TkA02G150850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G150850

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 38865767-38868138 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2310 bp · TkA02G150850|TK1151|cDNA

TTTGAAAATCTTTAAATTAATAAGACTTTTTCAAATGCCGGAGTACACTTTATCTATAAAAACTCACTGCGATTTTGTAATCTCATTCAACACGATTTCTCCCACTCTATCCCCCTCTCGCAGTTCCGGTAACAATGGCATCAAAGGCGGAAAGGAGAAACGTCGCGGTTGAAGTTAACAAAGGCACCACAACAACCGACAAGGGCGAGGTAACACTGGCTCTTATCGACGATCACAAACCACAGTTTCCGCCTATCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1251 bp · TkA02G150850|TK1151|CDS

ATGGTTTACTTAAAGAAAGTCACGTCAAACGACGTAAACATTGGCCATGGCTACATCTGTGTAAGAAATCGGATCAAAGATGAAACCTACGAAGAAGCTCGAATCCAAGAAGCTACACTTTTTGAAACTCATCCTTTGTTGTCCAAGATGGACGAGTCCATGGTGGGCATTCCTGTTTTAGCCAATAGACTTGTCGAAATACAATCGATGATAATTTCAAAATGTTTGCCGGAAATTGTGAAGAAGATTAACGAGAAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

416 aa · TkA02G150850|TK1151|PROTEIN

MVYLKKVTSNDVNIGHGYICVRNRIKDETYEEARIQEATLFETHPLLSKMDESMVGIPVLANRLVEIQSMIISKCLPEIVKKINEKLSASVMEFNKLPRILTSIPEAMAAFMQIVGSLKETFQKILIRGELKYNDKEMHCNARLAEMLAHFREELHKRDNFSKKFLIDEMEVLEEANGIQLPCFLPSYAFLYLLKKKVNNVAELPINFLNKVFGYLENVCVRVLMDHCGNHPQLLPSIKKASLNVMLRMKEKLVERVTEM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G150850`
TK1151 ID	TkA02G150850
OH-1004 ID	LXL04_016348
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	85.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.279 / OH-1004 59.855 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G150850

位置 Chr02:38865767-38868138 (+)

描述 Similar to DRP4C: Dynamin-related protein 4C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60500`	假定的微管相关力产生蛋白，能够结合并水解GTP。	暂无已核实直接文献
`At1g60530`	假定的动力蛋白相关蛋白4A。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016348 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0031623 receptor internalization 生物过程

GO:0043330 response to exogenous dsRNA 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60500

ath:AT1G60530

ipu:100304652

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.659

排名 1 · TkA02G150850 · TK1151

细胞核0.317

排名 2 · TkA02G150850 · TK1151

线粒体0.091

排名 3 · TkA02G150850 · TK1151

细胞膜0.057

排名 4 · TkA02G150850 · TK1151

内质网0.042

排名 5 · TkA02G150850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01031Dynamin_M4-282 aa

PF02212GED103-133 aa

PF23057RBD_ZCCHC3_1st120-140 aa

PF23057RBD_ZCCHC3_1st153-172 aa

PF23057RBD_ZCCHC3_1st306-341 aa

PF02212GED324-412 aa

PF23057RBD_ZCCHC3_1st351-373 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G150850	`PF01031`	Dynamin_M	4	282	8.5e-59	199.8
TkA02G150850	`PF02212`	GED	103	133	1.4e-11	45.2
TkA02G150850	`PF23057`	RBD_ZCCHC3_1st	120	140	0.18	12.6
TkA02G150850	`PF23057`	RBD_ZCCHC3_1st	153	172	0.18	12.6
TkA02G150850	`PF23057`	RBD_ZCCHC3_1st	306	341	0.18	12.6
TkA02G150850	`PF02212`	GED	324	412	1.4e-11	45.2
TkA02G150850	`PF23057`	RBD_ZCCHC3_1st	351	373	0.18	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZP55`	拟南芥	sp\|Q9ZP55\|DRP4C_ARATH Dynamin-related protein 4C	46.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZP56`	拟南芥	sp\|Q9ZP56\|DRP4A_ARATH Putative dynamin-related protein 4A	70.400%	Swiss-Prot	低置信

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