TkA01G592680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G592680

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 149160533-149165091 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2356 bp · TkA01G592680|TK1151|cDNA

TATTAAAACGCCCCAAATATATTTAATTTTAAAATTTCTTTGAAAATAAACCCTAATTTCAAGATTCTGTACCGAGATAATCCTTATGGCATGTCTACTTCGCTGAGATTCGGGCTTAAGATTGAGCATCAACCGCAGCAGACCATTCCACACACACTCTCTCTGAACACTCATCCATCCAAACAATGTCTTATGTGCCTCCTCACCTCCGTAAGTCAATCGCCGCCACCACTACCACAACCACCACCACCACCACCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1698 bp · TkA01G592680|TK1151|CDS

ATGTCTTATGTGCCTCCTCACCTCCGTAAGTCAATCGCCGCCACCACTACCACAACCACCACCACCACCACCACAACCGCCACCCCCACAAACCTAGAAAACATCCCAACAAACCACAAACTGAACTCTAAATCCAACAACAATGCGTTTTCTAATTCAACTCCTAGACGGAGCTCAGCCAACAACCACATCCAGCCGTCGAGAGCTCTCGCTGTTCCTAACGTAGTGTTTCCTCAATGGAAGCCTTCCGAACGCGTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

565 aa · TkA01G592680|TK1151|PROTEIN

MSYVPPHLRKSIAATTTTTTTTTTTTATPTNLENIPTNHKLNSKSNNNAFSNSTPRRSSANNHIQPSRALAVPNVVFPQWKPSERVLRLKPEQIEEVRLRLNVDVTVTPDSPTAPAPIESFTDMCLDSSIMKDIAIHEYTTPTSIQAQAMPVALSGRDLLGCAETGSGKTAAFTIPMIQHCIAQVPVRRGDGPLALVLAPTRELAQQIEKEVKAFSQSLESFRTAIVVGGTNIADQRSELRTGVDIVVATPGRFIDHLQQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G592680`
TK1151 ID	TkA01G592680
OH-1004 ID	LXL04_000711
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G592680`
位置	Chr01:149160533-149165091 (-)
描述	Similar to DBP2: ATP-dependent RNA helicase DBP2 (Debaryomyces hansenii (strain ATCC 36239 / CBS 767 / JCM 1990 / NBRC 0083 / IGC 2968)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_000711` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程 GO:0000380 alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0006369 termination of RNA polymerase II transcription 生物过程 GO:0071042 nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分 GO:0002151 G-quadruplex RNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003724 RNA helicase activity 分子功能 GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ago:AGOS_AFL221C cgr:2890547 dha:DEHA2A12958g dosa:Os06g0602400 kla:KLLA0_F23716g 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.541

排名 1 · TkA01G592680 · TK1151

细胞质0.504

排名 2 · TkA01G592680 · TK1151

线粒体0.049

排名 3 · TkA01G592680 · TK1151

内质网0.041

排名 4 · TkA01G592680 · TK1151

细胞膜0.033

排名 5 · TkA01G592680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270DEAD9-34 aa

PF05086Dicty_REP12-62 aa

PF00270DEAD143-313 aa

PF00176SNF2-rel_dom162-279 aa

PF04851ResIII163-308 aa

PF00271Helicase_C188-240 aa

PF22590Cas3-like_C_2206-236 aa

PF00176SNF2-rel_dom290-349 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G592680	`PF00270`	DEAD	9	34	4e-52	177.0
TkA01G592680	`PF05086`	Dicty_REP	12	62	2.0	7.1
TkA01G592680	`PF00270`	DEAD	143	313	4e-52	177.0
TkA01G592680	`PF00176`	SNF2-rel_dom	162	279	0.0002	21.3
TkA01G592680	`PF04851`	ResIII	163	308	1.3e-08	35.6
TkA01G592680	`PF00271`	Helicase_C	188	240	1.5e-31	109.6
TkA01G592680	`PF22590`	Cas3-like_C_2	206	236	0.13	13.3
TkA01G592680	`PF00176`	SNF2-rel_dom	290	349	0.0002	21.3
TkA01G592680	`PF00271`	Helicase_C	294	355	1.5e-31	109.6
TkA01G592680	`PF00271`	Helicase_C	368	467	1.5e-31	109.6
TkA01G592680	`PF22590`	Cas3-like_C_2	379	466	0.13	13.3
TkA01G592680	`PF00270`	DEAD	395	429	4e-52	177.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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