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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G054800
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 14314580-14317160 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2487 bp · TkA02G054800|TK1151|cDNA

GCCACTATCCAAAGACTTAGTGCCATCAGCCGTTCTTTCAATGCTCAAGCTACTAATTGGAGATTGCTTCCAAATCTCAAAAGCAACCACTTTCCAAGACTTCTTTCTTCTGGAAGGTTTCTTTATACCCAAACTTCATTAGATGACAGCTGGACCAATACCAGAGAGCTAAACATCGACCTTCTATTTCACTCATGCACAAAAACCCACCATGCAAACCGCCTCCATGCCCTCCTCATCATTCTTGGAAAAATCCAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2487 bp · TkA02G054800|TK1151|CDS

GCCACTATCCAAAGACTTAGTGCCATCAGCCGTTCTTTCAATGCTCAAGCTACTAATTGGAGATTGCTTCCAAATCTCAAAAGCAACCACTTTCCAAGACTTCTTTCTTCTGGAAGGTTTCTTTATACCCAAACTTCATTAGATGACAGCTGGACCAATACCAGAGAGCTAAACATCGACCTTCTATTTCACTCATGCACAAAAACCCACCATGCAAACCGCCTCCATGCCCTCCTCATCATTCTTGGAAAAATCCAAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

828 aa · TkA02G054800|TK1151|PROTEIN

ATIQRLSAISRSFNAQATNWRLLPNLKSNHFPRLLSSGRFLYTQTSLDDSWTNTRELNIDLLFHSCTKTHHANRLHALLIILGKIQSLFISTRLVNLYANLGNISLSQQTFDQIQNKDVYTWNSMVSSYVRNGSHNDAVNCLYKMLKHQIKPDFYTFPPVLKACRDIKNGKRIHCLISKTGLEWDVYVAASLVHMYCRFGGFDAAYGIFTNMPFRDMGCWNAIISGFCQNGKGEKALEILNEMKFEGIKLDSVTVATILP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G054800
TK1151 IDTkA02G054800
OH-1004 IDLXL04_017317
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 94.413
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G054800
位置Chr02:14314580-14317160 (-)
描述Similar to EMB2758: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g33990
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g33990 含五肽重复的蛋白At4g33990。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At4g30700 含五重复肽序列的蛋白At4g30700。 暂无已核实直接文献
At3g26782 含五重复肽的蛋白 At3g26782，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017317 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT3G57430
ath:AT4G30700
ath:AT4G33990
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.665
排名 1 · TkA02G054800 · TK1151
质体0.197
排名 2 · TkA02G054800 · TK1151
细胞核0.047
排名 3 · TkA02G054800 · TK1151
细胞质0.033
排名 4 · TkA02G054800 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA02G054800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05094LEF-976-144 aa
PF13812PPR_392-115 aa
PF01535PPR93-118 aa
PF19189Mtf296-125 aa
PF23276TPR_24104-211 aa
PF17177PPR_long108-169 aa
PF24760TPR_IF140_C111-145 aa
PF29070MSC6_N113-206 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G054800PF05094LEF-9761440.02613.9
TkA02G054800PF13812PPR_3921151.8e-34118.4
TkA02G054800PF01535PPR931181.9e-69225.9
TkA02G054800PF19189Mtf2961250.1512.4
TkA02G054800PF23276TPR_241042111.4e-1867.8
TkA02G054800PF17177PPR_long1081696.7e-1142.7
TkA02G054800PF24760TPR_IF140_C1111450.01816.2
TkA02G054800PF29070MSC6_N1132064.3e-1969.6
TkA02G054800PF13041PPR_21171642.2e-73242.9
TkA02G054800PF12854PPR_11181451.3e-46156.7
TkA02G054800PF13812PPR_31181641.8e-34118.4
TkA02G054800PF01535PPR1201491.9e-69225.9
TkA02G054800PF10366Vps39_11211490.0003821.4
TkA02G054800PF12921ATP131231452.2e-0525.0
TkA02G054800PF12854PPR_11501571.3e-46156.7
TkA02G054800PF17177PPR_long1732656.7e-1142.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O81767拟南芥sp|O81767|PP348_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3399054.200%Swiss-Prot高置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic37.100%Swiss-Prot中等置信
Q7Y211拟南芥sp|Q7Y211|PP285_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic36.000%Swiss-Prot中等置信
Q9SUH6拟南芥sp|Q9SUH6|PP341_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3070037.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LW32拟南芥sp|Q9LW32|PP258_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26782, mitochondrial43.000%Swiss-Prot中等置信

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