RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G588990
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 148174548-148175374 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

705 bp · TkA01G588990|TK1151|cDNA

CCTAGAGGTATCTTCTGGTATAGTTCGGCTCCTATTGACACAGTCATCAAACCACCAGTGAGCCATGTAACCGACACTGTATCCAATGGCTCACCTGAAGCTAAACCAAAGAGGAAAAAATTAAAAGGCAAAAGAGCAGTTGTAAGGTGGTTAAAGTTCTTCAGATTCAAAAAGAAGAAAGACTACGAAAGAATGACCGCAGAAGAAAAAATCCTCTTCAAACTAAGAAAGGCTCGAAAAAAGGAAGAACGACTGAATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

675 bp · TkA01G588990|TK1151|CDS

CCTAGAGGTATCTTCTGGTATAGTTCGGCTCCTATTGACACAGTCATCAAACCACCAGTGAGCCATGTAACCGACACTGTATCCAATGGCTCACCTGAAGCTAAACCAAAGAGGAAAAAATTAAAAGGCAAAAGAGCAGTTGTAAGGTGGTTAAAGTTCTTCAGATTCAAAAAGAAGAAAGACTACGAAAGAATGACCGCAGAAGAAAAAATCCTCTTCAAACTAAGAAAGGCTCGAAAAAAGGAAGAACGACTGAATGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

224 aa · TkA01G588990|TK1151|PROTEIN

PRGIFWYSSAPIDTVIKPPVSHVTDTVSNGSPEAKPKRKKLKGKRAVVRWLKFFRFKKKKDYERMTAEEKILFKLRKARKKEERLNEALNKIEPKETSETTHDPEILTPEEHFYFLKMGIKSKNYVPVGRRGIYQGVILNMHLHWKKHETLQVIVKTFTPDEVKEMAVELARLSGGIVLDIKDDETIIMYRGKNYSQPPTEIMSPRVSLPRKKSYLAGIRQIKI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G588990
TK1151 IDTkA01G588990
OH-1004 IDLXL04_000772
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)94.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.554 / OH-1004 51.236
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G588990
位置Chr01:148174548-148175374 (-)
描述Similar to At3g25440: Uncharacterized CRM domain-containing protein At3g25440, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g25440 未表征的含CRM结构域蛋白At3g25440，叶绿体定位。 暂无已核实直接文献
At3g27550 参与线粒体Ⅱ组内含子的剪接。
CFM9, a Mitochondrial CRM Protein, Is Crucial for Mitochondrial Intron Splicing, Mitochondria Function and Arabidopsis Growth and Stress Responses.2019 · DOI: 10.1093/pcp/pcz147
At3g23070 结合叶绿体中的特定 II 组内含子并促进其剪接。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os11g0592400 结合叶绿体中的特定 II 组内含子并促进其剪接。
Two CRM protein subfamilies cooperate in the splicing of group IIB introns in chloroplasts.2008 · DOI: 10.1261/rna.1223708
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000772 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0048316 seed development 生物过程
GO:0140040 mitochondrial polycistronic RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G23070
ath:AT3G25440
ath:AT3G27550
dosa:Os11g0592400
zma:100126360
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.518
排名 1 · TkA01G588990 · TK1151
质体0.319
排名 2 · TkA01G588990 · TK1151
细胞质0.079
排名 3 · TkA01G588990 · TK1151
细胞核0.049
排名 4 · TkA01G588990 · TK1151
细胞膜0.008
排名 5 · TkA01G588990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14749Acyl-CoA_ox_N55-116 aa
PF01985CRS1_YhbY70-89 aa
PF01985CRS1_YhbY107-191 aa
PF08753NikR_C137-175 aa
PF21835YIEGIA_cap160-189 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G588990PF14749Acyl-CoA_ox_N551160.06414.5
TkA01G588990PF01985CRS1_YhbY70899.8e-1658.6
TkA01G588990PF01985CRS1_YhbY1071919.8e-1658.6
TkA01G588990PF08753NikR_C1371750.07414.0
TkA01G588990PF21835YIEGIA_cap1601890.212.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q67XL4拟南芥sp|Q67XL4|Y3544_ARATH Uncharacterized CRM domain-containing protein At3g25440, chloroplastic80.600%Swiss-Prot高置信
Q9LT57拟南芥sp|Q9LT57|CFM9_ARATH CRM-domain containing factor CFM9, mitochondrial47.000%Swiss-Prot中等置信
F4J2U9拟南芥sp|F4J2U9|CFM3A_ARATH CRM-domain containing factor CFM3A, chloroplastic/mitochondrial43.400%Swiss-Prot中等置信
Q2R1U8水稻sp|Q2R1U8|CFM3_ORYSJ CRM-domain containing factor CFM3, chloroplastic/mitochondrial37.300%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看