TkA02G019760 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G019760

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 4622542-4626448 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3680 bp · TkA02G019760|TK1151|cDNA

TCCAAACAAGCGAACTAACCAGATACCGGGACATCGTCTGCCCTAATTTCGAAATAAACCCTAGCCCATGTCACTGGGTTTTACCAGCCGTGGCAAGAATTACGAGAAGAAAAAGATAAAACAAATTTACATTTTTCAGGTATATCTCGCTTTCGATTCCCCCAACTCGTGTTCCTCCATTTATTCTACCACCCAATTTCCCTTCCCATGGTCTTCAAATGACCACGTTCGCGCATCAATTCATGCCACCGTTACCTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2733 bp · TkA02G019760|TK1151|CDS

ATGGTAAAACCCTTTAAACCCAAATCTCTGTTTGATCTCCGAAAGCACTGCCCCCTGTTGGGTTCTCACACATTTCTCAGATTTTCATCACTACCCAACATTGCCGCCGAGAATAAGAACCATACATACCCAAATCTAGTCAATAACGTCTGTAAAATTCTCTATGATCCTCGTTGGTTTGAAAACAAAGAACTCAAGCATATTAGTCATAAACTCCAGCATATTCATGTTGCCAGAATCGTAAGCTCCTATAAAGACGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

910 aa · TkA02G019760|TK1151|PROTEIN

MVKPFKPKSLFDLRKHCPLLGSHTFLRFSSLPNIAAENKNHTYPNLVNNVCKILYDPRWFENKELKHISHKLQHIHVARIVSSYKDVDVAIRFFYWLSKNYTYKHDLSSYKAMLTRLVREGQFKDTDNIRVLMVKECKTQEELMKVVDYLNELKTKGLAYSLYSSNTLLIHMGKFQMIDAARDVFTQMINSGIKPNLSTFNTMISMLCKKGKVQAAESLLDQMLQYDLYPDVFTFNSMILGYCRNRDIETAFRVFNRITK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G019760`
TK1151 ID	TkA02G019760
OH-1004 ID	LXL04_017642
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.780 / OH-1004 98.475 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G019760`
位置	Chr02:4622542-4626448 (-)
描述	Similar to At5g65560: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65560
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_017642` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT3G07290 ath:AT5G65560 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.865

排名 1 · TkA02G019760 · TK1151

质体0.068

排名 2 · TkA02G019760 · TK1151

细胞核0.049

排名 3 · TkA02G019760 · TK1151

细胞质0.034

排名 4 · TkA02G019760 · TK1151

细胞膜0.013

排名 5 · TkA02G019760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276TPR_2465-88 aa

PF13877RPAP3_C76-123 aa

PF29127SUCH1_C83-134 aa

PF02284COX5A85-116 aa

PF08311Mad3_BUB1_I87-120 aa

PF14176YxiJ92-116 aa

PF28722WHD_Sfc3_5th96-125 aa

PF29978ATP18_TPR101-144 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G019760	`PF23276`	TPR_24	65	88	1.7e-51	174.3
TkA02G019760	`PF13877`	RPAP3_C	76	123	0.042	15.1
TkA02G019760	`PF29127`	SUCH1_C	83	134	0.074	13.3
TkA02G019760	`PF02284`	COX5A	85	116	0.00021	22.0
TkA02G019760	`PF08311`	Mad3_BUB1_I	87	120	0.016	15.9
TkA02G019760	`PF14176`	YxiJ	92	116	0.017	16.5
TkA02G019760	`PF28722`	WHD_Sfc3_5th	96	125	9.6e-07	29.7
TkA02G019760	`PF29978`	ATP18_TPR	101	144	1.8e-07	31.8
TkA02G019760	`PF20184`	DUF6547	105	171	0.19	12.6
TkA02G019760	`PF13041`	PPR_2	106	134	1.5e-199	646.8
TkA02G019760	`PF01535`	PPR	109	134	3.1e-130	416.4
TkA02G019760	`PF24760`	TPR_IF140_C	112	154	2.8e-06	28.5
TkA02G019760	`PF17177`	PPR_long	127	254	9.1e-58	195.8
TkA02G019760	`PF14084`	DUF4264	131	162	0.0015	18.8
TkA02G019760	`PF10037`	MRP-S27	134	258	2.6e-07	30.7
TkA02G019760	`PF13041`	PPR_2	139	169	1.5e-199	646.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情