TkA02G107320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G107320

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 28105920-28107033 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

906 bp · TkA02G107320|TK1151|cDNA

TTGATTCCTCCCACCTCAGCCCTCCGCTACGGCTGTTTCTCCATCGATTCCTCCCACCTCAGCCCTCCGCCACCACCTGCGCTCCACCGCCTACACTCGATGACCACGACCAGGTCTATTTATCCATCGATTCCTCCACATCGCATCGCATCACCGTTTCCGACCACGACTGTTTGCACTAAGGAGAAGACTGAAGCTATAGAGTTGCCCCATTGTCTGGTAAGTTGCGCTTCGTTGGAGTTATTAAGGTTTTCAGGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

906 bp · TkA02G107320|TK1151|CDS

TTGATTCCTCCCACCTCAGCCCTCCGCTACGGCTGTTTCTCCATCGATTCCTCCCACCTCAGCCCTCCGCCACCACCTGCGCTCCACCGCCTACACTCGATGACCACGACCAGGTCTATTTATCCATCGATTCCTCCACATCGCATCGCATCACCGTTTCCGACCACGACTGTTTGCACTAAGGAGAAGACTGAAGCTATAGAGTTGCCCCATTGTCTGGTAAGTTGCGCTTCGTTGGAGTTATTAAGGTTTTCAGGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

301 aa · TkA02G107320|TK1151|PROTEIN

LIPPTSALRYGCFSIDSSHLSPPPPPALHRLHSMTTTRSIYPSIPPHRIASPFPTTTVCTKEKTEAIELPHCLVSCASLELLRFSGLSNCRLIFPKVMGFPALRVLQLTYVELLEDDDSVKRILESCQLLEDLSFEDCVLCKLDRLCISCLKFKRLSIINWEDVGCHGIEIACPILVDLDLTGHIACKFFFQPVDSLKKAVIEPKFVGNTTSVLYPGICRVEYLSIDLYSFSKIWNLGSPDPNFTLDAHLKVVNCVDYFT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G107320`
TK1151 ID	TkA02G107320
OH-1004 ID	LXL04_024587
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	88.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.007 / OH-1004 81.148 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G107320

位置 Chr02:28105920-28107033 (-)

描述 Similar to At1g79990: Coatomer subunit beta'-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g79990`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`At1g52360`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`At3g15980`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024587 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0030126 COPI vesicle coat 细胞组分

GO:0005198 structural molecule activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G52360

ath:AT1G79990

ath:AT3G15980

dosa:Os02g0209100

dosa:Os06g0143900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.806

排名 1 · TkA02G107320 · TK1151

细胞质0.211

排名 2 · TkA02G107320 · TK1151

细胞膜0.056

排名 3 · TkA02G107320 · TK1151

内质网0.051

排名 4 · TkA02G107320 · TK1151

质体0.020

排名 5 · TkA02G107320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24758LRR_At5g5637064-163 aa

PF23761Beta-prop_DCAF4209-298 aa

PF25175Beta-prop_WDR5233-298 aa

PF25174Beta-prop_THOC3233-298 aa

PF25172Beta-prop_WDR3_2nd233-297 aa

PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd233-296 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st234-297 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st234-297 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G107320	`PF24758`	LRR_At5g56370	64	163	1.9e-07	31.7
TkA02G107320	`PF23761`	Beta-prop_DCAF4	209	298	0.029	14.0
TkA02G107320	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	233	298	3.8e-11	43.5
TkA02G107320	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	233	298	2.2e-07	30.9
TkA02G107320	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	233	297	0.001	19.1
TkA02G107320	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	233	296	0.18	11.5
TkA02G107320	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	234	297	9.2e-10	39.2
TkA02G107320	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	234	297	1.1e-06	28.9
TkA02G107320	`PF00400`	WD40	242	280	2.2e-08	35.0
TkA02G107320	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	243	297	0.24	11.6
TkA02G107320	`PF24814`	WD40_Prp19	245	297	4.6e-06	26.6
TkA02G107320	`PF24805`	EIF3I	245	294	0.0069	16.3
TkA02G107320	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	246	298	0.00093	19.3
TkA02G107320	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	246	292	0.0093	15.9
TkA02G107320	`PF24796`	WDR55	247	295	0.018	14.8
TkA02G107320	`PF23409`	Beta-prop_EML	247	298	0.057	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CAA0`	拟南芥	sp\|Q9CAA0\|COB21_ARATH Coatomer subunit beta'-1	88.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C827`	拟南芥	sp\|Q9C827\|COB22_ARATH Coatomer subunit beta'-2	86.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q8L828`	拟南芥	sp\|Q8L828\|COB23_ARATH Coatomer subunit beta'-3	80.000%	Swiss-Prot	低置信

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