGNAGVCTACSLSCHDGHEIIELWTKRKFKCDCGNSKFGEFYCKLLASKDIENEENSYNHNFKGKYCTCSRPYPDPEAEEQVEMIQCCICEDWFHEEHVSLNNEVKIPRDEDGEPQYEDLICHICA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G262760`
TK1151 ID	TkA02G262760
OH-1004 ID	LXL04_029521
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.773 / OH-1004 85.683 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G262760`
位置	Chr02:67284523-67288352 (+)
描述	Similar to UBR7: Putative E3 ubiquitin-protein ligase UBR7
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_029521` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0292022 hsa:55148 mmu:66622 spo:2540600 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.864

排名 1 · TkA02G262760 · TK1151

细胞质0.235

排名 2 · TkA02G262760 · TK1151

线粒体0.045

排名 3 · TkA02G262760 · TK1151

细胞膜0.029

排名 4 · TkA02G262760 · TK1151

内质网0.018

排名 5 · TkA02G262760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF31011UBR7_C87-98 aa

PF02207zf-UBR114-178 aa

PF30802zf-UBR_1122-169 aa

PF21257PHD_ash2p_like126-137 aa

PF29534Salivary_glue127-171 aa

PF30811PHD_UBR7-like141-144 aa

PF21257PHD_ash2p_like155-167 aa

PF13651EcoRI_methylase169-207 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G262760	`PF31011`	UBR7_C	87	98	2.1e-22	79.8
TkA02G262760	`PF02207`	zf-UBR	114	178	7.7e-13	49.1
TkA02G262760	`PF30802`	zf-UBR_1	122	169	0.00034	21.6
TkA02G262760	`PF21257`	PHD_ash2p_like	126	137	0.16	12.6
TkA02G262760	`PF29534`	Salivary_glue	127	171	2.2	9.0
TkA02G262760	`PF30811`	PHD_UBR7-like	141	144	1.7e-24	86.2
TkA02G262760	`PF21257`	PHD_ash2p_like	155	167	0.16	12.6
TkA02G262760	`PF13651`	EcoRI_methylase	169	207	0.046	13.7
TkA02G262760	`PF30811`	PHD_UBR7-like	195	269	1.7e-24	86.2
TkA02G262760	`PF02207`	zf-UBR	219	238	7.7e-13	49.1
TkA02G262760	`PF21257`	PHD_ash2p_like	219	242	0.16	12.6
TkA02G262760	`PF30802`	zf-UBR_1	221	231	0.00034	21.6
TkA02G262760	`PF29534`	Salivary_glue	327	340	2.2	9.0
TkA02G262760	`PF30811`	PHD_UBR7-like	331	342	1.7e-24	86.2
TkA02G262760	`PF30802`	zf-UBR_1	333	343	0.00034	21.6
TkA02G262760	`PF21257`	PHD_ash2p_like	333	351	0.16	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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