TkA02G200230 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G200230

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 51233334-51234689 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1198 bp · TkA02G200230|TK1151|cDNA

ACACAATTAGATTGGCTCCTTCTCCTACTCCAACATCATAAACACACATTACACTTTTTCTTTTATCGTATAATATAGAAAAAGTAAACAGCATTTTTCTCGTTCTAACTCTTGTTTCTATCCATAACAGAATCCTAAATAAACCCCAGTACCCCACTCATGCTTCATTTGCATGTTATTCCTTCTCTTTCTCTCACAAATATCGATTACAAAATGACAGTTGAAGCTCCACATATGACCCTCTCCCCTTATCAATTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

963 bp · TkA02G200230|TK1151|CDS

ATGCTTCATTTGCATGTTATTCCTTCTCTTTCTCTCACAAATATCGATTACAAAATGACAGTTGAAGCTCCACATATGACCCTCTCCCCTTATCAATTTCTTAGAAGGGAGATGAACGCAACTACATACGACGACCGTCCTCAAACTGCATATGGAATGGCTCCGCTACACGCAACCAATATGGAGAAAATCATTCCGGTGACAAATTCCTTTCCGACGCCTGCTTTCATGGCAGACAGCGGAATTACTTGTAATCTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

320 aa · TkA02G200230|TK1151|PROTEIN

MLHLHVIPSLSLTNIDYKMTVEAPHMTLSPYQFLRREMNATTYDDRPQTAYGMAPLHATNMEKIIPVTNSFPTPAFMADSGITCNLPLSRKRPRNDHSSSFREELNGRFAFLNEDIASHIYQKELEIDRFIAHHTEKVSTEIEEMRRRNSRRLIAAAEDNIMKRLKAKEEEIVKIGQLNRCLEEKLKSLNVENQIWRELAQTNEATANDLRNNLQQLVAQLQFQQQYPLDFTDNVLPMDDAQSHCGSKDQLSIDGGGDES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G200230`
TK1151 ID	TkA02G200230
OH-1004 ID	LXL04_016066
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G200230

位置 Chr02:51233334-51234689 (+)

描述 Similar to BRG3: Probable BOI-related E3 ubiquitin-protein ligase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12920`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶。	DELLA proteins and their interacting RING Finger proteins repress gibberellin responses by binding to the promoters of a subset of gibberellin-responsive genes in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.108951
`At5g45100`	E3 泛素蛋白连接酶参与非生物应激反应的调节。	DELLA proteins and their interacting RING Finger proteins repress gibberellin responses by binding to the promoters of a subset of gibberellin-responsive genes in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.108951
`At1g79110`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶。	DELLA proteins and their interacting RING Finger proteins repress gibberellin responses by binding to the promoters of a subset of gibberellin-responsive genes in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.108951
`At4g19700`	E3 泛素蛋白连接酶，参与通过促进 MYB108/BOI 的降解来调控病原体和非生物胁迫响应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016066 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0043067 regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0004869 cysteine-type endopeptidase inhibitor activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G79110

ath:AT3G12920

ath:AT4G19700

ath:AT5G45100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.833

排名 1 · TkA02G200230 · TK1151

细胞质0.229

排名 2 · TkA02G200230 · TK1151

细胞膜0.043

排名 3 · TkA02G200230 · TK1151

内质网0.026

排名 4 · TkA02G200230 · TK1151

溶酶体／液泡0.016

排名 5 · TkA02G200230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14992TMCO5113-224 aa

PF29075NOCA1_mid113-172 aa

PF30842LEKR1120-216 aa

PF06386GvpL_GvpF120-225 aa

PF17675APG6_N139-226 aa

PF29075NOCA1_mid177-220 aa

PF13920zf-C3HC4_3271-310 aa

PF14634zf-RING_5272-308 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G200230	`PF14992`	TMCO5	113	224	0.14	12.2
TkA02G200230	`PF29075`	NOCA1_mid	113	172	4.2	7.9
TkA02G200230	`PF30842`	LEKR1	120	216	0.59	11.2
TkA02G200230	`PF06386`	GvpL_GvpF	120	225	0.71	10.6
TkA02G200230	`PF17675`	APG6_N	139	226	3.2	8.9
TkA02G200230	`PF29075`	NOCA1_mid	177	220	4.2	7.9
TkA02G200230	`PF13920`	zf-C3HC4_3	271	310	9e-09	35.7
TkA02G200230	`PF14634`	zf-RING_5	272	308	0.75	10.5
TkA02G200230	`PF13639`	zf-RING_2	273	308	3.8	8.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LDD1`	拟南芥	sp\|Q9LDD1\|BRG3_ARATH Probable BOI-related E3 ubiquitin-protein ligase 3	39.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FHE4`	拟南芥	sp\|Q9FHE4\|BRG1_ARATH BOI-related E3 ubiquitin-protein ligase 1	37.500%	Swiss-Prot	中等置信
`F4IDI6`	拟南芥	sp\|F4IDI6\|BRG2_ARATH Probable BOI-related E3 ubiquitin-protein ligase 2	42.700%	Swiss-Prot	中等置信
`O81851`	拟南芥	sp\|O81851\|BOI_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase BOI	41.200%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情