TkA02G262690 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G262690

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 67275759-67276854 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

987 bp · TkA02G262690|TK1151|cDNA

ATGGCGGGAGGAAAAATCAGGAAAGAAAAGGCCCCACGTGGAGTTGTTGGCTCTTCTAATCACTACCAAGGAGGCATACAATTCCACAAGTCAAAAGGTCAACACATCCTCAAGAACCCTCTACTCGTTGATTCCATTGTCCAAAAAGCCGGAATCAACCCCACAGACATAATTCTTGAAATTGGTCCGGGTACTGGTAATCTCACCAAGAAGCTTCTAGAAGCTGGCAAATCGGTTATTGCAGTTGAACTCGATCCACG...

CDS

下载 CDS FASTA

987 bp · TkA02G262690|TK1151|CDS

ATGGCGGGAGGAAAAATCAGGAAAGAAAAGGCCCCACGTGGAGTTGTTGGCTCTTCTAATCACTACCAAGGAGGCATACAATTCCACAAGTCAAAAGGTCAACACATCCTCAAGAACCCTCTACTCGTTGATTCCATTGTCCAAAAAGCCGGAATCAACCCCACAGACATAATTCTTGAAATTGGTCCGGGTACTGGTAATCTCACCAAGAAGCTTCTAGAAGCTGGCAAATCGGTTATTGCAGTTGAACTCGATCCACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

328 aa · TkA02G262690|TK1151|PROTEIN

MAGGKIRKEKAPRGVVGSSNHYQGGIQFHKSKGQHILKNPLLVDSIVQKAGINPTDIILEIGPGTGNLTKKLLEAGKSVIAVELDPRMVLELQRRFQGTPFSNRLKVIHGDVLKCDLPYFDICVANIPYQISSPLTFKLLNHKPSFRCAIIMFQREFAMRLVAQPSDSLYCRLSVNTQLLARVSHLLKVAKNNFRPPPKVDSSVVRIEPRKPPPVVNFKEWDGLVRICFTRKNKTLGSIFRQKRVLSIMEKNYKTLQALG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G262690`
TK1151 ID	TkA02G262690
OH-1004 ID	LXL04_026767
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	33.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 63.110 / OH-1004 65.782 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G262690

位置 Chr02:67275759-67276854 (-)

描述 Similar to PFC1: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47420`	N6-腺嘌呤甲基转移酶，可修饰植物核 18S rRNA 中 A1785 和 A1786 的 AA 双核苷酸。	Nuclear ribosome biogenesis mediated by the DIM1A rRNA dimethylase is required for organized root growth and epidermal patterning in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.101022

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026767 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0031167 rRNA methylation 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000179 rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0016422 mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity 分子功能

GO:0052908 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ana:alr3229

ath:AT1G01860

cmu:TC_0633

mta:Moth_0052

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.739

排名 1 · TkA02G262690 · TK1151

线粒体0.220

排名 2 · TkA02G262690 · TK1151

细胞质0.175

排名 3 · TkA02G262690 · TK1151

细胞膜0.026

排名 4 · TkA02G262690 · TK1151

内质网0.013

排名 5 · TkA02G262690 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00398RrnaAD27-255 aa

PF01135PCMT37-113 aa

PF00891Methyltransf_241-123 aa

PF05185PRMT545-125 aa

PF02006PPS_PS45-86 aa

PF13489Methyltransf_2346-96 aa

PF05219DREV53-95 aa

PF02636Methyltransf_2857-79 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G262690	`PF00398`	RrnaAD	27	255	2.9e-67	227.3
TkA02G262690	`PF01135`	PCMT	37	113	0.034	14.6
TkA02G262690	`PF00891`	Methyltransf_2	41	123	0.14	12.2
TkA02G262690	`PF05185`	PRMT5	45	125	0.0074	16.9
TkA02G262690	`PF02006`	PPS_PS	45	86	0.02	15.1
TkA02G262690	`PF13489`	Methyltransf_23	46	96	0.0021	18.5
TkA02G262690	`PF05219`	DREV	53	95	0.31	10.8
TkA02G262690	`PF02636`	Methyltransf_28	57	79	0.22	11.7
TkA02G262690	`PF02390`	Methyltransf_4	57	114	0.25	11.5
TkA02G262690	`PF13649`	Methyltransf_25	58	126	8.7e-09	36.7
TkA02G262690	`PF08241`	Methyltransf_11	59	125	1.1e-06	29.9
TkA02G262690	`PF08242`	Methyltransf_12	59	126	1.8e-06	29.3
TkA02G262690	`PF29244`	Methyltransf_ANTKMT	60	140	5.9e-05	24.2
TkA02G262690	`PF05185`	PRMT5	243	259	0.0074	16.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22268`	拟南芥	sp\|O22268\|DIM1A_ARATH Ribosomal RNA small subunit methyltransferase	71.400%	Swiss-Prot	高置信

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