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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G092960
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 24255389-24256052 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

633 bp · TkA02G092960|TK1151|cDNA

ATGTTGGTTCCACCTGGTCCTGAATGTACTTTCAAAACGGAAAACGATCCAGAGGATCTGATCGACACGCGAAACGTTGATACCCGGTGGATGAAGATCTGTTACGTTCAATTCCCGCAGAGGTTTGAAGGGATTGACCCTAGTGATCGTTATGCGAATCACAACACTGTTTTCTTCGATGTGAGCATGAGAGCTCTTGATGGGTTGCAAGGTCCGATGTATGTCGGCACCGGCTGTATTTTCCGGCGAATTGCGCTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

633 bp · TkA02G092960|TK1151|CDS

ATGTTGGTTCCACCTGGTCCTGAATGTACTTTCAAAACGGAAAACGATCCAGAGGATCTGATCGACACGCGAAACGTTGATACCCGGTGGATGAAGATCTGTTACGTTCAATTCCCGCAGAGGTTTGAAGGGATTGACCCTAGTGATCGTTATGCGAATCACAACACTGTTTTCTTCGATGTGAGCATGAGAGCTCTTGATGGGTTGCAAGGTCCGATGTATGTCGGCACCGGCTGTATTTTCCGGCGAATTGCGCTTTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

210 aa · TkA02G092960|TK1151|PROTEIN

MLVPPGPECTFKTENDPEDLIDTRNVDTRWMKICYVQFPQRFEGIDPSDRYANHNTVFFDVSMRALDGLQGPMYVGTGCIFRRIALYGFSPPRATEHHGWFGGKKIKFSLKRLKKNKTDEDTEMILPIVDDRNNSEEDDELKQALIPEREPINRAAIEEAIKVLPALSLFSGKFIVQSLNGYLGRCTVEGDDGALLEGMPSSLRALRITE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G092960
TK1151 IDTkA02G092960
OH-1004 IDLXL04_016914
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G092960
位置Chr02:24255389-24256052 (-)
描述Similar to CSLD5: Cellulose synthase-like protein D5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g02730 参与茎和根的生长。
Disruption of ATCSLD5 results in reduced growth, reduced xylan and homogalacturonan synthase activity and altered xylan occurrence in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03281.x
At3g03050 被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。
AtCSLD3, a cellulose synthase-like gene important for root hair growth in arabidopsis.2001 · DOI: 10.1104/pp.126.2.575

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os12g0555600 被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2YCI3 被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。 暂无已核实直接文献
Os06g0336500 被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016914 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000919 cell plate assembly 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009625 response to insect 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009833 plant-type primary cell wall biogenesis 生物过程
GO:0009846 pollen germination 生物过程
GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程
GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程
GO:0048367 shoot system development 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02730
ath:AT2G33100
ath:AT3G03050
dosa:Os12g0555600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.463
排名 1 · TkA02G092960 · TK1151
细胞质0.414
排名 2 · TkA02G092960 · TK1151
细胞膜0.112
排名 3 · TkA02G092960 · TK1151
线粒体0.108
排名 4 · TkA02G092960 · TK1151
内质网0.072
排名 5 · TkA02G092960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03552Cellulose_synt31-138 aa
PF03552Cellulose_synt163-182 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G092960PF03552Cellulose_synt311383.1e-43149.1
TkA02G092960PF03552Cellulose_synt1631823.1e-43149.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SRW9拟南芥sp|Q9SRW9|CSLD5_ARATH Cellulose synthase-like protein D571.400%Swiss-Prot中等置信
Q9M9M4拟南芥sp|Q9M9M4|CSLD3_ARATH Cellulose synthase-like protein D359.300%Swiss-Prot中等置信
Q2QNS6水稻sp|Q2QNS6|CSLD4_ORYSJ Cellulose synthase-like protein D473.300%Swiss-Prot低置信
A2YCI3水稻sp|A2YCI3|CSLD5_ORYSI Putative cellulose synthase-like protein D578.700%Swiss-Prot低置信
Q5Z6E5水稻sp|Q5Z6E5|CSLD5_ORYSJ Cellulose synthase-like protein D578.700%Swiss-Prot低置信

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